Органический дайджест 72

[rotten-fruit]

Хм, я уже говорил про блог, но могу начать с малого - готов поделиться некоторыми статьями, вызвавшими мой интерес. Правда, не все из этих статей самые свежие, некоторые уже достаточно древние - 2001 год как-никак. У меня давно зрела мысль устроить здесь что-то вроде треда, в котором я б писал про статьи привлекшие мое внимание, интересные мне.

[rotten-fruit]

да нормальная подборка... сознайтесь, что видно авторы Вам досадили чемто или это обычный базар, типа вот я катализ делаю это круто, а другие фигней страдают и результаты у них не новые...

Да нет, никто не досаждал, просто действительно статья такое впечатление произвел на меня в сравении с другими в дайджесте. Правда мне казалось, что она несоответствует его уровню. Если отвлечься от этого, то в принципе статья нормальная, и наверно полезная для кого-то. Я ж просто далек от гетероциклов, практические вещи из всего этого меня не касаются, и читаю я статьи по органике по этому те, где уж что-то удивительное, и воспроизводить это не буду.
На самом деле, не считаю, что катализ чем-то лучше - временами, он даже много хуже. Против авторов ничего не имею, мне скорее выбор составителей не нравится. Просто мне вот хочется там видеть что-то cutting-edge, я ж не для того чтоб это воспроизвести это читаю, а для интереса.

[Cherep]

Если интересно, то коллега sidhar ведёт что-то типа такого блога. ПМСМ, лучше ему помочь продолжать.

[Abwer]

ИМХО легче разрушать, чем созидать
Создавайте хоть какие-то блоги, хоть с чем-то..........
Будет классно, когда вторая-третья ссылка в ГУГЛЕ будет на нас

[Константин_Б]

Заступлюсь за аффтара дайджеста , ибо для меня это наиболее интересная часть "химических новостей", не смотря на то, что я уже отошёл от органики. Тем не менее стиль их написания весьма хорош, пусть и не всегда они бывают для когото актуальны.

[Findarato Ingoldo]

Ну просто сейчас все защищают не эту статью, а скажем так, неоспоримость своего выбора при составлении дайджеста.

Против авторов ничего не имею, мне скорее выбор составителей не нравится.

К сожалению, дискуссия по теме началась уже тогда, когда я обычно не сижу в сети, поэтому как выборщик сюжетов и объект/субъект критики высказываюсь достаточно поздно, когда уже многие аргументы в общей дискуссии были уже озвучены.

1. Органические дайджесты (далее ОД) - самая неоднозначно оцениваемая часть новостного материала на ChemPort. За полтора года существования этого раздела новостей в комментах, в личных письмах успел начитаться оценок по всему спектру - от "Замечательно", до "Полная фигня", причем последняя оценка - чаще матом, зачастую по одним и тем же сборникам-дайджестам. Как к этому относиться? Скорее всего философски - ибо любые отзывы говорят о том, что этот материал читают.

2. Неоспоримость своего выбора я не стремлюсь защищать - если бы я включал только те статьи, которые интересуют МЕНЯ, то все бы было посвящено комплексам металлов 6 и 10 групп в формировании связей С-гетероатом, если бы я включал те статьи, которые интересуют людей, работающих по органике на моем родном факультете/городе - все было бы про каликсарены и химию фосфора. По поводу сюжета, посвященного работе из МГУ, о котором идет речь, может движущей силой, побудившей меня включить это в подборку, послужили вопросы о том, почему на новостной ленте ChemPort так мало сообщений о работе российских коллег.

3. Вообще (правда это глубоко ИМХО) ранжировка только что вышедших статей (как можно заметить большая часть статей из дайджестов на момент выхода материала имеют только DOI) по рангам 5-6 наиболее значимых - это от лукавого. Оценить работу (а точнее цикл работ) по мере влияния на прогресс химии, в частности, и человечества вообще можно лишь спустя некоторое время.
Более того, как-то пытался запустить обсуждение основных открытий химии ХХ века:

http://www.chemport.ru/guest2/viewtopic.php?t=12494

однако все обсуждение, увы, свелось либо к тому, что это невозможно, надо еще подождать, или к банальному флуду и оффтопу.

[Lexx]

И кстати, вопрос. Нравится ли вам читать JOC? Лично мне нет, считаю его скушным, предпочитаю просматривать Org. Lett, сколько не сравнивал, там статьи интереснее чтоли, красивей. Ну и JACS конечно тоже интересно, причем он хорош тем что там совсем не одна органика. Конечно я еще люблю просматривать Organometallics и читать оттуда понравившиеся статьи.

