помощь в моделировании

[N oxide]

Коллеги, поскольку я в моделированиии с использованием различных программ квантовых расчетов, не полный, но все же нуль, то хотелось бы посоветоваться, а может и скооперироваться.
Требуется посчитать нюансы взаимодейстия аминоксидов различной природы с целлюлозой и другими полимерами и еще кое-что.
Последняя статья, которую я нашел по этой теме:

Код: Выделить всё

ХИМИЯ РАСТИТЕЛЬНОГО СЫРЬЯ. 2007. №1. С. 53–58 
СРАВНИТЕЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ
ФРАГМЕНТОВ МОЛЕКУЛ ЦЕЛЛЮЛОЗЫ И ХИТОЗАНА
С N-МЕТИЛ-МОРФОЛИН-N-ОКСИДОМ AB INITIO МЕТОДОМ

Методика расчетов, которую авторы там приводят такая:
Расчеты оптимальных геометрических параметров (длин связей, валентных и торсионных углов) и пол-
ной энергии молекул и их комплексов проводили ограниченным методом Хартри-Фока в рамках теории
функционала плотности с трехпараметрическим функционалом B3LYP в базисе 6-31G (d,p), с использова-
нием программы для квантово-химических вычислений Gaussian 98 [6]. Равновесную геометрию определяли
минимизацией полной энергии относительно межъядерных расстояний. В качестве начального приближе-
ния использовали Z-матрицу координат атомов для каждой молекулы в пространственной модели, постро-
енную с помощью программы HyperChem6. Для наглядного изображения молекул и их комплексов взяли
программу ChemCraft.
А сама статья:

[N oxide]

Я так понял, что за соучастие в публикации никто помогать не хочет?
Ну или не может...
Ладно придется лезть самому...
Люди, тогда подскажите, HyperChem для этих целей прет вообще? По полуэмпирике вроде ничего. А вот как в нем "природа" и базисы?
И еще не подскажите, есть ли проги для расчета MNDO/H?

[Marxist]

Во-первых, вы очень размыто сформулипровали тему (потому что даже не открывая статью, можно предложить несколько вариантов её трактовки, кардинально различающихся методами и размерами систем), а во-вторых, вы хотите очень быстрого ответа, хотя щас пятница, учёные оттягиваются

[N oxide]

Во-первых, вы очень размыто сформулипровали тему (потому что даже не открывая статью, можно предложить несколько вариантов её трактовки, кардинально различающихся методами и размерами систем), а во-вторых, вы хотите очень быстрого ответа, хотя щас пятница, учёные оттягиваются

Спасибо за критику!
Это хоть какое-то внимание...
Вообще задача состоит в следующем:
требуется посчитать комплексы, которые образуются между фрагментами целлюлозы 2-4 звена (а то может народ подумал, что я всю макромолекулу хочу засунуть ) и аминоксидами различной природы в присутствии или без различных апротонных растворителей, и, что самое главное, с учетом наличия системы водородных связей.
Пробывал в HyperChem а он не хочет строить водородные связи....
Пришлось выеживаться: сначала в построил Материал Студио, сохранил в формате .mol, затем в Гипере открыл и оптимизировал полуэмпирикой, так хоть смог повторить результаты, ранее описанные.
За помощью обратился, поскольку у нас не с кем посоветоваться. Вроде к нам на конфу кто-то приедет соображучий в этом всем, но это только в сентябре...
Научрук говорит: "а ты помоделируй, чтобы обяснить, предсказать." Не знаю даже, что намоделировать...

[N oxide]

На выходных попробывал следующий алгоритм действий:
в Гипере построил фрагмент целлюлозы (3 звена), оптимизировал PM3 RHF геометрию, открыл этот файл в Gabedit, там создал файл для Гаусиана, который и прогнал через оный (метод B3LYP, базис 3-31G, функция поляризации d,p). Можно ли так?
Как хорошо Gabedit создает входные файлы?

[VTur]

В Gabedit не создавал, а вот в http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/ нормально получались. Для ПС ГАМЕССА немного правил руками. Сейчас пишу только руками - есть заготовленные образцы.

[N oxide]

В Gabedit не создавал, а вот в http://www.scl.ameslab.gov/MacMolPlt/ нормально получались. Для ПС ГАМЕССА немного правил руками. Сейчас пишу только руками - есть заготовленные образцы.

Извиняюсь сразу за дилетантские вопросы
я так понял PC GAMESS - это наш. чем он отличается от US-GAMESS?
а визуализацию результатов чем делали? то же MacMolPlt?
и что значит редактировать? исправлять координаты атомов?

[VTur]

я так понял PC GAMESS - это наш. чем он отличается от US-GAMESS?

Разные люди делают, отличается реализацией MPn, DFT. Разные процедуры идут с разной скоростью. По моему мнению, ПС ГАМЕСС быстрее, но в нём нет ангармонизмов. А так и там, и там есть родовые травмы - численный гессиан (это очень, очень плохо) и максимум G функции (не очень плохо). А вот внутреннее вращение в ПС ГАМЕССе поправили.

а визуализацию результатов чем делали? то же MacMolPlt?

Электронную плотность и её анализ в MolDen'e, визуализацию в Chemcraft'e и MacMolPlt.

и что значит редактировать? исправлять координаты атомов?

Когда ещё учился, в них создавал *.инпут файлы. Сейчас всё пишу руками.

[N oxide]

Подскажите, насколько правильно генерирует input-файлы Chemoffice 2008 для Gausian и USGamess?

[VTur]

Подскажите, насколько правильно генерирует input-файлы Chemoffice 2008 для Gausian и USGamess?

Только геометрию в декартовых координатах. Остальная часть в зачаточном состоянии.