Визуализация расчётных ИК спектров
Визуализация расчётных ИК спектров
В общем вопрос следующий, имеется расчетный ИК спектр, т.е. log файл gaussian 03 с оптимизацией и спектром. Требуется визуализировать спектр, в принципе я это сделал в химкрафте, да и гаусвью тоже, но необходимо произвести соотношение полос поглощения. И в хим крафте и в гаусвью это можно сделать, но на глаз, вроде что то можно более детально сделать в ViewMol3D, но есть ли иные способы подробного соотнесения полос поглощения ?
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Имеется в виду отнесение по формам колебаний?Rupreht писал(а):В общем вопрос следующий, имеется расчетный ИК спектр, т.е. log файл gaussian 03 с оптимизацией и спектром. Требуется визуализировать спектр, в принципе я это сделал в химкрафте, да и гаусвью тоже, но необходимо произвести соотношение полос поглощения. И в хим крафте и в гаусвью это можно сделать, но на глаз, вроде что то можно более детально сделать в ViewMol3D, но есть ли иные способы подробного соотнесения полос поглощения ?
После отстоя требуйте долива
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Точно, это кратко то что я спросил )
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Однозначного отнесения для нормальных молекул не существует. Всё делается на глаз и из сравнения с подобными отнесенными спектрами, а также, исходя из величин частот. Лучше всего начинать с малых молекл гомологического ряда - там всё однозначно. Потом искать характеристические частоты. А уже потом двигаться к большим молекулам.
В химкрафте вектора смещения можно масштабировать - это помогает отбросить некоторые формы. Немного помогает симметрия.
В химкрафте вектора смещения можно масштабировать - это помогает отбросить некоторые формы. Немного помогает симметрия.
После отстоя требуйте долива
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Забыл сказать. Если не гауссианов, и не квантами, а через валентно-силовое поле, то берут производные от формы (кинематической постоянной) по частоте и по величине судят соотнесении формы и частоты.
После отстоя требуйте долива
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Всем добрый день!
При моделировании ИК-спектра столкнулся с проблемой конвертации out-файла, полученного из природы, в dat-файл, читаемый FSpec. Действие необходимо для конкретного сравнения экспериментального и расчетного спектров путем наложения в вышеупомянутой программе. При конвертации out из Firefly помогал GaussSum, но здесь он бессилен (по крайней мере у меня). Подскажите, кто как это делает. Заранее благодарен!
При моделировании ИК-спектра столкнулся с проблемой конвертации out-файла, полученного из природы, в dat-файл, читаемый FSpec. Действие необходимо для конкретного сравнения экспериментального и расчетного спектров путем наложения в вышеупомянутой программе. При конвертации out из Firefly помогал GaussSum, но здесь он бессилен (по крайней мере у меня). Подскажите, кто как это делает. Заранее благодарен!
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Приложите аут и образец dat-а чтобы было о чем говорить предметно.
Можно для какого нибудь модельного бензола.
Можно для какого нибудь модельного бензола.
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Это dat по другому веществу, рабочий
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
в txt, т.к. dat не проходит во вложения
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
out - аналогично.(предположительно он)
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Это из Firefly, где было нормально.Dat открывается как спектр.
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Вот он. Извините, не заметил, что не прикрепился.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
так вам же аутпут природы надо переигрывать? вот его и дайте
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
У меня есть программка для визуализации ИК-спектров priIR. Она понимает форматы Гамесс и Природы и если ей дать опцию -jcamp, то выдаст файл JCAMP-DX. Его чуток подредактировать, и будет требуемый dat.
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Спасибо, amge
Re: Визуализация расчётных ИК спектров
Кстати, если пользуетесь Chemcraft, то обратите внимание на это: viewtopic.php?f=71&t=120277#p926854
Потом тоже чуток подредактировать...
Потом тоже чуток подредактировать...
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 14 гостей