Вкурить в кванты

[Marxist]

Вот размышляю в последнее время о роли квантовой химии в современной прикладной науке. И хочется услышать мнение знающих людей. Сам я, как некоторым тут известно, занимаюсь drug-like-молекулами, но квантовую химию в своих исследованиях почти не использую. Можно ли сказать, что уже для многих задач в этой области квантовохимический расчёт представляет собой честный чёрный ящик, или всё-таки всё ещё надо думать? Поясню. Наиболее часто очень важно найти глобальный минимум при конформационном поиске. Разные силовые поля в ММ-подходе дают в общем случае разные результаты. Есть ли метод, который позволяет для драг-лайк-молекулы дать физически значимый результат на обычной персоналке меньше чем за час? Есть ли смысл вообще использовать кванты для этого, или хватит полуэмпирики, или вообще ММ, или даже на силовое поле плевать? Хотя вот неподалёку есть статья, где разные силовые поля по-разному ранжируют конформеры таксола.

В общем, очень хочется знать, что думают коллеги о роли и эффективности современных расчётных методов.

[iskariot]

Коллегами разрабатывается теория взаимосвязи структура-активность с привлечением квантово-химических методов. Суть - в термодинамике связывания ЛП с белком в водной среде. По их результатам, квантовая химия замечательно предсказывает активность ЛП. Но только расчет они делают не на ПК, а на кластере и далеко не за час

[Findarato Ingoldo]

Когда как, кстати на эту тему сегодняшняя новость:
http://www.chemport.ru/datenews.php?news=1041

По своему опыту (он правда касается работы с металлоорганикой металлов 6 и 10 групп) могу сказать,что раз на раз не приходится.
Однажды рассчитанное (по квантовохимически полученным свободным энергиям) соотношение двух возможных изомеров чуть ли не совпало с экспериментально определяемым (1:33 vs 1:25 ), бывает, что и расчет и эксперимент чуть ли не в противоречиях, но это все не о полуэмпирике а о DFT, которая для моих моделей на персоналке решается за несколько суток - несколько недель.

Боюсь, что хорошие предсказания полуэмпирикой сделать гораздо сложнее, к тому же не надо забывать про основную проблему квантов - по умолчанию расчет ведется для вакуума, а реакции в нем очень редко кто делает. Если же вводить модель влияния растворителя (даже простенький Кирквуд-Онзагер), даже для полуэмпирики время расчета существенно растет .

[Nik®]

хоть и оффтоп но все же
там же новость http://www.chemport.ru/datenews.php?news=1038
прочитал имя исследовательницы,
думал показалось,
перечитал, нет, не показалось

Код: Выделить всё

... Ву (Hui Wu) исследовала новое соединение для хранения водорода, представляющее собой смесь амида лития с гидридами легких металлов. Материал обратимо поглощает и испускает водород, однако, как его поглощения, так и испускания требуются высокие температур, также в качестве сопродукта при этом выделяется токсичный аммиак.

[Polychemist]

Ничего серьезного не считал, но выскажусь . Полуэмпирику (Hyperchem) периодически пользую для проверки гениальных/бредовых идей, своих и начальствующего академика. Прийдет вдруг в голову некая идея, некий маханизьм, нарисуешь структурку, оптимизнешь - а там ключевая связь 5А длиной . Открытие закрывается. Если же все вроде ничего, да еще стартуя с разных точек - делаем вывод, что идея в принципе может быть верной. Ищем экспериментальные/спектральные подтверждения. Пару лет назад чего-то обсуждали с кррррутым квантовиком (пишет программы на немецком кластере, двуатомные молекулы уже сосчитали, вроде как и бензол осилили...). Ну и вырвалось у него - дык у нас в группе, прежде чем гонять настоящую неэмпирику, запускаем ворованный Hyperchem, и крутим в нем. И многое становится ясно...

[vivi]

оффтоп:
Дмитрий Иванович, в 3 часа ночи надо спать

[Cherep]

Кстати, Marxist, помнишь я в 2006 чтоли году запостил в "органическом" обзор из Angew Chemie чтото про перспективы вычмслений. Типа в каком ориентировчно году можно будет рассчитывать объект сложности типа мышь
Не было ли в том обзоре чего по сабжу? Хотя он про ММ в основном.

[rotten-fruit]

О, дайте ссылку пожалуйста на этот обзор.

[Cherep]

Да я чё, помню штоле? Помню, статьёй делился.

[Marxist]

Кстати, Marxist, помнишь я в 2006 чтоли году запостил в "органическом" обзор из Angew Chemie чтото про перспективы вычмслений. Типа в каком ориентировчно году можно будет рассчитывать объект сложности типа мышь
Не было ли в том обзоре чего по сабжу? Хотя он про ММ в основном.

Не помню... Главный вопрос не в объёмах вычислительных, а в степени человеческого невмешательства. То есть как бы какой максимальный размер системы, для которой получаются адекватные результаты ab initio расчёта при дефолтных параметрах? Например, адекватная конформация

[VTur]

Работаю с (или до) 30-ти атомными молекулами и радикалами. Геометрия, дип. момент и спектр (боле-менее) совпадают с известными экспериментальными, но расчет идет по неделям (1-2нед.). Для 10-ти атомной молекулы выдам термодинамику, совпадающую с экспериментом за 3 месяца. 4 обычных РС в параллель. Всё по умолчанию, но моему умолчанию. А вот какие молекулы и радикалы можно гонять на Вашем "Скифе" или в Томске, даже и не представляю.