моделирование ЯМР спектров

[petrovps]

Добрый день, коллеги. Посоветуйте, пожалуйста, программу, позволяющую моделировать ЯМР спектры. Заранее благодарен.

[surius]

Добрый день, коллеги. Посоветуйте, пожалуйста, программу, позволяющую моделировать ЯМР спектры. Заранее благодарен.

А, господин petrovps, а подскажите пожалуйста, на сколько вас интересует качество модели... Тут вопрос принципиальный, можно пользовать ACD Lab, ChemOffice, можно взять Hyper Chem, ну и на закуску Gaussian & Gamess... тут все определяется конченой целью желаемого спектра...
Если это органическая рутина, то наверно с этой задачей достаточно хорошо справиться ACD, только старших версий...

[petrovps]

Верное замечание. Желательно максимально возможное приближение.

[amge]

Верное замечание. Желательно максимально возможное приближение.

Опять же зависит от типа соединений и от их сложности. Например, возьмите камфен и обнаружите, что ACD Lab "предскажет" хим. сдвиги этого соединения абсолютно точно (они у нее экспериментальные есть для этого и многих других простых соединений). Возьмите бензол с каким-нибудь длинным хвостом, и опять хорошо получится (инкрементальные схемы здесь хорошо работают). А, скажем, для эпимерных групп, испытывающих различную анизотропию магнитного экранирования, получится плохо (хотя я не знаю возможностей современной ACD Lab, может, она уже умеет это учитывать).

У квантовой химии этой проблемы нет, она весьма неплохо может рассчитывать хим. сдвиги (эта возможность есть во многих пакетах), но, разумеется, будет гораздо дольше и может получиться похуже, чем с помощью инкрементов. Константы ССВ -- с ними в квантовой химии совсем плохо, лучше и не браться.

Совет: нарисуйте здесь свое типичное соединение, для которого есть экспериментальный спектр. Надеюсь, кто-нибудь, у кого есть современный ACD Lab, не сочтет за труд посчитать им хим.сдвиги. Я, со своей стороны, могу сделать это квантовой химией. Вы сравните и выберите.

[petrovps]

Добрый день, уважаемый Amge!
Во вложении приведена структура (А), для которой есть ЯМР (1H и 13С). У меня есть ЯМР 13С смеси, состоящей из трех веществ, два из которых интересующие меня норкараны, а третье-циклогептен.
Необходимо рассчитать ЯМР спектр для соединения Б, чтобы найти его хим. сдвиги в имеющимся спектре.

[amge]

Посчитал (заодно парочку конформеров циклогептена, не уверен только, того ли).

По моему опыту, более достоверно будет, если сравнивать относительное расположение групп сигналов родственных атомов (например, циклопропановые углероды можду собой, не обращая особого внимания на абсолютные значения их хим.сдвигов).

[amge]

У меня есть ЯМР 13С смеси, состоящей из трех веществ, два из которых интересующие меня норкараны, а третье-циклогептен.
Необходимо рассчитать ЯМР спектр для соединения Б, чтобы найти его хим. сдвиги в имеющимся спектре.

IMHO, для такой задачи расчет будет малополезен. Многие сигналы близко друг к другу, ошибка расчета (~ 5 м.д.) больше. Если содержание компонент в смеси не одинаковое, можно попробовать поинтегрировать родственные сигналы и таким образом разнести их на три набора. А вот какой набор к какому соединению относится -- здесь расчет уже может помочь.

[petrovps]

Здравствуйте, Amge! Спасибо за помощь, у меня было предположение что эндо-расположенная метокси-группа будет смещать сигнал С7 в более сильнопольную область, оно подтвердилось. А каким образом Вы рассчитывали спектр? ACDLabs у нас нет, а GAMESS (насколько мне известно) не позволяет рассчитывать ЯМР спектры.

[Yurii]

Здравствуйте, Amge! Спасибо за помощь, у меня было предположение что эндо-расположенная метокси-группа будет смещать сигнал С7 в более сильнопольную область, оно подтвердилось. А каким образом Вы рассчитывали спектр? ACDLabs у нас нет, а GAMESS (насколько мне известно) не позволяет рассчитывать ЯМР спектры.

Сейчас можно в инете скачать gaussian 03 Rev.E01 (Linux EM64T). Советую вам его и использовать. Не забывайте, что при расчете спектров важен учет растворителя.

[amge]

А каким образом Вы рассчитывали спектр? ACDLabs у нас нет, а GAMESS (насколько мне известно) не позволяет рассчитывать ЯМР спектры.

В GAMESS (американский) когда-то давно вводили расчет ЯМР, было страшно медленно и, кажется, неправильно. С тех пор, насколько мне известно, лучше не стало, так что, можно сказать, Вы правы относительно GAMESS. Я считал хим. сдвиги "Природой". Она делает это фантастически быстро (даже для систем гораздо большей Вашей за ~ 5 мин.; перед этим, правда, нужна оптимизация геометрии, что несколько дольше) и как ни удивительно, довольно точно. Из других программ, умеющих считать ЯМР, знаю ORCA (но не пробовал), dalton (хорошо, но медленно). Ну и гауссиан, разумеется, тоже умеет. ACDLabs, в отличие от перечисленных выше программ -- это не квантовая химия, а аддитивные схемы и инкременты. Очень бастро и зачастую точно, но, по крайней мере, старый ACDLabs принципиально не мог различить эпимеры, они для него были как одно соединение.

[Yurii]

Я считал хим. сдвиги "Природой". Она делает это фантастически быстро (даже для систем гораздо большей Вашей за ~ 5 мин.; перед этим, правда, нужна оптимизация геометрии, что несколько дольше) и как ни удивительно, довольно точно.

И что можно сказать по поводу совпадения с результатами Gaussian при учете растворителя? И как "Природа" справляется с расчетом констант с.-с. взаимодействия (в том числе и с учетом растворителя)?

[amge]

Не забывайте, что при расчете спектров важен учет растворителя.

Скорее всего, спектры метоксиноркаранов очень слабо зависят от растворителя (petrovps, поправьте, пожалуйста, если это не так). Или важен учет растворителя вообще, как некой конденсированной среды?

[amge]

И что можно сказать по поводу совпадения с результатами Gaussian при учете растворителя? И как "Природа" справляется с расчетом констант с.-с. взаимодействия (в том числе и с учетом растворителя)?

Ничего не могу сказать и никак не справляется.

[petrovps]

Yurii писал(а):
Сейчас можно в инете скачать gaussian 03 Rev.E01 (Linux EM64T). Советую вам его и использовать. Не забывайте, что при расчете спектров важен учет растворителя.

Добрый день, Yurii! Дайте, пожалуйста, ссылку, по которой можно скачать gaussian.
Спасибо!

[petrovps]

Спасибо, Amge! C "Природой" мне не приходилось сталкиваться, обычно использую GAMESS. А есть ли версия Природы под OS Win_XP и где ее можно скачать? Извините за глупый вопрос, я органик и с квантовой химией сталкиваюсь не часто.

Скорее всего, спектры метоксиноркаранов очень слабо зависят от растворителя (petrovps, поправьте, пожалуйста, если это не так). Или важен учет растворителя вообще, как некой конденсированной среды?

Если сравнивать спектры отснятые в CDCl3 и CCl4, то между ними разницы нет. Учет растворителя в моем случае не важен.

[Yurii]

Yurii писал(а):
Сейчас можно в инете скачать gaussian 03 Rev.E01 (Linux EM64T). Советую вам его и использовать. Не забывайте, что при расчете спектров важен учет растворителя.

Добрый день, Yurii! Дайте, пожалуйста, ссылку, по которой можно скачать gaussian.
Спасибо!

Поиск в Google: Gaussian 2003 Rev. E01 EM64T
там и GaussView 4.1.2 можно скачать.
По Gaussian проводится более 70% расчетов в мире.
Если torrent'ом не пользуетесь, то могу дать ссылки на Rev. D02 (предшественница Rev. E01).

[Darth Vasya]

По Gaussian проводится более 70% расчетов в мире.

(п.с. простите за злостное нарушение правил форума)

[Cherep]

[Yurii]

По Gaussian проводится более 70% расчетов в мире.

(п.с. простите за злостное нарушение правил форума)

По публикациям. Вам удалось оттранслировать Rev. B05? Моя сборка Rev. B05 процентов на 30 быстрей gaussian'овской сборки Rev.E01.

[amge]

А есть ли версия Природы под OS Win_XP и где ее можно скачать?

Вообще эту программу принято у автора запрашивать. Но на всякий случай гляньте на этом же форуме, немного ниже есть тема, которая так и называется, Природа. Вдруг там чего найдете