Пересчёт кристаллографических координат

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1142
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Vit Nhoc » Чт янв 26, 2017 12:22 pm

В кристаллографии часто требуется пересчитать “фракционные” (fractional) координаты атомов в декартовы, и наоборот. Я нашёл статью:

J. L. Sussman, S. R. Holbrook, G. M. Church, S. Kim. Acta Cryst., 1977, A 33, 800-804.

В этой статье приведены следующие формулы:
pap1.JPG
pap2.JPG
После долгих тестов я пришёл к выводы, что эти формулы вроде неправильные. Вот матрица для пересчёта фракционных координат в декартовы, которую мы нашли скорее эмпирически:
myformula.JPG
Не знает ли кто-нибудь, обсуждается ли где-нибудь в литературе ошибка в статье Susman-а и правильные формулы?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13063
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Гесс » Чт янв 26, 2017 1:35 pm

вот какой то кусок кода частично по теме...
https://books.google.de/books?id=VZfMBQ ... ))&f=false
Я бы не сказал что формулы Susman-а неправильные, они просто как-то хитро выкручены относительно привычных нам обозначений.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение amge » Чт янв 26, 2017 3:30 pm

В той гниге, на которую указал Гесс, дается такая формула:
frac2dec.png
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Vit Nhoc
Сообщения: 1142
Зарегистрирован: Сб июн 06, 2015 12:28 pm

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение Vit Nhoc » Чт янв 26, 2017 3:40 pm

У меня было много проблем из-за непоняток с обозначениями. Я думал, когда вектор умножается на матрицу, пишут слева вектор в виде вертикального стодбца, справа матрицу, и каждый элемент столбца умножается на соответствующую строку матрицы. Разве не так?

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Пересчёт кристаллографических координат

Сообщение amge » Пт янв 27, 2017 5:59 am

По сути правильно, но не в духе общепринятой терминологии. Согласно последней, чтобы умножение было возможно, число столбцов левого сомножителя д.б. равно числу строк правого. Т.е. когда вектор умножается на матрицу, его нужно записывать в виде строки, а не столбца, и результат будет строкой.

В формуле, которую я процитировал, вектор декартовых координат СХ получается в виде столбца. Чтобы получить его в виде строки, нужно применить известную формулу для транспонирования произведения:
(СХ)Т = ХТСТ

Кстати, если все правильно, Ваша матрица должна совпадать с транспонированной матрицей С.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 16 гостей