Энергия и Gromacs

[Sartorius]

Добрый день. Gromacs выводит все энергии в kJ/mol. На моль систем (ячеек) или силовых центров?

[Darth Vasya]

В (кДж/моль) на одну ячейку (или на систему - если без периодических граничных условий)

[fullerene]

Добрый день. Gromacs выводит все энергии в kJ/mol.

В kJ mol\S-1\N

Sartorius
На моль взаимодействующих центров, конечно. На моль ячеек не имеет смысла.

[Darth Vasya]

На моль взаимодействующих центров, конечно. На моль ячеек не имеет смысла.

Т.е. как бы если взять большую коробку с водой, а потом - коробку вдвое большего размера, то выводимая Громаксом энергия будет в обоих случаях одинаковая? Это легко проверить

Энергия не на моль центров, и даже не на моль ячеек, а на одну ячейку. КДж/моль - такая же единица энергии, как эВ, Ха или, скажем, К. Громакс рассчитывает энергию всей системы - коробки (1 шт.!) с периодическими граничными условиями - и выдаёт ответ в выбранных авторами единицах. А дальше уже если вы возьмёте моль таких систем (6*10^23 шт.), тогда их совокупная энергия будет равна соответствующему количеству килоджоулей.