Моделирование, комплексообразование

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Моделирование, комплексообразование

Сообщение Любитель_Манниха » Пн фев 22, 2010 2:56 am

Коллеги, нужно поэксплуатировать следующее моделирование: рисуется органическая молекула типа краун-эфира, и модель должна адекватно и очень желательно- наглядно,а не в виде кучи цифр, отображать размер полости, чтобы понять, какой катион металла туда лучше всего запихнуть. Модель, которую творит ACD Chemsketch/3DViewer меня пугает, нарисовал 18-краун-6, рядом калий, смотрю модель SpaceFill, так калий чуть ли не больше молекулы крауна :o :? Какую прогу посоветуете? :very_shuffle:
PS: сильно прошу не пинать :wink:
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

avelon
Сообщения: 441
Зарегистрирован: Ср авг 12, 2009 5:09 pm

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение avelon » Пн фев 22, 2010 6:40 am

попробуй avagadro если в 3D. там можно молекулярной механикой геометрию оптимизировать. или MarvinSketch может получится

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Любитель_Манниха » Чт мар 04, 2010 2:12 pm

Мда, авогадро вообще не фурычет, файлы не хочет открывать :?
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Cherep » Чт мар 04, 2010 4:09 pm

возможно OpenBabel не установлен?

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Любитель_Манниха » Чт мар 04, 2010 5:00 pm

Не установлен. Он без OpenBabel какие-то форматы должен открывать? Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул". Установил OB, ничего не поменялось.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Marxist

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Marxist » Чт мар 04, 2010 5:48 pm

Любитель_Манниха писал(а):Установил OB, ничего не поменялось.
А авогадро проинформирован о пути к бабелю?

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Любитель_Манниха » Чт мар 04, 2010 6:32 pm

Гм. Никакого пункта в настройках по этому поводу у него нет, а библиотека openbabel-2.dll кстати входит в поставку, так сказать. Хорошо хоть по smiles нормально рисует. Отпишу-ка разработчикам :roll: PS: открыл для себя марвин :up:
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Cherep » Чт мар 04, 2010 11:51 pm

Любитель_Манниха писал(а): Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".
Может, не "Open", а "Import"?

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Cherep » Чт мар 04, 2010 11:54 pm

Ghemical ещё как альтернатива.
В неё структуры проще запихивать с помощью GChemPaint
Типа рисуешь хрень, а потом правой кнопкой кликаешь на хрень и выбираешь "Export to Ghemical"

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15138
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Любитель_Манниха » Пт мар 05, 2010 4:29 am

Cherep писал(а):
Любитель_Манниха писал(а): Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".
Может, не "Open", а "Import"?
:056: результат аналогичный :?
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Marxist

Re: Моделирование, комплексообразование

Сообщение Marxist » Пт мар 05, 2010 11:34 am

Любитель_Манниха писал(а):библиотека openbabel-2.dll
Меня терзают смутные сомнения © в том, что есть смысл использовать это под вендой. У неё же кривой формат концов строк, так что с этим могут быть проблемы.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей