VTur рассуждает про РСА

здесь можно обсудить кошечек и ёжиков
VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

VTur рассуждает про РСА

Сообщение VTur » Чт дек 20, 2012 6:41 pm

Himera писал(а):
VTur писал(а):Ни факт, что для большой молекулы нет другого строения (конформера-изомера) дающего примерно тоже самое. Измените штрафную функцию и будет то, что надо.
Примеры?
Рентген относится к некоректным обратным задачам. Для него еще не созданы безэталонные методики, это значит, окончательное решение можно принять либо исходя из "интуиции",либо изчего-то другог независиого. Для прлстых молекул можно обойтись интуицией, а для белков нежно незвтсимая дополнительная информация, иначе можео получить несколько моделей свнуьри одного доверительного интервала

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8532
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение ИСН » Чт дек 20, 2012 6:46 pm

Практически все физхимметоды относятся к некорректным обратным задачам. Big deal.

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Himera » Чт дек 20, 2012 11:16 pm

VTur в очередной раз открыл Америку... :twisted:

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 6:12 pm

Himera писал(а):VTur в очередной раз открыл Америку... :twisted:
Чего ж тогда спрашивали, если знаете ответ? Или думали, что я не отвечу?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Аватара пользователя
Himera
Сообщения: 3454
Зарегистрирован: Ср мар 05, 2003 5:38 pm
Контактная информация:

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Himera » Пт дек 21, 2012 6:22 pm

Ждали конкретных примеров, а не общих слов.

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Alex K » Пт дек 21, 2012 6:27 pm

Не знаю, какую там Америку открыл VTur, но написанное им не очень соответствует действительности...

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 7:01 pm

Alex K писал(а):Не знаю, какую там Америку открыл VTur, но написанное им не очень соответствует действительности...
А, теперь РСА однозначно указывает положения всех атомов, их заряды, даже для соединение неизвестного элементного состава? Т.е. однозначно восстанавливает структур? Я отстал от жизни, и в какм учебнике это написано?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 7:05 pm

Himera писал(а):Ждали конкретных примеров, а не общих слов.
Какие тут вообще могут быть примеры, если число уравнений меньше, чем число неизвестных? Или это не понятно? И с каких пор численный пример подгонки под результат (а расшифрофка данных РСА есть подгонка под результат) может опровергнуть или доказать общие положения?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 7:16 pm

Alex K писал(а):Не знаю, какую там Америку открыл VTur, но написанное им не очень соответствует действительности...
И хотелось бы узнать подробнее, что именно не соответствует действительности? Дифракционная картинка? С какой точностью у Вас определчтся тосионные углы?

[ Post made via Android ] Изображение
После отстоя требуйте долива

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Alex K » Пт дек 21, 2012 7:25 pm

VTur писал(а): А, теперь РСА однозначно указывает положения всех атомов, их заряды, даже для соединение неизвестного элементного состава? Т.е. однозначно восстанавливает структур? Я отстал от жизни, и в какм учебнике это написано?

[ Post made via Android ] Изображение

РСА по дифракции на монокристаллах при хорошем качестве кристалла и съемки в РУТИННОМ режиме восстанавливает распределение электронной плотности по усредненной элементарной ячейке. Со всеми отсюда вытекающими. Собсвенно, во всех учебниках за последние лет так 25+ и написано. А случай исследования кристалла с СОВЕРШЕННО неизвестным элементным составом - вешь таки нечастая.

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Alex K » Пт дек 21, 2012 7:27 pm

VTur писал(а):
Alex K писал(а):Не знаю, какую там Америку открыл VTur, но написанное им не очень соответствует действительности...
И хотелось бы узнать подробнее, что именно не соответствует действительности? Дифракционная картинка? С какой точностью у Вас определчтся тосионные углы?

[ Post made via Android ] Изображение
Где это Вы приводили дифракционную картинку?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 8:11 pm

Alex K писал(а):
VTur писал(а):
Alex K писал(а):Не знаю, какую там Америку открыл VTur, но написанное им не очень соответствует действительности...
И хотелось бы узнать подробнее, что именно не соответствует действительности? Дифракционная картинка? С какой точностью у Вас определчтся тосионные углы?

