координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

[Hitman]

Не знаю, можно будет попробовать.. Не могли бы вы в 2 словах сказать что это за прога?
В принципе, работающая матрица была найдена мной в международных таблицах по кристаллографии (B, p360, вторая из трех ). Единственное что не очевидно (по крайней мере было не очевидно для меня) - это то, что углы должны быть выражены в радианах.

[VIPer]

а что за четвёртый столбец с числами в cif-файлах? ну первые три понятно. дальше вроде более-менее тоже понятно, а вот с четвёртым столбцом не очень на ESD вроде непохоже..

[Hitman]

а что за четвёртый столбец с числами в cif-файлах? ну первые три понятно. дальше вроде более-менее тоже понятно, а вот с четвёртым столбцом не очень на ESD вроде непохоже..

Приведите пример файла, так сказать сложно, т.к. непонятно, что за 4-й столбец. Точно ли у вас cif формат? Может pdb/ent?

[VIPer]

файл из кембриджской базы, но в моих всё аналогично.

Код: Выделить всё

#######################################################################
#
#                 Cambridge Crystallographic Data Centre
#                                CCDC 
# 
#######################################################################
# 
#  This CIF contains data from an original supplementary publication 
#  deposited with the CCDC, and may include chemical, crystal,   
#  experimental, refinement, atomic coordinates, 
#  anisotropic displacement parameters and molecular geometry data,
#  as required by the journal to which it was submitted. 
# 
#  This CIF is provided on the understanding that it is used for bona
#  fide research purposes only. It may contain copyright material 
#  of the CCDC or of third parties, and may not be copied or further 
#  disseminated in any form, whether machine-readable or not,  
#  except for the purpose of generating routine backup copies 
#  on your local computer system.
# 
#  For further information on the CCDC, data deposition and 
#  data retrieval see:
#                         www.ccdc.cam.ac.uk 
#
#  Bona fide researchers may freely download Mercury and enCIFer
#  from this site to visualise CIF-encoded structures and 
#  to carry out CIF format checking respectively. 
#
####################################################################### 
....
_atom_site_disorder_group
K1 K 1.48932(9) -0.23370(8) 0.08337(5) 0.0665(4) Uani 1 1 d . . .
O14 O 0.7015(2) -0.1200(3) 0.31392(15) 0.0618(5) Uani 1 1 d . . .
O13 O 1.2491(3) 0.4717(3) 0.19426(17) 0.0665(5) Uani 1 1 d . . .
O12 O 1.4899(3) 0.4369(3) 0.12041(17) 0.0661(6) Uani 1 1 d . . .
O11 O 1.4939(3) 0.1218(3) 0.12037(19) 0.0728(6) Uani 1 1 d . . .

[VIPer]

я имел в виду четвёртый столбец с числами. первые три, судя по меркюри - это Xfrac + ESD, Yfrac + ESD, Zfrac + ESD. если дополнительными столбцами вывести просто Xfrac, Yfrac, Zfrac, то он выводит по сути те же самые числа. т.е. банальное вычитание не даёт нам значений из четвёртого столбца, т.е. это точно не ESD (стандартное отклонение, как я понимаю?).. да и практически одинаковые значения в этом столбце тоже явно что-то да значат..

[Hitman]

Сложно сказать, я таких записей в cif файлах не встречал.
Однако, в файлах перед химической информацией идут строки описания, например:

Код: Выделить всё

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
C1 C 0.02540 -0.12530 -0.01880
C2 C 0.20290 -0.03380 -0.88420
C3 C 0.03670 -0.02230 -0.14320

Посмотрите, что там у Вас написано, может натолкнет на мысль. А вообще, Ваш файл наверно не из базы,
а после съемки на дифрактометре, попробуйте поинтересоваться у кристаллографов.

[Hitman]

[cut]Опередил меня на минуту[/cut]

Сложно сказать, попробуйте посмотреть вот это, может быть поможет.
http://www.iucr.org/resources/cif/documentation#docs
http://en.wikipedia.org/wiki/Crystallog ... ation_File
http://www.iucr.org/__data/assets/pdf_f ... fguide.pdf

[VIPer]

файл скачан именно с базы кембриджской. просто он был прислан на почту с расширением txt, но это не суть. я скачал для примера два файла на две структуры из двух разных статей - одну российскую из журнала структурной химии, другую индусов из ACS. файлы и номера депозитов были найдены по фамилии автора, году, названию журнала и первой странице. всё совпало, структуры те, что из статей.
просто я сам намерен написать краткое сообщение с описанием кристаллической структуры моего вещества, и хотелось бы разобраться что к чему. мои cif-файлы действительно пока только получены от кристаллографов, и в базе моих нет. в этом-то и собственно соль - в требованиях журнала структурной химии написано, что структуры должны быть депонированы в кембриджской базе, а процедура депонирования включает в себя в том числе и указание статьи и страницы её, т.е. либо я что-то не так понимаю, либо это замкнутый круг. но банальная логика подсказывает, что раз в базе всё-таки есть уже точные сведения о журнале, годе и странице, то сначала всё-таки должна выйти статья, а уж потом произойти депонирование. но тогда не совсем понятна фраза из требований)) вобщем, столкнулся с этим в первый раз, а тут ещё решил покопаться в этих сифах, и вопросы назревают быстрее, чем ответы

[VIPer]

спасибо, кажется, логику я понял, вот полный кусок этого блока файла:

Код: Выделить всё

loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_calc_flag
_atom_site_refinement_flags
_atom_site_disorder_assembly
_atom_site_disorder_group

получается, четвёртому столбцу чисел отвечает параметр "_atom_site_U_iso_or_equiv" ? а что это и в чём он измеряется?

