Моделирование, комплексообразование
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Моделирование, комплексообразование
Коллеги, нужно поэксплуатировать следующее моделирование: рисуется органическая молекула типа краун-эфира, и модель должна адекватно и очень желательно- наглядно,а не в виде кучи цифр, отображать размер полости, чтобы понять, какой катион металла туда лучше всего запихнуть. Модель, которую творит ACD Chemsketch/3DViewer меня пугает, нарисовал 18-краун-6, рядом калий, смотрю модель SpaceFill, так калий чуть ли не больше молекулы крауна Какую прогу посоветуете?
PS: сильно прошу не пинать
PS: сильно прошу не пинать
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Моделирование, комплексообразование
попробуй avagadro если в 3D. там можно молекулярной механикой геометрию оптимизировать. или MarvinSketch может получится
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Моделирование, комплексообразование
Мда, авогадро вообще не фурычет, файлы не хочет открывать
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Моделирование, комплексообразование
возможно OpenBabel не установлен?
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Моделирование, комплексообразование
Не установлен. Он без OpenBabel какие-то форматы должен открывать? Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул". Установил OB, ничего не поменялось.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Моделирование, комплексообразование
А авогадро проинформирован о пути к бабелю?Любитель_Манниха писал(а):Установил OB, ничего не поменялось.
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Моделирование, комплексообразование
Гм. Никакого пункта в настройках по этому поводу у него нет, а библиотека openbabel-2.dll кстати входит в поставку, так сказать. Хорошо хоть по smiles нормально рисует. Отпишу-ка разработчикам PS: открыл для себя марвин
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Моделирование, комплексообразование
Может, не "Open", а "Import"?Любитель_Манниха писал(а): Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".
Re: Моделирование, комплексообразование
Ghemical ещё как альтернатива.
В неё структуры проще запихивать с помощью GChemPaint
Типа рисуешь хрень, а потом правой кнопкой кликаешь на хрень и выбираешь "Export to Ghemical"
В неё структуры проще запихивать с помощью GChemPaint
Типа рисуешь хрень, а потом правой кнопкой кликаешь на хрень и выбираешь "Export to Ghemical"
- Любитель_Манниха
- флудомастер
- Сообщения: 15138
- Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm
Re: Моделирование, комплексообразование
результат аналогичныйCherep писал(а):Может, не "Open", а "Import"?Любитель_Манниха писал(а): Я пробовал MOL, CHM, CDX, CML, на всё один ответ- "сбой при чтении файла молекул".
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская
Re: Моделирование, комплексообразование
Меня терзают смутные сомнения © в том, что есть смысл использовать это под вендой. У неё же кривой формат концов строк, так что с этим могут быть проблемы.Любитель_Манниха писал(а):библиотека openbabel-2.dll
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей