расчет угла Толмана у карборанов
расчет угла Толмана у карборанов
Вопрос компьютерным химикам, расчетные программы понимают карборановые структуры, либо от электроннодефицитных структур комп начинает клинить?
-
- Сообщения: 426
- Зарегистрирован: Чт май 24, 2007 1:54 pm
Посчитал (Природа, PBE/3z) парочку конформеров. Геометрии с хим.сдвигами в exchange. Более стабильным оказался anti-конформер (по отношению к связи carboranO--PO2binaphthylen). В нем фосфор находится "внутри" структуры и как то не очень понятно, что такое угол Толмана в этом случае (больше 180 град. ?).Сержл писал(а):... очень интересен угол Толмана (кулек при фосфоре, в который можно вписать всю молекулу).
Различить, какой из конформеров на самом деле образуется, можно попробовать по хим.сдвигам протонов при боре. В syn-конформере некоторые из них испытывают изрядное анизотропное влияние ароматики. Наверняка имеются еще конформеры, по-хорошему их все надо считать.
ЗЫ. Карбораны - это красота! Собственно, я и расчет затеял, чтобы посмотреть на них "живьем".
Спасибо за расчет, но у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).amge писал(а):Посчитал (Природа, PBE/3z) парочку конформеров. Геометрии с хим.сдвигами в exchange. Более стабильным оказался anti-конформер (по отношению к связи carboranO--PO2binaphthylen). В нем фосфор находится "внутри" структуры и как то не очень понятно, что такое угол Толмана в этом случае (больше 180 град. ?).Сержл писал(а):... очень интересен угол Толмана (кулек при фосфоре, в который можно вписать всю молекулу).
Различить, какой из конформеров на самом деле образуется, можно попробовать по хим.сдвигам протонов при боре. В syn-конформере некоторые из них испытывают изрядное анизотропное влияние ароматики. Наверняка имеются еще конформеры, по-хорошему их все надо считать.
ЗЫ. Карбораны - это красота! Собственно, я и расчет затеял, чтобы посмотреть на них "живьем".
PS Эта штука еще и гидрирует прохиральщину в составе родиевого комплекса и предоставляет 99,8% ее и полную конверсию. Угол Толмана спокойно может быть выше 180 градусов, уже такое получали для стерически объемных лигандов (Adv. Synth. Catal. 2007, 349, 1085 – 1094).
To PH <7... я ,я самый протонЧеговый ПротончЕг...
Это были не природовские файлы, а обычный xyz-формат, который понимают почти все квантово-химические вьюверы, за исключением Chem3D, разве что. Этим форматом я пользуюсь, т.к. ничего лишнего и можно хранить энергии и хим.сдвиги, которые может показывать molden. Перегнал структуры еще в mol-формат, его и Chem3D понимает (см. exchange). А картинку в ворд - это почти бесполезно, молекулы здоровые, чтобы разобраться, нужно их повертеть. Енергии и хим. сдвиги см. xyz.Сержл писал(а):... у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).
Про угол: точно определить не могу, не знаю программы, которая умела бы вычислять такие углы. На глазок - примерно 150 гр. в syn-конформере и 240 гр. в anti.
*мои 5 копеек*
Force Field Explorer вроде бесплатный смотрельщик
Force Field Explorer вроде бесплатный смотрельщик
Код: Выделить всё
http://dasher.wustl.edu/ffe/
С вьювером сейчас разбираюсь, гляну. Судя по ЯМР (фосфор, бор, углерод, протон (ненаглядный - две кучи карборановая и ароматическая )) вещество дает один изомер. Програмку смотрю на будущее, досталась А-А-громедная коллекция замещенных карборанов, буду стерику и электронные эффекты смотреть, ну и переносить на асимметрический катализ, заместитель то в-о-о-т такой, толк будет, вернее уже есть.amge писал(а):Это были не природовские файлы, а обычный xyz-формат, который понимают почти все квантово-химические вьюверы, за исключением Chem3D, разве что. Этим форматом я пользуюсь, т.к. ничего лишнего и можно хранить энергии и хим.сдвиги, которые может показывать molden. Перегнал структуры еще в mol-формат, его и Chem3D понимает (см. exchange). А картинку в ворд - это почти бесполезно, молекулы здоровые, чтобы разобраться, нужно их повертеть. Енергии и хим. сдвиги см. xyz.Сержл писал(а):... у меня "природы" нет, файл посмотреть не могу (в ворд картинку если можно кинуть).
Про угол: точно определить не могу, не знаю программы, которая умела бы вычислять такие углы. На глазок - примерно 150 гр. в syn-конформере и 240 гр. в anti.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 9 гостей