[Himera]

это параметр атомного смещения; он же -- с точностью до коэффициента -- Debye-Waller factor. Если вам нужны координаты для квантовой химии, то забудьте про эту четвёртую колонку: в данном случае никакой полезной информации она не несёт. Да и вообще в большей степени является техническим параметром, важным для структурного анализа, но не отражающим реальные тепловые колебания атомов.

[VIPer]

спасибо за ответ!

[ИСН]

Хотя можно сказать, что реальные тепловые колебания он тоже отражает.

[Лечащий Врач]

VIPer, подробно прочитать, что такое депонирование структур (правда, на английском), можно по адресу:

https://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd/deposit/

Если уж вы собрались их депонировать, то вам именно туда Если кратко - то депонируется структура ПЕРЕД отправкой статьи, и вы получаете номер, пользуясь которым потом рецензент сможет получить ваш CIF-файл, чтобы выяснить, все ли в порядке с рентгеном. Правда, приличные люди при отправке статьи все равно прилагают cif-файлы, чтобы рецензенту было удобнее. В большинстве западных журналов эти файлы идут в electronic supporting information (ESI). Но для отсталых журналов, у которых ESI нет, существует возможность запросить файл в КБСД по номеру депонирования.

Вот то, что вы скачали, это на самом деле не "файл из базы", а как раз псевдо-ESI. При пополнении файл переформатируется и из него, в частности, убираются тепловые параметры.

[VIPer]

Лечащий Врач
спасибо за информацию!
но не совсем понятно, как же депонировать, если статьи нет ещё в природе? если оставить пустыми в enCIFer-е строки о журнале. статье. странице, то тогда при проверке на сайте выдаётся предупреждение А, а с ним опять же, редакция структурной химии сама пишет - нельзя такие файлы отправлять рецензенту, их нужно доработать! так что же сначала - курица или яйцо?
и файлы я качал же по номеру депозита, поиск там осуществлялся по статье и странице. если это не база, то что же тогда и где же настоящая база?:)

[Лечащий Врач]

Лечащий Врач
но не совсем понятно, как же депонировать, если статьи нет ещё в природе? если оставить пустыми в enCIFer-е строки о журнале. статье. странице, то тогда при проверке на сайте выдаётся предупреждение А, а с ним опять же, редакция структурной химии сама пишет - нельзя такие файлы отправлять рецензенту, их нужно доработать! так что же сначала - курица или яйцо?
и файлы я качал же по номеру депозита, поиск там осуществлялся по статье и странице. если это не база, то что же тогда и где же настоящая база?:)

1) Эти поля вообще не нужны при отправке статьи. Они заполняются при публикации статьи в журналах Международного союза кристаллографов (IUCr), а именно в Acta Crystallographica C и E, где, внимание, ВСЯ СТАТЬЯ помещается внутрь cif-файла. Удалите эти поля вовсе - будет вам счастье. Если enCIFer этого не позволяет, то эти файлы можно хоть Блокнотом редактировать (я лично это делаю встроенным в FAR редактором).

На всякий случай - вам нужна проверка СТРУКТУРЫ ( по адресу http://checkcif.iucr.org/) а не ссылка оттуда на full publication check —последнее как раз относится к статьям внутри cif'а!

А при депонировании указываются только предполагаемый журнал и соавторы.

2) настоящая база - это та, в которой поиск по структуре (пространственной группе, параметрам ячейки, и прочая, и прочая) можно делать. Ближайшее к вам место, где она находится, зависит от города, в котором находитесь вы. Наша лаборатория распространяет эту базу официально и безвозмездно по куче городов России и СНГ

[Ferom]

Лечащий Врач, а зачем все это? А вдруг завтра откроется новое неучтенное взаимодействие дальнего порядка, которое исказит представляемые структуры на несколько десятых ангстрем??? И к чему все эти базы данных?

[Лечащий Врач]

Лечащий Врач, а зачем все это? А вдруг завтра откроется новое неучтенное взаимодействие дальнего порядка, которое исказит представляемые структуры на несколько десятых ангстрем??? И к чему все эти базы данных?

В частности, эти базы данных (Кембриджская органическая, более 700 тысяч структур и Карлсруэвская неорганическая более 100 тысяч), как раз и создавались затем, чтобы, если кто-то вдруг решил, что он придумал новое взаимодействие, у него сразу была возможность проверить свое предположение Данные в них получены методами рентгеновской и нейтронной дифракции, которые не зависят НИКАК от представлений о структуре веществ, т.к. опираются на очень банальную математику. Лично я не верю, что поменяются представления о длине волны рентгеновского излучения, дифракции от системы сфер и Фурье-преобразовании

[asp99]

Наша лаборатория распространяет эту базу официально и безвозмездно по куче городов России и СНГ

А как можно получить доступ? Нужно письмо от организации или регистрация где-то?

[Лечащий Врач]

2 asp99

В Алтайском госуниверситете базу получает кафедра неорганической химии. В одну организацию поставляется бесплатная база на один компьютер. Следующая копия стоит недорого (меньше 5 т.р. в год), но в принципе, ответственный за базу должен предоставлять доступ желающим в рамках организации. Если вы из какой-то другой организации и хотите получить доступ, напишите в личку, я вам скажу, каковы должны быть дальнейшие действия. Процесс получения БД не мгновенный, но каждый год регистрируются новые люди.

[Yeugen2018]

Добрый вечер! Никто не подскажет где можно подробнее почитать о структуре cif файлов, или может кто-то подробно опишет, какой блок за что отвечает и каждая строка при условии если его открыть в блокноте. Спасибо!