[ Post made via Android ] Изображение
Где это Вы приводили дифракционную картинку?
Не переводите стрелки. Я Вам задал вопрос. Отвечайте.

Вы и расходимости не считаете? И функционалы не минимизируете?
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение VTur » Пт дек 21, 2012 8:12 pm

Alex K писал(а):
VTur писал(а): А, теперь РСА однозначно указывает положения всех атомов, их заряды, даже для соединение неизвестного элементного состава? Т.е. однозначно восстанавливает структур? Я отстал от жизни, и в какм учебнике это написано?

[ Post made via Android ] Изображение

РСА по дифракции на монокристаллах при хорошем качестве кристалла и съемки в РУТИННОМ режиме восстанавливает распределение электронной плотности по усредненной элементарной ячейке. Со всеми отсюда вытекающими. Собсвенно, во всех учебниках за последние лет так 25+ и написано. А случай исследования кристалла с СОВЕРШЕННО неизвестным элементным составом - вешь таки нечастая.
Тогда внимательно перечитайте, что я писал по этому поводу выше.
После отстоя требуйте долива

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: Обратите внимание!!! Бывает же несправедливость!

Сообщение Alex K » Сб дек 22, 2012 12:29 pm

VTur писал(а): Не переводите стрелки. Я Вам задал вопрос. Отвечайте.

Вы и расходимости не считаете? И функционалы не минимизируете?
Таки, уточните вопрос, на который ждете ответа.
Расходимости считаются. И функционалы минимизируются. И что из этого?

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3098
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение IB » Сб дек 22, 2012 1:37 pm

Выборочно ознакомился с РСА-срачом. :facepalm: . Как практик в области РСтА (пусть и не особенно продвинутый), а так же какой-никакой, но синтетик, могу лишь сказать что комментарии большинства пользователей за уверенным исключением ИСН и Himera отличаются по большей части глубокой дремучестью. Споры ЯМР vs РСтА, ака слон против кита, т.е. по сути своей некорректные очень популярны в среде чистых синтетиков, и за пределами их клубов почти не практикуются.

Коротко резюмируя тривиальные факты, в большинстве упоминавшиеся и до этого:
- Методы применяются к разным агрегатным состояниям вещества (кроме твердотельного ЯМР, который обладает куда меньшей общностью в применении по сравнению с классикой). Таки да, сольватированное состояние молекул и обмен, конформационная динамика, проблемы связанные со временем релаксации и другие нюансы делают ЯМР менее однозначным в применении методом чем РСтА. Это тем более правда, что современный РСтА более рутинный метод, чем анализ совокупности совокупности экспериментов ЯМР (чем более сложно строение молекулы тем в большей степени это справедливо).
- РСтА определяет структуру одного кристалла, а не всей фазы (ЯМР же, хоть метод и сравнительно малочувствительный, оперирует значительной частью образца, который практически идеально гомогенизирован, т.е. фактический оперирует всем образцом). Дополнительно к PCтА нужно проводить доказательство однородности фазы, чем большинство любителей пренебрегает - отсюда и проистекает огромное количество ошибок.
- Пожалуй можно построить примеры для сравнительно простых структур, содержащих мало атомов, когда РСтА с малым разрешением 2Theta<40deg будет давать одинаковый результат съемки (= фактически фотографию reciprocal space), но для съёмки структур сложных молекул выполненных с высоком разрешением с высококристалличных образцов без специфических кристаллографических проблем такого на практике не бывает.
- РСтА сам по себе не даёт однозначных результатов, в случае, если состав неизвестен (надо признать, что в этом случае и рутинный анализ ЯМР превратится в муку). С другой стороны предварительное применение рентгенофазового анализа, а так же в случае необходимости XPS даст отличный однозначный результат.
- Таки далеко не всегда можно вырастить хорошие кристаллы для РСтА. Это по большей части практическая проблема, но в этом смысле да, ЯМР более универсально в случае, если образец можно растворить (т.е. это справедливо разве что для органической химии, да и то ой как далеко не всегда).

В итоге: если уж тёмным людям хочется сравнивать РСтА и ЯМР, то первый, в широком смысле этого слова (т.е. включая рентгеновские методы вообще, как дифракционные, т.е. РСтА, рентгенофазовый анализ, EXAFS, XANES, SAXI, так и не дифракционные - XPS) имеет более общие возможности. Что опять таки совершенно не нивелирует мощь совокупности магнито-резонансных методов. На практике же абсолютное большинство проблем возникает из-за человеческого фактора, т.е. фактически неправильного применения метода и в частности интерпретаций, что особенно характерно для людей далёких от него.

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение Alex K » Сб дек 22, 2012 2:27 pm

IB писал(а): РСтА определяет структуру одного кристалла, а не всей фазы
классическое определение фазы все-таки иное... :D
IB писал(а): РСтА с малым разрешением 2Theta<40deg
это как???? :shock:

PS. А в целом все верно.

stormclouds
Сообщения: 113
Зарегистрирован: Чт апр 14, 2011 1:17 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение stormclouds » Сб дек 22, 2012 2:37 pm

Подскажите книжку по современным основам РСА.

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3098
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение IB » Сб дек 22, 2012 2:38 pm

Alex K писал(а):классическое определение фазы все-таки иное... :D
Я думаю, что из контекста там всё понятно, пусть и можно размышлять далее о верной терминологии.
Alex K писал(а):
IB писал(а): РСтА с малым разрешением 2Theta<40deg
это как???? :shock:
Есть понятие low resolution и high resolution (single crystal) XRD. Например съёмка до 2Theta<40deg (уточню что на классическом молибденовом или медном источнике, т.е. соответствующей длине волны) - это типичный low resolution XRD и не позволяет в общем случае локализовать электронную плотность соответствующую одной электронной паре или связи образуемой водородом. Фактически это практическое следствие закона Брегга.

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3098
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение IB » Сб дек 22, 2012 2:49 pm

stormclouds писал(а):Подскажите книжку по современным основам РСА.
Это хитрый вопрос :). Основы РСА не изменились, и их можно изучать и по сравнительно старым книгам. С другой стороны практические возможности за последние двадцать-тридцать лет (с началом массового применения area detectors, и многих других вкусняшек типа microfocused source) очень существенно выросли.

Из относительно современного (1994) могу порекомендовать Jan Drenth "Principles of Protein X-ray Crystallography" (из того, что я сам эпизодически использовал). Но уже есть точно более свежие и вероятно лучшие книги, по крайней мере в контексте практики.

Alex K
Сообщения: 761
Зарегистрирован: Вт авг 09, 2011 7:29 pm

Re: VTur рассуждает про РСА

Сообщение Alex K » Сб дек 22, 2012 4:28 pm

IB писал(а):
Alex K писал(а):классическое определение фазы все-таки иное... :D
Я думаю, что из контекста там всё понятно, пусть и можно размышлять далее о верной терминологии.
с заменой "фаза" = "образец"? Понятно. :)
IB писал(а):
Alex K писал(а):
IB писал(а): РСтА с малым разрешением 2Theta<40deg
это как???? :shock:
Есть понятие low resolution и high resolution (single crystal) XRD. Например съёмка до 2Theta<40deg (уточню что на классическом молибденовом или медном источнике, т.е. соответствующей длине волны) - это типичный low resolution XRD и не позволяет в общем случае локализовать электронную плотность соответствующую одной электронной паре или связи образуемой водородом. Фактически это практическое следствие закона Брегга.
Сорри. Ваша фраза выглядит как "разрешение по 2тета < 40 град.", что, согласитесь... :) Кроме того, как мне всегда казалось, что "<40 град" - это к наблюдаемой части ОП, а разрешение определяется шагом по углам и набором сигнала - можно и небольшую часть ОП посмотреть с высоким разрешением.

PS. Cu и Mo трубки (с двукратной разницей в длинах волн) - это ОЧЕНЬ большие разницы.
PPS. Ограничение по 2тета - это чисто механическое ограничение машины (ну, или ограничение на время съемки), трубка тут ни при чем.

Ответить

Вернуться в «лицом к лицу»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: Выбегалло и 30 гостей