Программы для сольвотации. Что выбрать?

[C10H16]

98 gaussian не очень годится для учета растворителя, там есть ошибки и расчет спектра неэффективен, как по скорости, так и по точности
Ишите в интернете: Gaussian 2003 Rev. D02EMT64, скачивайте и считайте

Ок, какое ещё програмное обеспечение пригодно для учёта сольватации? В том числе специфической.
Кто чем считает, поделитесь соображениями. Есть ведь PC GAMESS, HyperChem, и много ещё чего-то о чём я и не слышал никогда, Dalton, например (что за зверь такой?) При этом интересно не только качество ПО, но и его "цена", точнее есть ли FreeWare версии/лицензии?

[helicase]

Да, я сталкивался в 98 с проблемами задания молекулярной полости, со сложностями вариации чисел разбиения мол. поверхности, которые были успешно решены в 03. Кто-то сталкивался с другими проблемами. Но это скорее технический аспект, не более того. Идеологически 03 и 98 одно и то же. По существу вопроса. Нужно плясать не от программ, а от подходов и моделей, которые в них реализованы. В этом случае Gamess ничем не лучше Gaussian, т.к. там тоже реализованы различные модификации континуальных моделей. Думаю, что в HyperChem реализовано тоже самое (если вообще есть). Действительно, эта подобные модели довольно просты, поэтому и так широко распространены в рутинных расчетах. Возможно, для вашего случая при соответствующей удачной параметрицазии континуальное приближение и может сработать. Более изощренные и физически обоснованные модели основаны на расчетах методами мол. динамики и Монте-Карло. Специфическая сольватация может быть учтена при этои. Об этом на форуме упоминалось viewtopic.php?f=11&t=24810.

[Yurii]

Да, я сталкивался в 98 с проблемами задания молекулярной полости, со сложностями вариации чисел разбиения мол. поверхности, которые были успешно решены в 03. Кто-то сталкивался с другими проблемами. Но это скорее технический аспект, не более того. Идеологически 03 и 98 одно и то же. По существу вопроса. Нужно плясать не от программ, а от подходов и моделей, которые в них реализованы. В этом случае Gamess ничем не лучше Gaussian, т.к. там тоже реализованы различные модификации континуальных моделей. Думаю, что в HyperChem реализовано тоже самое (если вообще есть). Действительно, эта подобные модели довольно просты, поэтому и так широко распространены в рутинных расчетах. Возможно, для вашего случая при соответствующей удачной параметрицазии континуальное приближение и может сработать. Более изощренные и физически обоснованные модели основаны на расчетах методами мол. динамики и Монте-Карло. Специфическая сольватация может быть учтена при этои. Об этом на форуме упоминалось viewtopic.php?f=11&t=24810.

Для рассматриваемой в данной теме задачи не надо этих сложностей: в gaussian'е можно отойти от континуального приближения - я об этом уже ранее писал и выкладывал свои статьи.

[helicase]

Разумеется, существует и такой подход, при котором часть молекул растворителя рассматривается "в явном виде", остальной растворитель - в рамках континуального приближения. Но это ничуть не менее сложно, чем вы пытаетесь представить, делясь своими мыслями в утрированно лапидарном ключе. Насколько я могу судить, здесь речь идет о т/д функциях раствора (Gsolv), что связано с необходимостью учета большого числа жидкофазных конфигураций . В целом, прежнее изложено довольно туманно, а предыдущую дискуссию, увы, нельзя назвать плодотворной (если вы об этом) http://chemport.ru/guest2/viewtopic.php?f=11&t=15237

[Yurii]

... Но это ничуть не менее сложно, чем вы пытаетесь представить, делясь своими мыслями в утрированно лапидарном ключе. Насколько я могу судить, здесь речь идет о т/д функциях раствора (Gsolv), что связано с необходимостью учета большого числа жидкофазных конфигураций...

А Вы читали мои статьи?

[C10H16]

2 helicase, вы правы, поясняю:
На данном этапе проблемы изучаю сольватацию в воде и алканах нескольких форм неорганических интермедиатов (например I2SO3(2-), ISO3(-)). Ищу наиболее устойчивые формы, т.е. как вы правильно поняли имею дело с большим количеством жидкофазных конфигураций. Как уже успел убедится, чисто континуального приближения маловато будет. Молекулярная динамика, это как я понимаю род программ где растворитель задаётся массивом молекул, со всеми вытекающими последствиями?

2 Yurii, интересно ознакомится с вашими работами. Будте добры ссылочку...

[helicase]

... Но это ничуть не менее сложно, чем вы пытаетесь представить, делясь своими мыслями в утрированно лапидарном ключе. Насколько я могу судить, здесь речь идет о т/д функциях раствора (Gsolv), что связано с необходимостью учета большого числа жидкофазных конфигураций...

А Вы читали мои статьи?

Вы просто феноменальны в своей способности не говорить по существу. Безусловно, приверженцы т.н. "гибридого" кластерно-континуального подхода публикуются, есть определенные успехи, достигаемые, кстати, за счет весьма трудоемких расчетов, однако им не придет в голову отбрасывать мол. динамику на том основании, что "потому что это не нужно". В этом смысле, и ваши публикации вряд ли могут служить основанием для отрицания альтернативных подходов и той излишней категоричности в суждениях, которую вы демонстрируете. Позвольте совет: иногда надо прилагать усилия к тому, чтобы вас поняли.

[helicase]

2 helicase, вы правы, поясняю:
На данном этапе проблемы изучаю сольватацию в воде и алканах нескольких форм неорганических интермедиатов (например I2SO3(2-), ISO3(-)). Ищу наиболее устойчивые формы, т.е. как вы правильно поняли имею дело с большим количеством жидкофазных конфигураций. Как уже успел убедится, чисто континуального приближения маловато будет. Молекулярная динамика, это как я понимаю род программ где растворитель задаётся массивом молекул, со всеми вытекающими последствиями?

Да, верно.

[Darth Vasya]

2 helicase, вы правы, поясняю:
Молекулярная динамика, это как я понимаю род программ где растворитель задаётся массивом молекул, со всеми вытекающими последствиями?

Да, верно.

Ну да, только ещё стоит указать, что в методе МД система эволюционирует во времени при заданных внешних параметpах (полная энергия, объём, температура, давление - выбирайте на свой вкус ) и обходит фазовое пространство "настоящих" неравновесных конфигураций, соответствующих заданному макросостоянию - а не просто сидит в некоем локальном минимуме или наборе минимумов.

Хотя и в МД часто применяются модели 'implicit solvent' для ускорения расчётов. Собственно, вы запросто можете и в гауссиане считать МД своей молекулы с использованием модели поляризованного континуума - но это так, из серии любопытных извращений

[Yurii]

C10H16, начинайте действовать по схеме, которую я Вам предложил и я конкретно помогу Вам решить проблемы.

[EvgeniX]

Помогите мне, а то у меня как раз нерешаемая проблема (экспериментальных данных нет, а сольватация очень существенно влияет на энтропию всех жидкофазных реакций, и это при отсутствии специфической сольватации)