Визуализация расчётных ИК спектров

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Rupreht
Сообщения: 368
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение Rupreht » Чт мар 25, 2010 8:23 pm

В общем вопрос следующий, имеется расчетный ИК спектр, т.е. log файл gaussian 03 с оптимизацией и спектром. Требуется визуализировать спектр, в принципе я это сделал в химкрафте, да и гаусвью тоже, но необходимо произвести соотношение полос поглощения. И в хим крафте и в гаусвью это можно сделать, но на глаз, вроде что то можно более детально сделать в ViewMol3D, но есть ли иные способы подробного соотнесения полос поглощения ?

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение VTur » Чт мар 25, 2010 8:50 pm

Rupreht писал(а):В общем вопрос следующий, имеется расчетный ИК спектр, т.е. log файл gaussian 03 с оптимизацией и спектром. Требуется визуализировать спектр, в принципе я это сделал в химкрафте, да и гаусвью тоже, но необходимо произвести соотношение полос поглощения. И в хим крафте и в гаусвью это можно сделать, но на глаз, вроде что то можно более детально сделать в ViewMol3D, но есть ли иные способы подробного соотнесения полос поглощения ?
Имеется в виду отнесение по формам колебаний?
После отстоя требуйте долива

Rupreht
Сообщения: 368
Зарегистрирован: Пт сен 12, 2008 9:34 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение Rupreht » Чт мар 25, 2010 8:52 pm

Точно, это кратко то что я спросил )

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение VTur » Чт мар 25, 2010 8:59 pm

Однозначного отнесения для нормальных молекул не существует. Всё делается на глаз и из сравнения с подобными отнесенными спектрами, а также, исходя из величин частот. Лучше всего начинать с малых молекл гомологического ряда - там всё однозначно. Потом искать характеристические частоты. А уже потом двигаться к большим молекулам.
В химкрафте вектора смещения можно масштабировать - это помогает отбросить некоторые формы. Немного помогает симметрия.
После отстоя требуйте долива

VTur
Сообщения: 7357
Зарегистрирован: Пт авг 31, 2007 1:36 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение VTur » Чт мар 25, 2010 9:42 pm

Забыл сказать. Если не гауссианов, и не квантами, а через валентно-силовое поле, то берут производные от формы (кинематической постоянной) по частоте и по величине судят соотнесении формы и частоты.
После отстоя требуйте долива

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:08 pm

Всем добрый день!
При моделировании ИК-спектра столкнулся с проблемой конвертации out-файла, полученного из природы, в dat-файл, читаемый FSpec. Действие необходимо для конкретного сравнения экспериментального и расчетного спектров путем наложения в вышеупомянутой программе. При конвертации out из Firefly помогал GaussSum, но здесь он бессилен (по крайней мере у меня). Подскажите, кто как это делает. Заранее благодарен!

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение Гесс » Пн дек 19, 2016 3:11 pm

Приложите аут и образец dat-а чтобы было о чем говорить предметно.
Можно для какого нибудь модельного бензола.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:22 pm

Это dat по другому веществу, рабочий
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:22 pm

в txt, т.к. dat не проходит во вложения

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:24 pm

out - аналогично.(предположительно он)

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:25 pm

Это из Firefly, где было нормально.Dat открывается как спектр.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Пн дек 19, 2016 3:34 pm

Вот он. Извините, не заметил, что не прикрепился.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 13055
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение Гесс » Пн дек 19, 2016 4:52 pm

так вам же аутпут природы надо переигрывать? вот его и дайте :)

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение amge » Вт дек 20, 2016 6:35 am

У меня есть программка для визуализации ИК-спектров priIR. Она понимает форматы Гамесс и Природы и если ей дать опцию -jcamp, то выдаст файл JCAMP-DX. Его чуток подредактировать, и будет требуемый dat.

LVictor
Сообщения: 50
Зарегистрирован: Вс мар 22, 2015 9:15 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение LVictor » Вт дек 20, 2016 6:46 am

Спасибо, amge

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 2021
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: Визуализация расчётных ИК спектров

Сообщение amge » Вт дек 20, 2016 10:27 am

Кстати, если пользуетесь Chemcraft, то обратите внимание на это: viewtopic.php?f=71&t=120277#p926854
Потом тоже чуток подредактировать...

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 13 гостей