+++ Расчет параметров молекулы в Materials Studio [Synthia]

[mlsci]

Товарищи, Друзья, Коллеги здравствуйте!

Пожалуйста, посодействуйте с таким делом:

Есть макромолекула (молекула асфальтена), для нее известна структура. Я хочу "нарисовать" эту молекулу в Materials Studio (Accelrys) и воспользовавшись встроенным пакетом Synthia рассчитать ряд свойств для этой молекулы.

В разных статьях предложены несколько возможных структур для этой молекулы.

В одной из статей, описан следующий алгоритм:
1) the asphaltene amorphous molecule structure was optimized using a compass forcefield;
2) a polymeric chain was built using the Speight model asphaltene structure;
3) the Synthia module of Cerius was used for obtaining the density of the Speight model asphaltene amorphous structure for different values of temperature (Accelrys, 2001).

В химии я очень слаб, если у Вас найдется немного времени подсказать с какого конца подступиться к этой задаче, я буду Вам очень признателен.

Прикладываю рисунки с различными структурами этой молекулы.

[Marxist]

А где там полимерная цепь? я вижу только мономеры

Да, и этой теме место в физхимии

[Polychemist]

Сорри, а в чем вопрос? Конкретные проблемы при работе с конкретной программой - так опишите их, может кто и в курсе. А так вроде Ваша главная проблема - какую структуру считать, ведь они три все разные...

[Marxist]

А так вроде Ваша главная проблема - какую структуру считать, ведь они три все разные...

Тут вполне очевидно, что все три

[mlsci]

Polychemist, Marxist большое спасибо, что Вы откликнулись.

Простите мне мою полную некомпетентность в этом вопросе.

Первая и основная моя задача (затруднение) - перенести структуру молекулы с рисунка в программу.
Понимаю, что со стороны (тем более на спец. форуме) это звучит нелепо.

Возможно есть другая программа, более интуитивно понятная, в которой я смог бы "нарисовать" структуру и после перенести ее в Materials Studio.

Буду рад любому комментарию и мнению.
Заранее благодарю Вас.

[Marxist]

По идее, там должна быть встроенная рисовалка, потому что в большинстве больших пакетов она есть. Если нет, можно воспользоваться, например, MarvinSketch или любой другой программой, которая умеет сохранять sdf-файлы. Впрочем, в первую очередь советую ознакомиться с мануалом к этой вашей Materials Studio.

[silast]

Materials Studio (Accelrys) не единственная рисовалка. Могу еще порекомендовать CSChemDraw, MoluCAD, ChemBioDraw и ChemBio3D.

[mlsci]

Большое спасибо за ответы.

Подскажите, а что значит построение полимерной цепи:

1) the asphaltene amorphous molecule structure was optimized using a compass forcefield;
2) a polymeric chain was built using the Speight model asphaltene structure;
3) the Synthia module of Cerius was used for obtaining the density of the Speight model asphaltene amorphous structure for different values of temperature (Accelrys, 2001).

В статье они строят полимерную цепь, используя структуру модельной молекулы, а уже затем через модуль Synthia рассчитывают параметры молекулы.