Читать может и скучно. А вы пробовали оттуда методики воспроизводить?
Что JACS современный, а уж тем более OrgLett... Страдают, в общем К JOC лично у меня претензий намного меньше.

[rotten-fruit]

И кстати, вопрос. Нравится ли вам читать JOC? Лично мне нет, считаю его скушным, предпочитаю просматривать Org. Lett, сколько не сравнивал, там статьи интереснее чтоли, красивей. Ну и JACS конечно тоже интересно, причем он хорош тем что там совсем не одна органика. Конечно я еще люблю просматривать Organometallics и читать оттуда понравившиеся статьи.

Читать может и скучно. А вы пробовали оттуда методики воспроизводить?
Что JACS современный, а уж тем более OrgLett... Страдают, в общем К JOC лично у меня претензий намного меньше.

А про воспроизводимость методик я уже говорил, для меня это маловажно, т.к. с обычной органикой мало контактирую. У меня субстрат почти неорганика, но реакции примерно органические. Я уже говорил, что все это любопытства ради, "не дай себе засохнуть". Думаю, из дайджеста тоже никто ничего воспроизводить почти не будет, он нужен для эстетики скорее.

[Константин_Б]

Думаю, из дайджеста тоже никто ничего воспроизводить почти не будет, он нужен для эстетики скорее.

А я вот воспроизводил, точнее там почерпнул некоторую идею, которую пробовал применить для своих задач. Правда в производство внедрить не удалось...

[rotten-fruit]

Итак, я обещал что-то выложить интересное, и попытаюсь сдержать обещание, хотя на первый раз получится не очень так как не понятно что с exchange, пытаюсь картинки так выкладывать. Итак, это статья из Org.Lett, пока еще ASAP:
Protein Plasticity: A Single Amino Acid Substitution in the Saccharomyces cerevisiae Oxidosqualene−Lanosterol Cyclase Generates Protosta-13(17),24-dien-3β-ol, a Rearrangement Product
Tung-Kung Wu, Hao-Yu Wen, Cheng-Hsiang Chang, and Yuan-Ting Liu
Web Release Date: 22-May-2008; (Letter) DOI: 10.1021/ol800799n

В этой работе авторы модифицировали фермент оксидосквален-ланостерол циклазу дрожжей, а именно, заменив там 699-ый фенилаланин на серин, треонин и ряд других аминокислот (здесь 699-ый фенилаланин, как Вы понимаете, не является каталитическим, он нужен в ферменте для стабилизации карбокатиона, образующегося во время циклизации оксидосквалена. Он стабилизируется за счет электронной плотности бензольного кольца фенилаланинового остатка. Целью замены было нарушить эту стабилизацию, направив реакцию по другому пути). Из полученных мутантов, новое вещество было выделено из того что с треонином, тогда как остальные не производили ничего.
Такие подходы к оргсинтезу сейчас набирают популярность. Я видел статью, в которой "играя" с активностью ферментов в дрожжах, удалось получить поликетид, аналог того, что они производят нормально. Но это расскажу в другой раз.
Еще есть статья 2001 года про кросс-каплинг с пептидами, и еще много в этом духе.
Может, кому и понравится сегодняшняя статья.

[Marxist]

Есть мнение, что эта статья ничем не лучше той, которая вызвала Ваше негодование, с точки зрения идеи, заложенной в исследование. Просто у людей, в отличие от наших палестин, значительно лучше развито материальное обеспечение и сотрудничество с коллегами

[rotten-fruit]

Есть мнение, что эта статья ничем не лучше той, которая вызвала Ваше негодование, с точки зрения идеи, заложенной в исследование. Просто у людей, в отличие от наших палестин, значительно лучше развито материальное обеспечение и сотрудничество с коллегами

Может быть, может быть... Но проблема еще в том, что таких статей про аминирование с медью полным полно, а это только начинает развиваться. Если Вы прочитали статью, могли отметить, что они ссылаются на немногие сходные работы, опубликованные в хороших журналах...
Между прочим, мое негодование вызвала не столько статья (и вообще, пардон, как может вызывать негодование статья, честно написанная, без вранья и прочего (просто я знаю, что Юровская человек уважаемый и писать "китайские" статьи не будет)), сколько ее некоторая переоценка, все же не тот уровень для cutting-edge дайджеста. Потом, мое негодование уже прошло, а я пощу тут статьи, мне в чем-то интересные. Я не говорил, что сейчас я сделаю полную замену дайджесту.
По поводу матобеспечения и сотрудничества с коллегами - с этим я согласен, но считаю, что проблема скорее в отсутствии сотрудничества, точнее полного нежелания сотрудничать. Почему так, я не знаю, да и вникать, почему сотрудник кафедры Хi не хочет дружить с сотрудником кафедры Хj я не хочу. Я человек маленький, знаете ли.
Да, и если кто-то хочет чтоб я не постил некие статьи, если это оскорбляет чьи-то религиозные или иные чувства, то я не буду.

[sidhar]

Мне не очень интересна именно эта статья, но это мое сугубо личное мнение. Всем не угодишь. Пишите еще!

[rotten-fruit]

Мне не очень интересна именно эта статья, но это мое сугубо личное мнение. Всем не угодишь. Пишите еще!

А вот мне интересно, что Вам интересно. Скажите.

[sidhar]

Трудно ответить на этот вопрос. Сегодня эта статья нравится, а завтра читаю и думаю: и чем она мне понравилась?
Как-то все у меня субъективно
Я не говорю, что предложенная Вами статья "плохая", просто мне не нравятся стероиды, бактерии, ферменты и аминокислоты. А кому-то нравятся. Мне кажется, надо писать о том, что Вам нравится.

[rotten-fruit]

Трудно ответить на этот вопрос. Сегодня эта статья нравится, а завтра читаю и думаю: и чем она мне понравилась?
Как-то все у меня субъективно
Я не говорю, что предложенная Вами статья "плохая", просто мне не нравятся стероиды, бактерии, ферменты и аминокислоты. А кому-то нравятся. Мне кажется, надо писать о том, что Вам нравится.

Вы чертовски правы. Стероиды мне тоже не совсем нравятся. А вот остальное вроде как да. Я смотрел Ваш блог, Вам я вижу нравится что-то металлокомплексное, особенно, я подозреваю C-H активация - как "зеленый" метод. В принципе, мне тоже нравится всякая organometallic chemistry, некому ее подобию нас пытались учить на химфаке. Подозреваю, Вы тоже когда-то изучали те же спецкурсы что и я - Элементоорганику, физическую органическую химию...

[sidhar]

Нет, я не являюсь фанатом металлокомплексной химии, просто такие реакции очень результативны, я не виноват .
C-H-активация - нравится.

[Maloy]

ну так в чем же дело? давайте металлорганику! чертовски интересная химия...

[rotten-fruit]

Итак, я некоторое время здесь не писал. Но тему я не забросил, у меня просто была пора защиты диплома. Сегодня я защитился, называю себя тперь не иначе как Магистр Ордена Ленина и Трудового Красного Знамени. Еще хотел сказать спасибо Сержл'у и другим, кто отвечал на некоторые мои вопросы на форуме органической химии, их ответы помогли мне вобщем сделать мой диплом. Большое им спасибо.
Чуть позже сегодня я собираюсь вновь поделиться с вами, уважаемые пользователи chemport, некоторыми статьями, привлекшими мое внимание.

[rotten-fruit]

Итак, вот и статьи:
I)Organic Letters:
Org. Lett., Vol. 10, No. 9, 2008 1855-1858 Shouchu Tang, Yanfen Xu, Jinmei He, Yongping He, Jiyue Zheng, Xinfu Pan, and Xuegong She: Application of a Domino Friedel−Crafts Acylation/Alkylation Reaction to the Formal Syntheses of (+-)-Taiwaniaquinol B and (+-)-Dichroanone

ol-2008-00513v_0001.gif

Здесь мне понравилось, как простые, очень давно известные реакции нашли примение в создании полициклического скелетона. Простой, но очень эффектный синтез.
Больше про эту статью сказать нечего, все можно оценить и самому.
Далее по курсу JACS:
II) J. AM. CHEM. SOC. 2006, 128, 1080-1081 S. David Tilley and Matthew B. Francis: Tyrosine-Selective Protein Alkylation Using п-Allylpalladium Complexes

ja057106kn00001.gif

Авторы нашли, что при значениях ph около 8,5-9,0 в воде можно осуществить палладий-катализируемое аллилирование фенолятов, в том числе тирозиновых остатков белков. В качестве объекта исследования выбрали химотрипсиноген А, про который было известно, что он содержит тирозиновый остаток, который доступен для растворителя и реагентов (говоря по органически, не затруднен стерически в отличие от других содержащихся в этом белке тирозиновых остатков).
А дальше осуществили реакцию с двумя аллильными реагентами - ацетатом и карбаматом.
По моему красиво как пример применения обычных реакций к субстратам с огромным количеством функциональных групп. Это очень ярко иллюстрирует высокую хемоселективность палладий-катализируемых реакций.
Ладно, на сегодня все.