расчет угла Толмана у карборанов

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Сержл
Сообщения: 9742
Зарегистрирован: Пн авг 21, 2006 8:01 pm

расчет угла Толмана у карборанов

Сообщение Сержл » Вт авг 14, 2007 6:45 pm

Вопрос компьютерным химикам, расчетные программы понимают карборановые структуры, либо от электроннодефицитных структур комп начинает клинить?

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Ср авг 15, 2007 12:51 am

Комп вообще не знает что это такое, ему пофиг. Давай, шли, я расчитаю, в STO-3G :lol: :lol:
Carpe diem

Darth Vasya
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm

Сообщение Darth Vasya » Ср авг 15, 2007 11:37 am

Шли лучше мне - я в CNDO быстрее сделаю :D
Плохо зная грамматику, сложные конструкции должны употребляться с осторожностью.

Аватара пользователя
Сержл
Сообщения: 9742
Зарегистрирован: Пн авг 21, 2006 8:01 pm

Сообщение Сержл » Ср авг 15, 2007 11:50 am

Обоим спасибо за предложенную помощь, картинка в exchange под названием (карборановая структура для расчета), очень интересен угол Толмана (кулек при фосфоре, в который можно вписать всю молекулу). Раньше делали АМ1, но программа давала непонятные результаты, карбораны совсем не поняла.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Чт авг 16, 2007 10:35 am

Сержл писал(а):... очень интересен угол Толмана (кулек при фосфоре, в который можно вписать всю молекулу).
Посчитал (Природа, PBE/3z) парочку конформеров. Геометрии с хим.сдвигами в exchange. Более стабильным оказался anti-конформер (по отношению к связи carboranO--PO2binaphthylen). В нем фосфор находится "внутри" структуры и как то не очень понятно, что такое угол Толмана в этом случае (больше 180 град. ?).

Различить, какой из конформеров на самом деле образуется, можно попробовать по хим.сдвигам протонов при боре. В syn-конформере некоторые из них испытывают изрядное анизотропное влияние ароматики. Наверняка имеются еще конформеры, по-хорошему их все надо считать.

ЗЫ. Карбораны - это красота! Собственно, я и расчет затеял, чтобы посмотреть на них "живьем".

Аватара пользователя
Сержл
Сообщения: 9742
Зарегистрирован: Пн авг 21, 2006 8:01 pm

Сообщение Сержл » Чт авг 16, 2007 10:59 am

amge писал(а):
Сержл писал(а):... очень интересен угол Толмана (кулек при фосфоре, в который можно вписать всю молекулу).
Посчитал (Природа, PBE/3z) парочку конформеров. Геометрии с хим.сдвигами в exchange. Более стабильным оказался anti-конформер (по отношению к связи carboranO--PO2binaphthylen). В нем фосфор находится "внутри" структуры и как то не очень понятно, что такое угол Толмана в этом случае (больше 180 град. ?).

Различить, какой из конформеров на самом деле образуется, можно попробовать по хим.сдвигам протонов при боре. В syn-конформере некоторые из них испытывают изрядное анизотропное влияние ароматики. Наверняка имеются еще конформеры, по-хорошему их все надо считать.

ЗЫ. Карбораны - это красота! Собственно, я и расчет затеял, чтобы посмотреть на них "живьем".
Спасибо за расчет, но у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).
PS Эта штука еще и гидрирует прохиральщину в составе родиевого комплекса и предоставляет 99,8% ее и полную конверсию. Угол Толмана спокойно может быть выше 180 градусов, уже такое получали для стерически объемных лигандов (Adv. Synth. Catal. 2007, 349, 1085 – 1094).

To PH <7... я ,я самый протонЧеговый ПротончЕг... :mrgreen:

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Сообщение amge » Чт авг 16, 2007 1:23 pm

Сержл писал(а):... у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).
Это были не природовские файлы, а обычный xyz-формат, который понимают почти все квантово-химические вьюверы, за исключением Chem3D, разве что. Этим форматом я пользуюсь, т.к. ничего лишнего и можно хранить энергии и хим.сдвиги, которые может показывать molden. Перегнал структуры еще в mol-формат, его и Chem3D понимает (см. exchange). А картинку в ворд - это почти бесполезно, молекулы здоровые, чтобы разобраться, нужно их повертеть. Енергии и хим. сдвиги см. xyz.

Про угол: точно определить не могу, не знаю программы, которая умела бы вычислять такие углы. На глазок - примерно 150 гр. в syn-конформере и 240 гр. в anti.

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Сообщение Cherep » Чт авг 16, 2007 1:28 pm

*мои 5 копеек*
Force Field Explorer вроде бесплатный смотрельщик

Код: Выделить всё

http://dasher.wustl.edu/ffe/

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Чт авг 16, 2007 1:58 pm

А OpenBabel - бесплатный конвертор между форматами (коих штук 30, оказывается).
Carpe diem

Аватара пользователя
Сержл
Сообщения: 9742
Зарегистрирован: Пн авг 21, 2006 8:01 pm

Сообщение Сержл » Чт авг 16, 2007 5:26 pm

amge писал(а):
Сержл писал(а):... у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).
Это были не природовские файлы, а обычный xyz-формат, который понимают почти все квантово-химические вьюверы, за исключением Chem3D, разве что. Этим форматом я пользуюсь, т.к. ничего лишнего и можно хранить энергии и хим.сдвиги, которые может показывать molden. Перегнал структуры еще в mol-формат, его и Chem3D понимает (см. exchange). А картинку в ворд - это почти бесполезно, молекулы здоровые, чтобы разобраться, нужно их повертеть. Енергии и хим. сдвиги см. xyz.

Про угол: точно определить не могу, не знаю программы, которая умела бы вычислять такие углы. На глазок - примерно 150 гр. в syn-конформере и 240 гр. в anti.
С вьювером сейчас разбираюсь, гляну. Судя по ЯМР (фосфор, бор, углерод, протон (ненаглядный - две кучи карборановая и ароматическая :mrgreen: )) вещество дает один изомер. Програмку смотрю на будущее, досталась А-А-громедная коллекция замещенных карборанов, буду стерику и электронные эффекты смотреть, ну и переносить на асимметрический катализ, заместитель то в-о-о-т такой, толк будет, вернее уже есть.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей