Как задавать исходники в Firefly

[~Кирилл~]

Здравствуйте! Хотел бы поинтересоваться, насколько качественно задает исходные файлы сhemffice (chem3D ultra) и как вручную выставлять координаты молекул (например в том же сhemffice или сhemcraft или есть какие-то другие варианты). Стоит ли для поиска переходного состояния после ручной подгонки оптимизировать геометрию? Если все задавать вручную, какие задавать команды для поиска переходного состояния? Заранее спасибо!

[Roverandom]

RUNTYP=SADPOINT, если правильно понял вопрос по переходному состоянию. PS: работаю с MacMolPlt, местами несколько глючит, но в целом ничего, в ней зато Input Builder есть, правда для Gamess US, но с Firefly, вроде, пока очень схоже всё задаётся.

[VIPer]

доброго времени суток, коллеги!
не буду создавать отдельную тему, вопрос практически аналогичный - существует ли вменяемый gui для подготовки инпут-файла для firefly? или кто как вобще выходит из ситуации, какие программы использует? в арсенале у меня много чего есть, уже накачал кучу.
официальный сайт штудирую уже достаточно давно набегами, но то ли посредственное знание английского мешает, то ли просто найти не могу..

сейчас приспособился считать гамессом в chem3d 2010, там благо довольно много параметров можно задать через "меню-галочки". пересесть на светлячка хочется из-за обещаний поддержки распараллеливания вычислений в том числе и с помощью CUDA - дома компьютер intel core2quad @ 3,4 GHz + nVidia 280 GTX. по тестам судя, последняя работает практически как ещё три ядра процессора, что было бы очень кстати. когда пробовал что-то запускать с firefly, устройство CUDA он обнаружил.

помогите пожалуйста разобраться, как готовить инпут файл (или через скрипты) - для подсчёта молекул методом HF в базисе 3-21G(d) (считаю комплексные соединения палладия, более тяжёлые базисы ругаются на отсутствие поддержки Pd) с задействием 2 ядер процессора и видеокарты (2 оставшихся ядра на текущие задачи по написанию диссертации, антивируса ну и чтобы система была отзывчива ), а также возможно с DFT B3LYP.. не знаю правда, нужен ли он мне, цели не настолько грандиозные - но если будет точнее, было бы неплохо.

задача стоит в определении геометрических параметров комплексных соединений Pd(II) с органическими лигандами. в дальнейшем, вероятнее всего, потребуется расчёт ИК-, УФ- и по возможности ЯМР 1Н-спектров для сравнения рассчитанных значений с экспериментальными.

заранее спасибо и с наступающим Днём Победы!

[VIPer]

так, насколько я понял, изучая дальше материалы, CUDA пока заточен только для метода PM4.. ну что ж, здесь говорится о некотором успехе в вычислениях магний-органики, содержащей циклические фрагменты, включающими и магний, так что возможно MP4 что-то даст полезное..
пока расчёты GAMESS HF в базисах MIDI и 3-21G(d) не показывают хорошего результата.. минимизация энергии то заканчивается ошибками, то после оптимизации атом палладия как-то сильно удаляется от лиганда..

[EvgeniX]

Думаю, для магния будет достаточно MP2. А вообще стоит смотреть в сторону ПРИРОДы, и CUDA не понадобится.

[VIPer]

Думаю, для магния будет достаточно MP2. А вообще стоит смотреть в сторону ПРИРОДы, и CUDA не понадобится.

у меня не магний, а палладий.. gamess-ом получаются длины связей N-Pd, участвующие в образовании комплекса, 2,2 и 2,8 ангстрем..

[avelon]

если время терпит могу помочь посчитать на кластере, но в GAMESS US. сам занимаюсь расчетами палладия и платины. базис def2-tzvp вполне адекватно описывает мои объекты (ИК,УФ,ЯМР). функционал PBE0

[amge]

Я присоединяюсь к EvgeniX и тоже рекомендую (по крайней мере, для начала) ПРИРОДу. В отличие от GAMESS (и Firefly) это DFT-программа, и ее преимущество в том, что при использовании функционалов без вклада HF типа PBE она считает гораздо быстрее, даже в существенно более хороших, чем 3-21G(d) базисах. К ней имеются полноэлектронные базисы для элементов вплоть до 102. Нет проблем рассчитать ИК- и ЯМР-спектры. УФ тоже может (методом TDDFT), но здесь специфика, не уверен, стоит ли считать ваши молекулы этим методом. Если хотите, выкладывайте геометрию какого-нибудь из комплексов в качестве примера, я его обсчитаю на компьютере подобном Вашему (меня это не напряжет), сможете оценить качество и скорость расчета и поймете, стоит ли связываться с освоением новой программы.

[amge]

если время терпит могу помочь посчитать на кластере, но в GAMESS US. сам занимаюсь расчетами палладия и платины. базис def2-tzvp вполне адекватно описывает мои объекты (ИК,УФ,ЯМР). функционал PBE0

А ЯМР чем считаете? (GAMESS же, вроде, не умеет.)

[avelon]

gamess us умеет считать просто спектр без кссв.

[EvgeniX]

Я присоединяюсь к EvgeniX и тоже рекомендую (по крайней мере, для начала) ПРИРОДу. В отличие от GAMESS (и Firefly) это DFT-программа...

ПРИРОДА вполне для MP2-расчётов палладия тоже подходит.

[amge]

gamess us умеет считать просто спектр без кссв.

Ух ты! Значит, я отстал от жизни. Пошел читать мануалы.

Upd. Почитал. Действительно, есть ЯМР. И вспомнил, что с десяток лет назад, когда эта возможность в гамессе только появилась, мы пробовали считать им хим. сдвиги. Было медленно, страшно медленно, настолько, что ни о каком практическом применении речь не могла идти. Отзовитесь,кто пробовал, изменилась ли ситуация в последних версиях? (В changelog'е ничего нового про ЯМР не появилось.)

[sanya1024]

Координаты атомов в формате FF/GAMESS, Природы или Турбомоля получаются с помощью ChemCraft-а. Шапку инпута с ключевыми словами проще всего скопировать из какого-нибудь похожего тестового примера, прилагательного к мануалу. А дальше пройтись по всем ключевым словам с мануалом и модифицировать на свой вкус. Единственную модификацию инпута для FF/GAMESS нужно сделать сразу безоговорочно: $SCF DIRSCF=.TRUE. $END
Палладий -- уже тяжелый металл, геометрию его соединений лучше считать с учетом релятивизма. В Природе это релятивистский базис basis4.in (а там выбрать степень развесистости базиса с помощью set=Lxxx) и опция four=1 -- четырехкомпонентный скалярно-релятивистский гамильтониан. В FF/GAMESS и Гауссиане релятивизм учитывается на уровне псевдопотенциала, т.е. для Pd нужно взять скалярно-релятивистский ECP базис.
Что касается хим. сдвигов, то в Природе их нельзя считать с релятивистским гамильтонианом, можно только с обычным. Поэтому, соптимизировав геометрию в базисе basis4.in, возвращаемся к обычному basis.in или 3z.bas, благо для палладия нерелятивистские базисы тоже есть (а для более тяжелых элементов уже нет, фокус не пройдет), и считаем хим. сдвиги в точке.
Что делать, если попался элемент тяжелее палладия, для к-рого в Природе нет нерелятивистского базиса? Подозреваю, что придется скачать какой-нибудь псевдопотенциальный базис для соотв. элемента, перевести его в формат Природы и склеить с обычными полноэлектронными базисами для легких атомов. Кстати, в Природе есть возможность (ни разу не видела, чтоб ею пользовались) задавать базис прямо в инпуте для каждого атома персонально.

[avelon]

расчет ямр не смог найти в закромах. хотя точно считал для фтороорганики. давайте сделаем тест и посмотрим на сколько быстро. то что у вас посчитано например в природе. кстати на счет природы кто нибудь сам линковал ее?

[sanya1024]

Я считаю на кластере, у меня расчет Природой хим. сдвигов системы из 50 с лишним атомов проскакивает за 1-1.5 минуты на 16 ядрах. Думаю, что на 8 ядрах было бы не сильно дольше. Просто task=nmr, и все. В Гамессе действительно есть RUNTYP=NMR и группа ключевых слов $NMR (в к-рой ничего существенного менять не нужно, дефолты выставлены вполне разумные). Как работает -- не проверяла, потому что меня вполне устраивали результаты и непревзойденная скорость Природы. В Гамессе, правда, есть полезная фишка -- возможность учесть растворитель (это может быть весьма существенно)
Линкует Природу обычно сам автор под ту систему, под к-рую попросят. Если объектный код дает он сам, можно попросить у него и инструкцию, как линковать.

[VIPer]

уважаемые коллеги! огромное спасибо за Вашу отзывчивость и Ваш ценный опыт

вчера ночью буквально после безуспешных попыток запустить firefly написал я Дмитрию Николаевичу Лайкову письмо с просьбой дать ссылку для скачивания природы, а также попросил несколько его рекомендаций в отношении моих комплексов. от него получил скорейший ответ, буквально минут через 15 уже (а время было полночь)! Д.Н. посоветовал использовать DFT в функционале PBE с уровнем L1, ну или максимум L2, базис basis4.in. попробовал (немного долго разбирался с инпутом), но после 50 итераций по оптимизации взял полученные координаты, вставил их в ранний инпут для gamess (только чтобы chemcraft-ом открыть) - и увидел практически то же, что и после расчётов gamess - один из атомов азота, предположительно участвующих в координации, удалился на более чем 3 ангстрема от палладия, второй же атом вполне нормально связан, связь менее 2 ангстрем (в комплексах меди с ацетонитрилом были связи порядка 2 ангстрем), а первая связь даже кемкрафтом как связь не распознаётся.. сейчас взял оптимизированные координаты, ещё положил их в новый инпут природы, ещё на 200 циклов оптимизации, посмотрю что получится..

успел немного уже надоесть вопросами автору программы) поделитесь пожалуйста Вашим опытом некоторые вещи остались недопонятыми.. например, для вывода т.н. eigenvectors Д.Н. посоветовал ввести строку "print=+vectors+molden", я нашёл в параметрах инпута в блоке "$optimize" print=0 (или 1) - там этот параметр отвечает, как я понял, за обычное количество выводимой информации по дефолту и за максимум информации. я поставил 1 и дописал туда эти +vectors+molden - в итоге программа выругалась на этот параметр.. тогда я решил эту строку вставить наудачу просто чуть ниже, вне всяких блоков параметров, и сейчас программа считает.. не знаю уж, что будет на выходе. правильно ли я сделал?

как я понял, программа не способна в windows распараллеливать вычисления на нескольких ядрах процессора? ещё не совсем понятно, что делать с параметром path= . там предполагалось ввод пути для хранения промежуточных расчётных данных, однако, когда я ввожу туда полный путь до предназначенной для этого папки, программа выдаёт ошибку. если прописать "path=.", то ошибки нет, но используется домашняя директория виндовс. (с\юзерс\юзернейм) не очень удобно, и не понятно, почему этот параметр не работает в случае явного указания папки назначения..

что касается удаления атома палладия от одного из азотов - он один из атомов гетероцикла (1,2,4-триазола), поэтому решил попробовать параллельно в гамессе поставить расчёт, когда палладий координируется через другой атом азота гетероцикла.. попробую так ещё.. пока со спектральными данными пожалуй разбираться отложу - хотя бы с геометрией разобраться..

[sanya1024]

50 циклов оптимизации геометрии -- это несерьезно. Наверняка градиенты еще большие. Но если уже на ранних стадиях атом уходит куда не надо -- или Ваши представления о структуре соединения неверны, или стартовые координаты совсем не годятся. Структуру в студию!
Насчет параметров вывода. Писать надо print=+vectors+molden в группе $control. Что Вы получите в том варианте, в каком сейчас запустили -- нам расскажете
Да, виндовская версия не распараллелена. Да, расчеты будут долгими и нудными. Что касается path, то этот параметр работает только в виде "path=." (странно, я думала, это давно пофиксили, но я уже очень давно не пользовалась виндовской версией, а в линуксовой такой проблемы нет). Но это вовсе не означает, что Вам придется использовать только с\юзерс\юзернейм. У меня, например, работал такой скрипт (жил и вызывался в директории e:\work, где лежал инпут, туда же помещалась выдача, и там же жили временные файлы -- рабочая директория должна быть достаточно большой.

Код: Выделить всё

e:
cd \work
call pri6 <имя инпута>
exit

Скрипт pri6.bat вызывал собс-но Природу, живущую в d:\programs\priroda\p6

Код: Выделить всё

path d:\programs\priroda\p6;%path%
d:\Programs\Priroda\p6\p6.exe  %1.in %1.out

Скрипты эти писала не я, так что вопросов типа "а что означает эта команда" мне задавать не надо.

[VIPer]

мдя, начали с файрфлая, закончили природой
а сколько обычно циклов оптимизации требуется для молекулы 40-50 атомов? и можно ли как-то задать типа "инфинит"?, только конечно в разумных пределах)

сейчас (ну точнее пару часов назад) поставил расчёт гамессом другой изомерной структуры комплекса - эта намного адекватнее, связи одинаковые по длине, симметрично всё, думаю, это то что надо) попутно читаю статьи Грановского о конкурентном координировании

[EvgeniX]

уважаемые коллеги! огромное спасибо за Вашу отзывчивость и Ваш ценный опыт

По ПРИРОДе подборка материала здесь:

Код: Выделить всё

http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimicheskie-programmy/kvantovo-khimicheskaya-programma-priroda/
http://www.qchem.ru/practice/priroda/conf/
http://www.qchem.ru/f/vizualizatsiya-i-animatsiya-reaktsiy/vizualizatory-kvantovo-khimicheskikh-raschetov/msg957/#msg957
http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html
http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda_Documentation

Что касается path, то этот параметр работает только в виде "path=." (странно, я думала, это давно пофиксили, но я уже очень давно не пользовалась виндовской версией, а в линуксовой такой проблемы нет).

Под виндузу стиль записи: path="/cygdrive/c/path"
(здесь ""/cygdrive" - обязательно для библиотеки cygwin, "/c" - диск C:)

расчет ямр не смог найти в закромах. хотя точно считал для фтороорганики. давайте сделаем тест и посмотрим на сколько быстро. то что у вас посчитано например в природе. кстати на счет природы кто нибудь сам линковал ее?

Я линковал ПРИРОДу 07 под кластер (MPICH 2). Жаль, нет более новой версии.

[avelon]

у меня есть новая природа (объекты), версия этого года. но не получается ее залинковать. на кластере интеловские компиляторы, MKL и intel MPI.
Ошибка:
(0): internal error: backend signals
icc: error #10014: problem during multi-file optimization compilation (code 4)

Кто нибудь знает решение данной проблемы?