Химический софт для linux, чем пользуетесь?

вопросы строения молекул и квантовой химии
Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1769
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение amge » Ср сен 30, 2009 12:08 pm

Для начала позвольте объясниться, почему я решил создать эту тему именно в подфоруме "Физическая химия" и почему только для linux. Так сложилось, что этот подфорум на добрую половину посвящен квантовой химии, а сейчас многие химики переходят на linux именно из-за нее, поскольку
lucky-ph писал(а):про высокопроизводительные вычисления под Windows уже давно все забыли.
Поэтому новообращенному линуксоиду, заглядывающему сюда по поводу любимой квантово-химической программы, ради которой он и затеял переход, наверное, будет интересно узнать, какой еще существует химический софт для linux. Ну, и мне самому тоже интересно, вдруг чего не знаю :) .

Вообще то, в интернете есть большие списки химического софта для linux, но в том и беда, что они слишком большие, в основном там мусор. Поэтому предлагаю здесь упоминать только о тех программах, которые сами пробовали и которые понравились и реально полезны. Также, поскольку покупать софт еше не стало российской традицией, а пользоваться ворованым уже нехорошо, предлагаю упоминать только бесплатные программы (возможно, по академической лицензии).

Итак, чем пользуюсь я (ссылок не даю, кроме случаев, где гугл может не помочь).

В основном это квантовая и расчетная химия.
  • GAMESS US, dalton -- ab initio
  • Природа, ORCA -- DFT
  • mopac2009, mopac7 -- полуэмпирика
  • tinker, MarvinSketch -- молекулярная механика
  • molden, MarvinSpace, jmol -- вьюверы для квантовой химии
  • самописные скрипты на перле
Упомяну также
  • MarvinSketch -- весьма продвинутая и удобная рисовалка формул. По моему, лучшая для linux.
  • mm -- консольный калькулятор мол. веса

Marxist

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Marxist » Ср сен 30, 2009 12:21 pm

CCP4 -- кристаллография белков, лиганд-белковые взаимодействия, ещё очень много других, неизведанных ( :oops: ) функций
GROMACS -- совершенно необходимо упомянуть в контексте молмеханики, хотя сам я им не пользовался.
Тему марвина лучше расширить на все продукты фирмы ChemAxon

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2655
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение EvgeniX » Ср сен 30, 2009 6:57 pm

Структурная база данных Cambridge (рентген) (коммерческая);
Bruker TopSpin (коммерческая);
ChemCraft 1.6 (linux, коммерческая) - самый мощный квантовохимический визуализатор.

+ Свои скрипты для пакетного запуска расчётов, анимации реакций =)

Cherep
Сообщения: 22719
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Cherep » Ср сен 30, 2009 8:22 pm

Я не рассчётчик. А так юзаю в какой-то мере аналог гиперхема (для лубытелей типа мну) - Ghemical.

Встречный вопрос.
Нет ли книжки или типа мануала как делать рассчёт "по-понятиям".
То есть там же сначала двумерная молекула рисуется.
Потом её нужно в какойто кошерный формат перевести для рассчёта той-же Природой.
:shuffle:

Аватара пользователя
EvgeniX
Сообщения: 2655
Зарегистрирован: Пт апр 27, 2007 5:32 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение EvgeniX » Ср сен 30, 2009 8:31 pm

Cherep писал(а):Я не рассчётчик. А так юзаю в какой-то мере аналог гиперхема (для лубытелей типа мну) - Ghemical.

Встречный вопрос.
Нет ли книжки или типа мануала как делать рассчёт "по-понятиям".
То есть там же сначала двумерная молекула рисуется.
Потом её нужно в какойто кошерный формат перевести для рассчёта той-же Природой.
:shuffle:
Подготовка исходных данных расчётов в программе GAMESS
http://www.qchem.ru/d/lect/khsl_qchem/21Lecture-20.pdf

ПРИРОДА. Знакомство с основами расчёта на примере конформационного анализа NH2-OH
http://www.qchem.ru/practice/priroda/conf/
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1769
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение amge » Чт окт 01, 2009 7:45 am

Cherep писал(а):... сначала двумерная молекула рисуется.
Потом её нужно в какойто кошерный формат перевести для рассчёта той-же Природой. :shuffle:
Прежде нужно двумерную молекулу перевести в трехмерную. Делать это умеют далеко не все химические рисовалки.
ChemOffice. В деталях не помню, схематично: структуру из ChemDraw перенести в Chem3D (при этом она станет трехмерной), пооптимизировать ее mm2 (через меню Chem3D), сохранить в формате .mop (это будет Z-матрица)
MarvinSketch. К нарисованной двумерной структуру добавить водороды: Structure--Add--Add Explicit Hydrogens. Далее Structure--Clean 3D--Clean in 3D. Сохранить в формате .xyz (декартовы координаты)

Следующий шаг -- сделать инпут для квантовой химии. Для некоторых программ это умеют openbabel и molden.
Для Природы. Для нее есть специальная программа, dfe, кажется, называется (ключ к ней нужно через автора получать). Может быть, ChemCraft (вопрос к EvgeniX). Можно взять за образец уже готовый инпут и внести в него новую геометрию (в текстовом редакторе). Но многие для этого пользуются скриптами. Я -- вот этим. Потом в получившемся инпуте нужно будет исправить path= (путь для временных файлов), basis= (файл базиса с полным путем) и, возможно, заряд/мультиплетность.

YuraM
Сообщения: 426
Зарегистрирован: Пн ноя 26, 2007 11:07 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение YuraM » Чт окт 01, 2009 10:29 am

NWChem - хорошая бесплатная программа для параллельных расчетов. Особенности - сверхбыстрое появление новых DFT функционалов и оч хороший скалинг при параллелизации до 32-64 нод! Минусы (вещи которые злят) конечно есть в этой программе (немного), но где их нет?
Кто смел тот и съел

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение alien308 » Пт ноя 13, 2009 8:27 pm

А программами молекулярной динамики кто пользуется? Поделитесь ссылками/опытом.

Marxist

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Marxist » Сб ноя 14, 2009 3:06 pm

Ну я пользуюсь. А что вы хотите знать?

annulen
Сообщения: 12
Зарегистрирован: Пт июл 18, 2008 2:31 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение annulen » Вс ноя 15, 2009 1:08 pm

Ab initio: Molpro, Gamess US, NWChem
Ab initio & DFT: PC Gamess
DFT: Priroda
Стат. термодинамика: OpenThermo
Просмотр молекул/расчетов:: Avogadro, Chemcraft
Просмотр кристаллических структур: Avogadro
Молдинамика (редко, непрофессионально:) Avogadro
2D-формулы: MarvinSketch, JChemPaint
Быстрый расчет массового состава по формуле: gchemcalc

Может, сходу что-то забыл перечислить. Есть идея создать сайт по данной тематике, если кто заинтересовался, присоединяйтесь
Еще принимаю участие в разработке Avogadro и JChemPaint, OpenThermo написал сам :) Если есть предложения по развитию, пишите

Tarquinn
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 11:05 am
Контактная информация:

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Tarquinn » Пн ноя 16, 2009 8:23 am

CFOUR - Ab Initio (Coupled Clusters)
Columbus - Ab Initio (MRCI analytic gradients)
ORCA - Расчет спектральных свойств (основное предназначение программы)
MRCC - Ab Initio, Coupled Clusters
AIMPAC - утилиты для анализа в рамках теории "Атомы в молекулах"
Open Babel - мощный конвертор, генератор 3d-координат из линейной нотации (например, из Smiles).

И программы, связанные с квантовой химией косвенно:
VIm - текстовый редактор IMHO лучший,
Intel Compilers - доступны для частного и некоммерческого использования - потому что свободный код зачастую поставляется в исходниках. На таких же условиях доступен и набор библиотек линейной алгебры MKL.
Z Shell,
Queue managers, например, Torque/Maui
Системы мониторинга, например, Ganglia,
Системы передачи сообщений - mpich, OpenMPI и т.д. - для параллелизации расчетов,

PS: Спасибо Amge за скрипты, полезная вещь!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1769
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение amge » Пн ноя 16, 2009 1:47 pm

annulen писал(а):Есть идея создать сайт по данной тематике, если кто заинтересовался, присоединяйтесь
Идея интересная. А какая предполагается концепция сайта? Чем он будет отличаться от других, например, Linux4Chemistry, статья в wikipedia и т.п.?
Tarquinn писал(а):ORCA - Расчет спектральных свойств (основное предназначение программы)
Скажите пожалуйста, а хим.сдвиги ORCA'ой Вы пробовали считать? Если да, то какие впечатления?

Tarquinn
Сообщения: 7
Зарегистрирован: Пн мар 19, 2007 11:05 am
Контактная информация:

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Tarquinn » Пн ноя 16, 2009 2:25 pm

Скажите пожалуйста, а хим.сдвиги ORCA'ой Вы пробовали считать? Если да, то какие впечатления?
Нет, хим.сдвиги считать не доводилось.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение alien308 » Вт ноя 17, 2009 12:35 am

Marxist
По молекулярной динамике интересно какой программой пользуетесь, откуда потенциалы берете?

Marxist

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Marxist » Вт ноя 17, 2009 12:38 am

AMBER. Из файлов, которые вместе с ней поставляются.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение alien308 » Вт ноя 17, 2009 12:43 am

Marxist
А AMBER умеет термодинамическое интегрирование проводить?


Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение alien308 » Вт ноя 17, 2009 1:07 am

Marxist
Они там $ хотят:
Fees: Academic/non-profit/government: $400. Industrial (for-profit): $20,000 for new licensees, $15,000 for licensees of Amber 9. Porting and demonstration licenses are available; see the License Agreement for details

Marxist

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение Marxist » Вт ноя 17, 2009 1:22 am

Читайте внимательно:
The academic fee may be reduced or waived in special circumstances, but a strong justification is required. Waivers are generally not available for researchers in North America, western Europe, or Japan. Please send a justification of your need for a waiver to amber-admin@biomaps.rutgers.edu before sending in a license form.
Пишете туда слёзное письмо, что вы бедный русский исследователь (а лучше научная группа, и писать от имени шефа), обещаете их благодарить в статьях, и Дэвид Кейс даёт вам бесплатную лицензию. Если, конечно, вам жаль 400 баксов. Собственно, мы были готовы заплатить, но факультет не работает с таким способом оплаты, и это мы тоже упомянули в письме.

Аватара пользователя
alien308
Сообщения: 546
Зарегистрирован: Пт окт 23, 2009 8:53 pm

Re: Химический софт для linux, чем пользуетесь?

Сообщение alien308 » Вт ноя 17, 2009 1:28 am

Marxist
Спасибо.

Ответить

Вернуться в «квантовая химия и моделирование»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя