координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11562
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

Сообщение Гесс » Сб янв 12, 2019 12:03 am

Yeugen2018 писал(а):
Пт янв 11, 2019 11:21 pm
Добрый вечер! Никто не подскажет где можно подробнее почитать о структуре cif файлов, или может кто-то подробно опишет, какой блок за что отвечает и каждая строка при условии если его открыть в блокноте. Спасибо!
Некропост 8 лет, неслабо.
В зависимости от места и автора там иногда очень много мусора.
"В блокноте" принципиальны

_cell_length_a 9.2213(4)
_cell_length_b 12.9948(6)
_cell_length_c 13.4621(8)
_cell_angle_alpha 69.118(5)
_cell_angle_beta 83.997(4)
_cell_angle_gamma 73.435(4)
_cell_volume 1444.63(13)

описывающие параметры ячейки, симметрия и коррдинаты уникальных атомов в ячейке, аля

H702 H 0.064(4) 0.850(3) 0.103(3) (окончание строки менее интересно)

в _refine_special_details может быть вообще хоть признание в любви

Мне жопа подсказывает что у вас есть намного более конкретная проблема чем "общий формат файла". Таки че вам надо?

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

Сообщение Yeugen2018 » Сб янв 12, 2019 12:10 am

Была задумка самому спроэктировать некий кристалл(не важно какой) и поиграться с самим файлом поизменять атомы и т.д. одним словом разобраться как это работает... Поэтому чем больше информации по cif файлу тем лучше. Спасибо!

Аватара пользователя
amge
Сообщения: 1766
Зарегистрирован: Вт июл 31, 2007 11:42 am

Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

Сообщение amge » Вс янв 13, 2019 9:34 am

Не думаю, что найдется герой, который здесь будет подробно описывать формат cif, т.к. объем такого описания будет сопоставим с хорошей книгой. К тому же, все и так есть на офф. сайте. Например, какой блок за что отвечает можно смотреть по этой ссылке

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 11562
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

Сообщение Гесс » Вс янв 13, 2019 11:21 am

ASE и Material Studio - точно, а Chemcraft, Avogadro, Mercury и GaussView - скорее всего, могут сконфертировать более простые форматы (основанные на XYZ + lattice vectors) в cif.

Yeugen2018
Сообщения: 193
Зарегистрирован: Ср май 30, 2018 12:47 pm

Re: координаты в cif файлах (кембриджск. б.д.)

Сообщение Yeugen2018 » Пн янв 14, 2019 2:56 pm

Спасибо за ответы! Avogadro помог, пошёл изучать cif.

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя