Анимация, изомеризация

[pH<7]

Насколько сложно сделать анимированную картинку фотоизомеризации стильбена? Кадров, скажем, на 180?

[Marxist]

Зависит от требуемой степени красоты

[ИСН]

Чем собираешься делать?

[pH<7]

Я не собираюсь, мне просто интересно. 180 (181) кадр представляется как изменение двугранного угла с 0 до 180 с шагом в один градус... понятно, что не в реальном времени.

[ИСН]

Блин. А чем интересно делать? Я о чём: вот есть графические проги, они могут слепить мультег из готовых кадров, all right, но они не знают химии. Кто-то должен нарубить кадров, а кто?

[Marxist]

Кадров нарубить можно, скажем, в VMD. Конфигураций нагенерить скриптегом.

[amge]

Блин. А чем интересно делать? Я о чём: вот есть графические проги, они могут слепить мультег из готовых кадров, all right, но они не знают химии. Кто-то должен нарубить кадров, а кто?

Я делаю molden'ом гифы, затем слепляю их в анимированный гиф. Но сначала нужно иметь просчитанную ППЭ, причем, чтобы было красиво, найти все стационарные точки и связать их по IRC (просто координата реакции редко бывает без рывков). Как пример, см. в обменнике etylene480x480.gif, это просчитанная Природой фотоизомеризация этилена (неправильная, т.к. через триплетное состояние, не знаю, как считать Природой возбужденные синглеты по DFT).

pH<7, если уже есть просчитанная ППЭ для стильбена, то легко можно сделать анимация, могу помочь.

[Marxist]

Тут же можно не трахаться и тупо провернуть одну половину молекулы относительно другой. Без всякого расчёта, как я понимаю, потому как не нужно.

[pH<7]

Интереснее даже вот как: фиксировать один фенильный заместитель и посмотреть, как движется остальное.

Просчитанная ППЭ наверняка есть...

Тут же можно не трахаться и тупо провернуть одну половину молекулы относительно другой. Без всякого расчёта, как я понимаю, потому как не нужно.

Так ведь это вращение вокруг одинарной связи легко представить, а это сложнее (по крайней мере для меня). Что происходит в переходном состоянии, интермедиате, насколько удлиняется бывшая двойная связь...

[Nik®]

ПМСМ сделать scan ППЭ в гауссиане и смотреть все это в chemcraft

[Darth Vasya]

ПМСМ сделать scan ППЭ в гауссиане и смотреть все это в chemcraft

...из которого сохранить снэпшоты и слепить в гифку. +1!

[amge]

Тут же можно не трахаться и тупо провернуть одну половину молекулы относительно другой. Без всякого расчёта, как я понимаю, потому как не нужно.

Только полезной информации в такой анимации будет ровно столько, сколько во фразе "происходит вращение вокруг двойной связи". Но хуже то, что в ней будет присутствовать и неверная информация. Например, зритель может заключить, что в процессе вращения не меняются никакие длины связей и валентные углы...

сделать scan ППЭ в гауссиане и смотреть все это в chemcraft

Боюсь, что в данном случае просто сканом не получить красивой картинки. Цитирую http://www.icp.ac.ru/structure/departme ... /Phdae.pdf: "... процесс изомеризации не сводится просто к вращению арильного фрагмента молекулы вокруг центральной этиленовой связи. Реально в этот процесс включаются и другие внутримолекулярные движения, т.е. вместо упрощенной картины с одной реакционной координатой нужно рассматривать многомерную поверхность потенциальной энергии." Возможно (и даже вероятно) получится, что в какой-то момент при повороте еще на один градус геометрия (и энергия) вдруг сильно изменится - и анимация будет некрасивой. Мой опыт (см. например http://limor1.nioch.nsc.ru/quant6.html) говорит, что при простом скане по какому-либо геометрическому параметру так бывает часто. Так что все же рискну порекомендовать: если уж заниматься анимацией, то сначала найти стационарные точки и связать их с помощью IRC. К тому же, есть основания предполагать, что движение по IRC лучше отражает реальность, чем движение при простом скане.

P.S. Я бы с удовольствием сам просчитал фотоизомеризацию стильбена (анимация обещает быть красивой), но не умею считать Природой возбужденные синглеты. А использовать другие программы для этой молекулы в приличном базисе - слишком накладно, просчитать ППЭ - это десятки расчетов. Но если кто-то из хорошо знающих фотохимию скажет, что фотоизомеризация стильбена может идти через триплетное состояние, или научит считать Природой возбужденные синглеты - то я этим займусь.

P.P.S. Прошу прощения за многословие!

[Nord]

Не знаю, сделано ли это в Природе, но можно попробовать посчитать нужный возбужденный синглет методом TDDFT - он как раз может посчитать то, что Вам нужно.

[Darth Vasya]

Что-то я слышал про то, что Природа уже умеет делать ТДДФТ.

А ещё, ИМХО, имеет смысл использовать не IRC, а DRC. То бишь динамическую траекторию.

[Nord]

Да, в случае фотоизомеризации должно хватить и одной траектории

[amge]

Не знаю, сделано ли это в Природе, но можно попробовать посчитать нужный возбужденный синглет методом TDDFT - он как раз может посчитать то, что Вам нужно.

Спасибо большое за наводку. TDDFT в Природе действительно есть и работает, правда, очень медленно, особенно расчет гессиана (он в этом случае численный). Попробую. Когда (и если) что-нибудь сделаю - отрапортую.

[Nord]

Если гонять динамику (drc), то обычно (для самых распространенных итеграторов многошагового типа, a la метода Адамса) нужно только уметь вычислять энергии и градиенты.

[Darth Vasya]

TDDFT в Природе действительно есть и работает, правда, очень медленно

А не подскажете, где оно быстро работает?

[amge]

Когда (и если) что-нибудь сделаю - отрапортую.

К сожалению, вынужден констатировать, что эта задача мне не по зубам. Вернее, слишком много времени займет, чтобы даже для простейшего случая - фотоизомеризации этилена - разобраться и сделать анимацию, которая бы соответствовала реальности (точнее, современным о ней представлениям). Очень там все сложно.