Утилиты для масс-спектрометристов

[Vit Nhoc]

Мне пришла в голову сделать в Chemcraft очень простую утилиту для расшифровки масс-спектров. Предположим, у вас есть пик в масс спектре и вы пока не знаете что его могло породить. Вы вводите брутто формулу предполагаемой молекулы, положение пика и погрешность положения пика; и программа перебирает все возможные осколки, которые могут образоваться при бомбардировке этой молекулы электронами, и отображает все варианты, которые могут дать этот пик. После этого для этих вариантов вы можете ещё указать уширение, и программа построит его теоретический масс спектр.
Конечно сейчас есть много утилит вроде xtb, которые сделают более серьёзный анализ и отбракуют невозможные осколки, но может моя утилита будет для кого-то удобнее.
Более продвинутый вариант - если пользователь указывает не один пик а несколько, когда у масс-спектрометра высокая разрешающая способность. Тут видимо получается чуть более сложная задача - программа должна отбраковать осколки, которые дают пики (с учетом уширения т.е. разрешающей способности прибора), которых вы в вашем спектре не наблюдаете.
Вам бы это пригодилось?

[Jokermaniak]

Ну тут встает вопрос целеполагания. Кому и для чего оно вообще надо. Для рутинного анализа где-то в индустрии, или, например, для секвенирования, всё уже давным-давно протабулировано и внесено в базы, встроенные в приборный софт, который по паттерну фрагментации выдает что это было. Более того, эти алгоритмы учитывают и соотношения интенсивностей пиков. Поэтому то, что предлагаете вы, (было бы) надо в основном тем, кто получает новое, то есть синтетикам.

Но синтетики не особо любят бомбардировать образцы электронами, да и в целом стараются не использовать методы ионизации, дающие осколки, наоборот, все хотят молекулярный ион. Неизвестную органику обычно ионизируют ESI, APPI/APCI, MALDI, DART или на худой конец FD. Ну и вдобавок синтетики предпочитают масс-спектры высокого разрешения, а это +- готовая брутто-формула иона.

Вот если бы что-то подобное со спектрами ЯМР делать - это было бы интереснее. ИМХО вычислительные мощности современных десктопов вполне достаточны.

[Vit Nhoc]

Ну тут встает вопрос целеполагания. Кому и для чего оно вообще надо. Для рутинного анализа где-то в индустрии, или, например, для секвенирования, всё уже давным-давно протабулировано и внесено в базы, встроенные в приборный софт, который по паттерну фрагментации выдает что это было. Более того, эти алгоритмы учитывают и соотношения интенсивностей пиков. Поэтому то, что предлагаете вы, (было бы) надо в основном тем, кто получает новое, то есть синтетикам.

Но синтетики не особо любят бомбардировать образцы электронами, да и в целом стараются не использовать методы ионизации, дающие осколки, наоборот, все хотят молекулярный ион. Неизвестную органику обычно ионизируют ESI, APPI/APCI, MALDI, DART или на худой конец FD.

Ну вроде то что я озвучил - крайне простая вещь, если хоть кому-то пригодится то работа окупится. Мне изначально предложили сделать такую утилиту электронографисты, им часто приходится иметь дело с масс спектрами.

Ну и вдобавок синтетики предпочитают масс-спектры высокого разрешения, а это +- готовая брутто-формула иона.

Поясните, что вы имеете в виду этой фразой. Может быть, в хорошем масс спектре всегда виден первичный ион, т.е. нерасколовшаяся молекула?

Вот если бы что-то подобное со спектрами ЯМР делать - это было бы интереснее. ИМХО вычислительные мощности современных десктопов вполне достаточны.

Ну это очевидно не для меня, я не умею писать софт, считающий теоретический ЯМР спектр. Это принципиально другая задача, неизмеримо более сложная, чем расчёт масс-спектра иона с заданной брутто формулой.

[Jokermaniak]

Ну и вдобавок синтетики предпочитают масс-спектры высокого разрешения, а это +- готовая брутто-формула иона.

Поясните, что вы имеете в виду этой фразой. Может быть, в хорошем масс спектре всегда виден первичный ион, т.е. нерасколовшаяся молекула?

Первичный, мы его называем молекулярным. Целостность молекулярного иона обеспечивается методом и параметрами ионизации. А высокое разрешение - это точность в 5 ppm, что позволяет из Exact mass иона (если она находится в пределах 1-2 кДа) однозначно восстановить брутто-формулу. К примеру, по масс-спектру низкого разрешения не отличить ион C3H7O+ от иона C2H3O2+, а по спектру высокого разрешения - различить, потому что будет разница в 615 ppm.