Помогите собрать информацию для диссера

[tinydaisy]

Всем здравствуйте !

В настоящее время я работаю над докторской диссертацией в области математической химии,в частности математической обработки экспериментальных данных и создании комплексов программ.

Для изучения вопросов применимости современных компьютерных технологий к математическому моделированию химических процессов мне необходимо прояснить ситуацию с текущим положением дел.

В связи с этим прошу Вас поделиться Вашим опытом и ЗАПОЛНИТЬ АНКЕТУ НИЖЕ В ТЕЛЕ СООБЩЕНИЯ, ответив на ряд вопросов.
Ваши ценные ответы позволят сфокусироваться на наиболее актуальных моментах и максимально качественно разрабатывать научные подходы.

Заранее огромное спасибо!

Вот сама анкета:

Можно выбирать сразу несколько пунктов.
Удалите те варианты ответов, которые Вам не подходят.
Если нужных вариантов нет, пожалуйста опишите ситуацию своими словами.
Вы очень поможете, если дадите развернутый ответ


1) Используете ли Вы в своих исследованиях методы математического моделирования? (Да/Нет)
Если да, то применительно к каким задачам:
а) расчет кинетических параметров механизмов реакций
б) оптимизация условий проведения реакций
в) другое:___


2) Как Вы строите математические модели?
а) разрабатываю, программирую и вычисляю самостоятельно
б) сотрудничаю с коллективом математиков
в) использую программное обеспечение
название:___
что нравится в нем:___
что неудобно:___

3) Какими банками данных химических соединений Вы пользуетесь?
а) у нас есть свой внутренний банк данных
б) пользуюсь публичными данными:
NIST, PubChem, ChemSpider (оставьте или напишите свой вариант)
в) другое:___


4) Как Вы ведете и храните свои экспериментальные данные?
а) в бумажных лабораторных журналах
б) файлы Excel
в) другое специализированное программное обеспечение
Название:___


Насколько Вас устраивает текущая система хранения?
что нравится:___
что неудобно:___

5) Есть ли у вас потребность в вычислительных мощностях (мощных компьютерах)
для математического моделирования?
С чем это было связано?
а) не хватает мощности компьютеров для сложных расчетов
б) вычислительные мощности есть, но пользоваться не можем,
так как они с операционной системой Linux,
а используемое программное обеспечение работает под Windows
в) другое:___


6) Имел ли Ваш коллектив опыт совместной работы над каким-либо исследованием? (Да/Нет)
Какой был формат работы?
а) работа велась над одной задачей несколькими коллективами в стенах одного учреждения
в) работа велась с сотрудниками Вашей организации, но из разных офисов/городов
г) работа велась с коллективами из других учреждений
Как происходило взаимодействие при совместной работе над одним объектом исследования?
а) обмен данными на флеш-накопителе
в) email-переписка, обмен данными по почте
г) личные встречи
в) другое:___

Что тормозило процесс исследования или вызывало неудобства при совместной работе?
а) путаница в данных, обновляемых по мере совместной работы
б) невозможность оперативно предоставлять информацию из-за нахождения вне рабочего места (командировки, дом, отпуск)
в) другое:___


7) Занимались ли Вы самостоятельно настройкой компьютеров или программного обеспечения, используемого для исследований? Вызывало ли это у Вас негативные эмоции?
а) да, так как нет системного администратора
б) нет, у нас есть системный администратор, который все настраивает
в) не люблю настраивать компьютеры и ПО, отвлекает от непосредственного исследования
г) другое:___


8 ) Помимо рабочего места приходилось ли Вам работать/проводить расчеты дома или в командировке?
Какие неудобства при этом Вы испытывали?
а) нет, работаю только на одном рабочем месте
б) работаю за несколькими рабочими компьютерами, приходится постоянно переносить данные
в) работа простаивает, когда нахожусь вне рабочего компьютера
г) работаю иногда вне рабочего компьютера, но есть настроенное ПО на другом компьютере,
проблема только в переносе данных
д) другое:___

[Shorku]

Довольно странная постановка вопроса =)
Зачем нужен такой опрос, если диссер по матмоделированию, а не по социологии там какой-нибудь?

[tinydaisy]

Довольно странная постановка вопроса =)
Зачем нужен такой опрос, если диссер по матмоделированию, а не по социологии там какой-нибудь?

Часть оценки актуальности и обзора аналогов никто не отменял. Не хочется опираться на общие фразы книг 80х годов об актуальности матмода. Плюс поскольку буду в конечном итоге писать программу, хотелось бы снабдить ее по возможности наиболее востребованными фишечками.

Полагаю, если интересуют детали моей работы, можно обсудить их в личке.

А Вас попрошу по возможности ответить на вопросы. Буду премного благодарна.

[Shorku]

Плюс поскольку буду в конечном итоге писать программу, хотелось бы снабдить ее по возможности наиболее востребованными фишечками.

Тут есть одна проблема: матмоделирование можно понимать весьма и весьма по-разному. Начиная от рисования ямровских спектров и до квантовой химии. Тут и кинетика, и масса эмпирической термодинамики, и работа с базами данных, и симуляция разнообразных спектров в разных моделях, и ПАХТ, не к ночи будь помянут.

ЗЫ а еще внезапно подбор оптимальных условий синтеза с помощью нейросетей

[Гесс]

Странный опросник. Ну закинемся.
1) в. Кванты.
2) б(очень зря), в. в - дюжина квантовых пакетов. список названий вам всеравно вряд ли поможет, поэтому скажем - часть этого списка https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software. Не нравится - нет бесплатного интуитивнопонятного высокопараллельного пакета включающего все фишки с нормальным мануалом. Если б Орка не параллелилась чере жопу и имела ошибки как Гауссиан - то почти.
3) вопрос мне малопонятен, в моем понимании а,б
4) б Всё устраивает. (А теперь возьмем попкорн и подождем летящего тапка).
5) в. Вся компьютерная химия (кванты, МД, прочее) требует больше компьютров для бога компьютеров..
6) а,в,г (раз б нет). в которое email. + Dropbox и его аналоги, файлы на сервере, скайп, вконтакт. в. Люди.
7) г. Да, так как ну его нахрен связываться с системным администратором пока есть шанс обойтись малой кровью.
8 ) д - работаю с ноутбука.

[Vittorio]

1) я лично нет, не использую. Но пользуюсь расчетами, которые делают коллеги.

2) Сотрудничаю с коллективом, только не математиков, а химиков. Они пользуют готовый софт.

3) вариант б) пользуюсь публичными данными. Банки разные, как перечисленные, так и другие.

4) а, в.
Данные о синтезах - в бумажном журнале, спектры - спецсофт.
Насколько Вас устраивает текущая система хранения?
что неудобно: в бумажных журналах плохо искать информацию, кнчн. Там у меня есть своя система кросс-реферирования (когда записываю синтез-обязательно указываю номера синтезов исходников и лит.ссылки, номера аналогичных/однотипных синтезов, а для исходников стараюсь пост-фактум записывать, в какой синтез они пошли). Но все равно часто приходится просто лопатить лабжурналы. Альтернативы нет, т.к. электронные лабжурналы хуже (ИМХО) и требуют большего времени для заполнения, ну и + привязка к железу.

5) Есть ли у вас потребность в вычислительных мощностях (мощных компьютерах)
для математического моделирования? -у меня лично нет. У коллег, с которыми сотрудничаю - есть. Очевидно вариант а)

6) Имел ли Ваш коллектив опыт совместной работы над каким-либо исследованием? (Да/Нет)
Да, имел. В самых разных вариантах, а),в),г).

Как происходило взаимодействие при совместной работе над одним объектом исследования?
Да по разному. варианты ) email-переписка, обмен данными по почте, г) личные встречи, в) другое- через соцсети, gdrive, яндексдиск. Обычно коллабораторы -из других городов или стран.

Что тормозило процесс исследования или вызывало неудобства при совместной работе?
варианты а) и б) -точно нет. Они вообще какие-то странные, из 1980х.
скорее водходит вариант--
в) другое -ждем, например, данных РСА, когда очередь подойдет, или биоскрининга: там быстрее, чем положено- не сделаешь. Или ждем, пока кто-то из коллабораторов (я, например) свою часть допишет))

7) Занимались ли Вы самостоятельно настройкой компьютеров или программного обеспечения, используемого для исследований? Вызывало ли это у Вас негативные эмоции?

Да, Винду переставлял-с и спецсофт. вариант а). Негативных эмоций - полно.


8 ) Помимо рабочего места приходилось ли Вам работать/проводить расчеты дома или в командировке?
Какие неудобства при этом Вы испытывали?
скорее вариант г) -есть 2 рабочих компа, все основные данные храню на одном, со второго сразу же переношу. Дублирую важную инфу на внешнем терабайтнике и в облаке. Знаю, как сделать чтоб синхронизировать автоматически, но лень + привык уже так.

[tinydaisy]

Странный опросник. Ну закинемся.
1) в. Кванты.
2) б(очень зря), в. в - дюжина квантовых пакетов. список названий вам всеравно вряд ли поможет, поэтому скажем - часть этого списка https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software. Не нравится - нет бесплатного интуитивнопонятного высокопараллельного пакета включающего все фишки с нормальным мануалом. Если б Орка не параллелилась чере жопу и имела ошибки как Гауссиан - то почти.
3) вопрос мне малопонятен, в моем понимании а,б
4) б Всё устраивает. (А теперь возьмем попкорн и подождем летящего тапка).
5) в. Вся компьютерная химия (кванты, МД, прочее) требует больше компьютров для бога компьютеров..
6) а,в,г (раз б нет). в которое email. + Dropbox и его аналоги, файлы на сервере, скайп, вконтакт. в. Люди.
7) г. Да, так как ну его нахрен связываться с системным администратором пока есть шанс обойтись малой кровью.
8 ) д - работаю с ноутбука.

Большое спасибо за ответы!

[tinydaisy]

1) я лично нет, не использую. Но пользуюсь расчетами, которые делают коллеги.

2) Сотрудничаю с коллективом, только не математиков, а химиков. Они пользуют готовый софт.

3) вариант б) пользуюсь публичными данными. Банки разные, как перечисленные, так и другие.

4) а, в.
Данные о синтезах - в бумажном журнале, спектры - спецсофт.
Насколько Вас устраивает текущая система хранения?
что неудобно: в бумажных журналах плохо искать информацию, кнчн. Там у меня есть своя система кросс-реферирования (когда записываю синтез-обязательно указываю номера синтезов исходников и лит.ссылки, номера аналогичных/однотипных синтезов, а для исходников стараюсь пост-фактум записывать, в какой синтез они пошли). Но все равно часто приходится просто лопатить лабжурналы. Альтернативы нет, т.к. электронные лабжурналы хуже (ИМХО) и требуют большего времени для заполнения, ну и + привязка к железу.

5) Есть ли у вас потребность в вычислительных мощностях (мощных компьютерах)
для математического моделирования? -у меня лично нет. У коллег, с которыми сотрудничаю - есть. Очевидно вариант а)

6) Имел ли Ваш коллектив опыт совместной работы над каким-либо исследованием? (Да/Нет)
Да, имел. В самых разных вариантах, а),в),г).

Как происходило взаимодействие при совместной работе над одним объектом исследования?
Да по разному. варианты ) email-переписка, обмен данными по почте, г) личные встречи, в) другое- через соцсети, gdrive, яндексдиск. Обычно коллабораторы -из других городов или стран.

Что тормозило процесс исследования или вызывало неудобства при совместной работе?
варианты а) и б) -точно нет. Они вообще какие-то странные, из 1980х.
скорее водходит вариант--
в) другое -ждем, например, данных РСА, когда очередь подойдет, или биоскрининга: там быстрее, чем положено- не сделаешь. Или ждем, пока кто-то из коллабораторов (я, например) свою часть допишет))

7) Занимались ли Вы самостоятельно настройкой компьютеров или программного обеспечения, используемого для исследований? Вызывало ли это у Вас негативные эмоции?

Да, Винду переставлял-с и спецсофт. вариант а). Негативных эмоций - полно.


8 ) Помимо рабочего места приходилось ли Вам работать/проводить расчеты дома или в командировке?
Какие неудобства при этом Вы испытывали?
скорее вариант г) -есть 2 рабочих компа, все основные данные храню на одном, со второго сразу же переношу. Дублирую важную инфу на внешнем терабайтнике и в облаке. Знаю, как сделать чтоб синхронизировать автоматически, но лень + привык уже так.

Большое спасибо за ответы!!!

По ответу на вопрос 2, а какой софт для расчетов используют химики, с которыми вы сотрудничаете?

А в каком облаке данные храните?

[Vittorio]

Большое спасибо за ответы!!!
По ответу на вопрос 2, а какой софт для расчетов используют химики, с которыми вы сотрудничаете?
А в каком облаке данные храните?

софт - ну обычные проги для квантовых расчетов (орка, гауссиан там), для РСА - пакет SHELX (не знаю, уместно ли для решения структур по монокристальным дифрактограммам использовать слово "расчет"?), для докинга- там свой софт, навскидку и название не скажу...
Облачный сервис - google drive, яндексдиск, мейл.ру

[Гесс]

Э, нет, tinydaisy, кросспостингом мы заниматься не будем. Дубль темы удален, но раз вы хотите с ней переехать - то вот тема переезжает в кванты.

[Shorku]

1) Используете ли Вы в своих исследованиях методы математического моделирования? (Да/Нет)
Если да, то применительно к каким задачам:
а) расчет кинетических параметров механизмов реакций
б) оптимизация условий проведения реакций
в) другое:___

в) кв-хим счет спектров, иногда энергетика, иногда интерпретация спектров

2) Как Вы строите математические модели?
а) разрабатываю, программирую и вычисляю самостоятельно
б) сотрудничаю с коллективом математиков
в) использую программное обеспечение
название:___
что нравится в нем:___
что неудобно:___

десяток прог отсюда (https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_q ... s_software), десяток внутрикафедральных или самописных для работы со спектральными данными.
из любимого - ORCA, но тут согласен с Гессом - и еще больше градиентов богу градиентов

3) Какими банками данных химических соединений Вы пользуетесь?
а) у нас есть свой внутренний банк данных
б) пользуюсь публичными данными:
NIST, PubChem, ChemSpider (оставьте или напишите свой вариант)
в) другое:___

reaxys, nist, гугл

4) Как Вы ведете и храните свои экспериментальные данные?
а) в бумажных лабораторных журналах
б) файлы Excel
в) другое специализированное программное обеспечение
Название:___

не слышал про софт, который бы мог хранить весь тот разнородный материал, который у меня, или любого из моих знакомых получался бы (записи, спектры, логи, картинки). Лабжурнал работает каталогом =)

Насколько Вас устраивает текущая система хранения?
что нравится:___
что неудобно:___

да норм

5) Есть ли у вас потребность в вычислительных мощностях (мощных компьютерах)
для математического моделирования?
С чем это было связано?
а) не хватает мощности компьютеров для сложных расчетов
б) вычислительные мощности есть, но пользоваться не можем,
так как они с операционной системой Linux,
а используемое программное обеспечение работает под Windows
в) другое:___

Мощностей, конечно, всегда маловато, очереди на суперкомпьютере длинные.

6) Имел ли Ваш коллектив опыт совместной работы над каким-либо исследованием? (Да/Нет)
Какой был формат работы?
а) работа велась над одной задачей несколькими коллективами в стенах одного учреждения
в) работа велась с сотрудниками Вашей организации, но из разных офисов/городов
г) работа велась с коллективами из других учреждений
Как происходило взаимодействие при совместной работе над одним объектом исследования?
а) обмен данными на флеш-накопителе
в) email-переписка, обмен данными по почте
г) личные встречи
в) другое:___

г) - а),в),г)

Что тормозило процесс исследования или вызывало неудобства при совместной работе?
а) путаница в данных, обновляемых по мере совместной работы
б) невозможность оперативно предоставлять информацию из-за нахождения вне рабочего места (командировки, дом, отпуск)
в) другое:___

обычно я сам торможу процесс =)

7) Занимались ли Вы самостоятельно настройкой компьютеров или программного обеспечения, используемого для исследований? Вызывало ли это у Вас негативные эмоции?
а) да, так как нет системного администратора
б) нет, у нас есть системный администратор, который все настраивает
в) не люблю настраивать компьютеры и ПО, отвлекает от непосредственного исследования
г) другое:___

а)

8 ) Помимо рабочего места приходилось ли Вам работать/проводить расчеты дома или в командировке?
Какие неудобства при этом Вы испытывали?
а) нет, работаю только на одном рабочем месте
б) работаю за несколькими рабочими компьютерами, приходится постоянно переносить данные
в) работа простаивает, когда нахожусь вне рабочего компьютера
г) работаю иногда вне рабочего компьютера, но есть настроенное ПО на другом компьютере,
проблема только в переносе данных
д) другое:___

г) с поправкой на то, что часть ресурсов в принципе доступна только удаленно

[madschumacher]

1) Используете ли Вы в своих исследованиях методы математического моделирования? (Да/Нет) о да
Если да, то применительно к каким задачам:
а) расчет кинетических параметров механизмов реакций (правда, пока только один раз такое проделывал , это оффтоп от моей сферы деятельности)
в) другое: описание строения молекул и динамики внутримолекулярных движений, обработка экспериментальных и расчетных данных

2) Как Вы строите математические модели?
а) разрабатываю, программирую и вычисляю самостоятельно (есть такое, пара проектов даже на помойку в сеть выложил, а для остального есть мастеркард скрипты )
б) сотрудничаю с коллективом математиков программистов (для определенных задач, а можно для реализации, например, моих идей в уже существующем коде )
в) использую программное обеспечение (куда же без этого от визуализаторов и плоттеров до различных квантово-химических и специфических пакетов )
название:___ (Gnuplot, Qtiplot, Firefly, GAMESS US, Gaussian, UNEX, Disp/ElDiff/Large, VibModule, Vib2D, Vib3D)
что нравится в нем:___
что неудобно:___
(если выберете конкретный пример -- отвечу )

3) Какими банками данных химических соединений Вы пользуетесь?
б) пользуюсь публичными данными:
NIST, ChemSpider
в) другое:___ SciFinder (он всё-таки за баблосы доступ даёт => не публичный )

4) Как Вы ведете и храните свои экспериментальные данные? (не веду, у меня рабочие каталоги -- такая свалка )

Насколько Вас устраивает текущая система хранения? (пока что нормально )
что нравится:___ [просто добавлять новое]
что неудобно:___ [сделать ещё один полный бэкап -- это просто ужас]

5) Есть ли у вас потребность в вычислительных мощностях (мощных компьютерах)
для математического моделирования? о да!
С чем это было связано?
а) не хватает мощности компьютеров для сложных расчетов
в) другое:___ под Linux нормально пользоваться, но собирать софт (особенно для параллельных вычислений) я не умею

6) Имел ли Ваш коллектив опыт совместной работы над каким-либо исследованием? (о Да/Нет)
Какой был формат работы?
г) работа велась с коллективами из других учреждений
Как происходило взаимодействие при совместной работе над одним объектом исследования?
в) email-переписка, обмен данными по почте
г) личные встречи (пренебрежимо мало, суть -- привезти образцы)

Что тормозило процесс исследования или вызывало неудобства при совместной работе?
а) путаница в данных, обновляемых по мере совместной работы (единичный случай -- один чувак запорол как-то в Word-е все правки, использовав старую версию, а запустив в старом Word-е формулы от MS Equation 2013 превратил их в говно лягушку ).
б) невозможность оперативно предоставлять информацию из-за нахождения вне рабочего места (командировки, дом, отпуск) (само собой)
в) другое:___ (соавторы -- тормоза и ленивые жопы! особенно англичане )

7) Занимались ли Вы самостоятельно настройкой компьютеров или программного обеспечения, используемого для исследований? Вызывало ли это у Вас негативные эмоции?
г) другое:___ (поставить ПО на ПК -- норм, но на кластере я уже не шарю, особенно для параллельных вычислений, а одмины не обеспечивают софтом )


8 ) Помимо рабочего места приходилось ли Вам работать/проводить расчеты дома или в командировке?
Какие неудобства при этом Вы испытывали? (Приходилось )
д) другое:___ (ноутбуки, внешние HDD, облака и вроде нормально, но доступ к статьям и нодам есть только из локальной сетки организации, приходится меньше считать и больше сайхабить )

[Cherep]

по просьбе топикстартера перенёс тему на уровень выше

[uchebnik fiziki]

лучше сделали бы опросник на гуглоформах стандартный, в такой форме заполнять неудобно же

[tinydaisy]

лучше сделали бы опросник на гуглоформах стандартный, в такой форме заполнять неудобно же

Спасибо за совет. На будущее буду иметь ввиду. Теперь уж как есть. Если вас несильно затруднит, ответьте, пожалуйста, на вопросы.

[uchebnik fiziki]

В том-то и дело, что так -- затруднит.