Найдено 482 результата

Vit Nhoc
Ср июн 10, 2015 9:17 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Желательно, конечно, чтобы все поддерживаемые форматы поддерживались в обе стороны Хорошо Кстати, выдачу ЯМР Природы, я так понял, Chemcraft не понимает? Пока нет. Пришлите мне эти файлы, я сделаю. О, ещё мелкое по интерфейсу - хотелось бы, чтобы клик на пустое пространство снимал выделение, и можн...
Vit Nhoc
Ср июн 10, 2015 6:39 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Это не формат MDL MOLFILE v.2000 Сделаю Кстати, неплохо было бы также сделать поддержку v.3000. Что это за формат, вышлите пример? наверное я привел не очень очевидный пример. Давайте так: и меня есть две молеку бензола, для которых я хочу построить и потом посчитать стаки, съехавшие стаки, Т-образ...
Vit Nhoc
Ср июн 10, 2015 6:12 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Можно и мои 4,5 копейки. Очень бы хотелось видеть возможность манипулировать через визуализатор отдельными молекулами. Например: пусть у меня есть порфирин какой-нибудь и у меня стоит задача сделать его сшивку (см. картинку). Хотелось бы просто выделить исходнй порфирин-копировать-вставить и уже от...
Vit Nhoc
Вт июн 09, 2015 11:02 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: как делать DFT-D
Ответы: 11
Просмотры: 1186

Re: DFT-D

Vit Nhoc - какой у вас релиз гауссиана?
Затрудняюсь ответить, в Help/About написано просто Version 7.0
Vit Nhoc
Вт июн 09, 2015 9:46 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость. А как заставить ADF печатать энергии каждого цикла ССП? У меня в выходном файле печатается так, отсюда вроде не извлечь энергию: ... CYCLE 7 d-Pmat mean: 0.10E-05 imax= 45: 0.16E-04 orbitals (Q,E): --------------- A1.g :1...4 ( 2.00 -9.787...
Vit Nhoc
Вт июн 09, 2015 7:26 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: как делать DFT-D
Ответы: 11
Просмотры: 1186

как делать DFT-D

Здравствуйте, я тут непрофессионал, мало что понял из прочитанного, но мне очень интересно, есть ли в Гауссиан-е, Gamess, NWChem это самое DFT-D? Если есть, какие keyword-ы? Мне ведь надо как-то моделировать водородную связь.
Vit Nhoc
Вт июн 09, 2015 5:34 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Гесс писал(а):Кластер оксида индия. Был построен в кемофисе, сохранен в пдб формате.
Открывается кемкрафтом как кластер оксида иода и сохраняется как иод.
Исправлю.
Vit Nhoc
Вт июн 09, 2015 10:01 am
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

2. Я работаю с моделями сольватации EFP и поэтому желательно, чтобы добавляемые фрагменты были стандартизированы. Например, в фрагментах воды в С. угол 103.74 , а откроешь Wiki, так 104.45... А откуда бралась геометрия других фрагментов из С.? Насколько оптимизированы их геометрические параметры? О...
Vit Nhoc
Пн июн 08, 2015 9:39 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Я думаю, что хорошо было бы, если все поддерживаемые форматы, во всяком случае наиболее распространённые, и читались и сохранялись. А то вон *.mol можно открыть, а записать низя. Почему нельзя? File/Save as/Save structure/XMOL Да. Вообще рисовалку можно сделать чуток поудобнее. Например, добавить в...
Vit Nhoc
Пн июн 08, 2015 8:10 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Здравствуйте, А можно сделать так, чтобы файлы открытые через командную строку тоже учитывались при предложении места куда сохранять файл (смена рабочей директории, или что то в этом роде)? Какие именно файлы вы имеете в виду, XYZ? А то мне не очень понятно, обычно открываются выходные файлы с расч...
Vit Nhoc
Пн июн 08, 2015 1:46 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Кстати а многопользовательские лицензии (на организацию) существуют? Или одна лицензия работает на везде куда дотянутся руки админа? Или одна лицензия - один комп? Согласно лиц. договору, одна лицензия может использоваться либо одним человеком на любом количестве компьютеров, либо несколькими людьм...
Vit Nhoc
Пн июн 08, 2015 7:56 am
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Re: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

GAUSSIAN и ADF. В последней не отображается SCF сходимость. Сделаю. 3) Используете ли вы в работе Z-матрицы? Для каких целей? В последнюю версию Chemcraft добавлена автоматическая генерация Z-матриц, только я, честно говоря, сам пока не очень представляю для каких целей она может пригодиться. Испол...
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 9:30 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft
Ответы: 436
Просмотры: 49081

Вопросы по совершенствованию программы Chemcraft

Здравствуйте, Являясь автором программы Chemcraft, я хотел бы задать несколько вопросов: 1) Какие программы для расчётов вы используете, и что можно добавить в Chemcraft в области визуализации данных из выходных файлов этих программ? 2) В последнюю версию Chemcraft добавлены графические схемы “2d st...
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 8:21 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы
Ответы: 17
Просмотры: 2094

Re: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы

Спасибо за ответ. Я не уверен что на DFT будут такие же обрывы, может быть всё это просто артифакт PM3. Я уже не помню, другие случаи обрывов у меня тоже были на полуэмпирике или всё-таки на нормальных методах тоже. Попробую просканировать на DFT, там посмотрим. Обратный скан слишком большого размер...
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 7:30 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы
Ответы: 17
Просмотры: 2094

Re: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы

Да, это обнаружлся как бы баг в Chemcraft. Ещё раз: geom29.xyz - точка справа от обрыва geom27.xyz - точка слева от обрыва Если сканировать справа налево, происходит переход из geom29 в geom27, а если слева направо, получится совсем другое, водородные связи не захотят разрываться. Напоминаю, это всё...
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 6:58 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов
Ответы: 20
Просмотры: 2892

Re: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов

А что означает "с дальней частью", "long-ranged"? Имеется в виду что водородные связи бывают короткие и длинные?
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 5:18 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы
Ответы: 17
Просмотры: 2094

Re: Сканирование ППЭ больших молекул и обрывы

Ещё раз попробую прикрепить все файлы: struct1.sdf - глобальный минимум, основная конформация билирубиан struct2.sdf - локальный минимум, конформация билирубина без внутренних водородних связей geom29.sdf - точка на ППЭ справа от обрыва (напомню, что сканирование проводится справа налево) geom27.sdf...
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 3:25 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов
Ответы: 20
Просмотры: 2892

Re: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов

И ещё вопрос - для водородной связи насколько важны диффузные функции?
Vit Nhoc
Вс июн 07, 2015 3:24 pm
Форум: квантовая химия и моделирование
Тема: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов
Ответы: 20
Просмотры: 2892

Re: Выбор DFT-функционала и сходимость функционалов

Спасибо, буду пробовать.
Оффтоп - а вы - один из разработчиков Кемкрафта?
Да, я единственный разработчик.

Перейти к расширенному поиску