Вот например чтоб сделать z-матрицу (при варьировании параметров которой будет сохраняться равновесная симметрия) для упоминавшегося мной циклобутана говорят нужно использовать аж четыре мнимых атома.
В принципе алгоритм можно придумать такой:
0). Определить точечную группу.
1). Сгенерировать все возможные внутр. координаты из декартовых координат (связи, вал.углы, тор.углы.)
2). Теперь путем перебора раскидать все эти внутр. координаты в такие группы, чтоб при одновременном варьировании в этой группе первоначальная симметрия не нурушалась. Но! Варьировать все что попало мы не можем так как внутренних независимых координат всего 3*N-6. Тогда не понятно что делать... Может тогда в каждой группе нужно выбрать конечное число внутр. координат чтоб все вместе они были независимыми?
Можно конечно в пункте 1.) сразу сделать 3*N-6 внутренних независимых координат, но это будет не единственный и не лучший вариант в смысле симметрии.
В общем думать надо.
