Обработка ЯМР

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
duke2003
Сообщения: 235
Зарегистрирован: Вс апр 30, 2006 6:03 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение duke2003 » Вт мар 13, 2012 5:56 pm

У меня чисто теоретический интерес, обрабатывать ничего не надо. Просто, мне кажется, что делать фитинг руками в Ориджине для этой задачи - очень непрактично. По этому и спрашиваю, может там есть более удобные способы?

Fitting - же англиское слово. Как хочу его так и пишу, хоть транслитом. Предлагаю то, что Вас бесит, и что Вы ненавидите оставить вне форума.
Последний раз редактировалось duke2003 Вт мар 13, 2012 9:26 pm, всего редактировалось 1 раз.

Polychemist
Сообщения: 9092
Зарегистрирован: Вт дек 21, 2004 11:42 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Polychemist » Вт мар 13, 2012 6:39 pm

Как я понимаю, аппроксимация несколькими гауссовыми кривыми в Origin делается автоматически, как - не знаю, мой аспирант как-то разобрался за несколько часов. Я вообще-то хотел сказать другое - правка базовой при перекрывающихся полосах заведомо ведёт к ошибкам. Более правильный путь - разобрать общую кривую на несколько отдельных и потом каждую проинтегрировать. Origin - лишь один из вариантов. Их должно быть много, включая бесплатные, Гугл должен знать.

MONSTA
Сообщения: 1998
Зарегистрирован: Вт фев 20, 2007 11:36 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение MONSTA » Чт мар 15, 2012 12:24 pm

Ну, на счет терминов. Есть вполне себе корректные и общепринятые, вроде подбора параметров зависимости. Но, действительно, не стоит об этом.

Из бесплатных программ могу посоветовать Fityk. C одним нюансом: программа некогда была абсолютно бесплатной, сейчас - за деньги. Но с официального сайта до сих пор можно скачать предыдущие бесплатные версии, то есть автор им кислород не перекрыл. Они имеют разные варианты коррекции фона, различные достаточно сложные функции для пиков, автоматическую подгонку (после обязательного ручного вмешательства, задающего начальные приближения). На моем стареньком рабочем компе, правда, програма нещадно тормозила, да и с разделением пиков мне редко приходится работать. В общем, не пошла у меня программка, но функционал понравился.

levantine
Сообщения: 51
Зарегистрирован: Пт окт 01, 2010 10:24 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение levantine » Пн мар 19, 2012 10:32 am

Этот процесс называется лоренцевская/гауссовская деконволюция, во всех нормальных пакетах для обработки ЯМР он есть. В родном брукеровском топспине вызывается командой dcon.

Аватара пользователя
surius
Сообщения: 1474
Зарегистрирован: Пт сен 21, 2007 11:20 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение surius » Пн мар 19, 2012 4:14 pm

Этот процесс называется лоренцевская/гауссовская деконволюция...
Полностью согласен. Единственно ваше спасение, это попробовать сделать деконволюцию. И делать ее умеют многие, очень многие программы
(начиная от origin и заканчивая Mathematica (4.1 уже это умела, нынешняя 8 более чем уверен продолжает традиции)).
Мой знакомый на этом добрую часть диссера сделал. При чем он работал не только с данными ямр но с уф. По его отзывам очень продуктивный подход.

ps поглядите в линке там вроде примера по деконволюции спектра
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
"Bite my shiny metal ass"
Bender

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 1680
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение ChemNavigator » Сб мар 24, 2012 2:26 am

max_pro писал(а):В ацетоне и ДМСО образец не растворим... Единственное, что мне приходит в голову - по максимуму высушить дейтероDCM. Да кто ж мне его даст...
А почему бы не взять CCl4 (в нём Ваш образец должен растворяться) и не высушить его?

max_pro
Сообщения: 54
Зарегистрирован: Чт дек 02, 2010 5:39 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение max_pro » Пн мар 26, 2012 12:37 pm

ChemNavigator писал(а):
max_pro писал(а): А почему бы не взять CCl4 (в нём Ваш образец должен растворяться) и не высушить его?
Насколько мне известно, современные ЯМР спектрометры устроены таким образом, что им в любом случае необходим дейтерий для настройки прибора. Поэтому чистый CCl4, даже с применением внутреннего стандарта, не подойдёт.

Ситуация решиться, скорее всего, когда мы купим достаточное кол-во дейтеро-DCM, и по-человечески его высушим...
А насчёт точности эксперимента хочу сказать, что если удастся добиться точности в 5-10%, то это нам уже будет за счастье :beer:

Аватара пользователя
Biginelli
Сообщения: 6027
Зарегистрирован: Сб окт 29, 2005 11:15 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Biginelli » Пн мар 26, 2012 2:20 pm

Поэтому чистый CCl4, даже с применением внутреннего стандарта, не подойдёт.
Подойдет - я делал неоднократно (и не только с ССl4, была ситуация, когда полгода не работал lock). Вот статья о бездейтериевом ЯМР
Tyrans descendez au cercueil!!!

max_pro
Сообщения: 54
Зарегистрирован: Чт дек 02, 2010 5:39 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение max_pro » Пн мар 26, 2012 3:46 pm

Спасибо, буду изучать!

Аватара пользователя
Biginelli
Сообщения: 6027
Зарегистрирован: Сб окт 29, 2005 11:15 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Biginelli » Пн мар 26, 2012 11:05 pm

Главное - это только для 1Н. С13 не получится, как и любой эксперимент с долгим накоплением - поле уползёт.
Tyrans descendez au cercueil!!!

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3101
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение IB » Пт мар 30, 2012 8:57 pm

:Offtopic:
MONSTA писал(а): Лично я ненавижу Ориджин.
А чем пользуетесь (предполагаю, что не Excel, по крайней мере для графопостроения) ? KaleidaGraph ?

P.S. Спрашиваю потому, что Origin неплох для fitting (извините мой французский :) ), да и в целом, самый универсальный пакет для работы с графиками. И эту задачу, в крайнем случае, Origin-ом тоже можно было бы решать.

Cherep
Сообщения: 22830
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Cherep » Пн апр 02, 2012 12:18 pm

Labplot
qtiplot
scidavis

свободные!!!!!

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3101
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение IB » Пн апр 02, 2012 3:24 pm

Cherep писал(а):Labplot ... свободные!!!!!
Спасибо, будет интересно посмотреть.

Аватара пользователя
IB
Сообщения: 3101
Зарегистрирован: Ср июл 25, 2007 9:12 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение IB » Пн апр 02, 2012 4:47 pm

Итоги: Labplot - вроде только под Линь, qtiplot - поигрался, и, замечу, очень неплохо (правда версия "неофициальная", т.е. могут быть сбои, но я их не видел. С импортом из Origin тоже неплохо - стили конечно коверкает страшно, но это не критично), и действительно очень просто переходить после Origin - это почти точный клон. SciDavis - слабо, нет даже индивидуальной адресации ячеек.

В итоге, под Windows рекомендовал бы сразу пробовать qtiplot.

P.S. Попробовал заодно Fityk - увы, вылетел на 5-ой секунде пользования. Программа действительно нестабильна (может потому, что уменя Win 64, хотя скорее просто программа сырая). Пользоваться наверно можно, но с такими "фичами" неинтересно.

Cherep
Сообщения: 22830
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Cherep » Пн апр 02, 2012 10:36 pm

замечу, что "неофициальная" означает, что аффтар не заботится о любителях форточек и просто распространяет исходники, а энтузиасты их компилируют под венды... ну насколько возможно

Cherep
Сообщения: 22830
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Cherep » Пн апр 02, 2012 10:36 pm

вернее, под венды вроде аффтар барыгует за деньги, но распространяет исходники
GPL она такая... добрая

MONSTA
Сообщения: 1998
Зарегистрирован: Вт фев 20, 2007 11:36 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение MONSTA » Вт апр 03, 2012 10:41 am

IB писал(а):А чем пользуетесь (предполагаю, что не Excel, по крайней мере для графопостроения) ?
GraFit, старый, еще под Win 3.0. Есть проблемы с большими массивами данных, а так - просто идеал.

Аватара пользователя
Eugene
Сообщения: 845
Зарегистрирован: Пн дек 03, 2007 12:35 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Eugene » Чт апр 25, 2013 10:36 am

Я, конечно, не большой специалист в ЯМР. Но недавно открыл для себя вполне адекватный для просмотра и анализа спектров ЯМР программный пакет, входящий в бесплатный набор от ACD/Labs: ACD/NMR Proccesor Academic Edition. Может кому поможет в поиске ПО для спектров.
По сравнению c MestreC, на мой взгляд, более удобен и бесплатен :D . Скачать саму программу можно с оф. сайта после регистрации.
PS: файлы спектров от ЯМР-спектрометров Bruker Avance 400 и 500.
Выполнение любого научного задания включает шесть стадий:
1) энтузиазм;
2) разочарование;
3) паника;
4) поиск виноватого;
5) наказание невиновного;
6) похвала и почести тем, кто в работе не участвовал.
©

Аватара пользователя
Shorku
Сообщения: 995
Зарегистрирован: Вт дек 13, 2011 2:17 pm

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Shorku » Чт апр 25, 2013 3:00 pm

Polychemist писал(а):Вообще-то, если охота делать такие вещи правильно - разлагайте на гауссовы (лоренцовы и пр.) кривые. Origin точно умеет, наверняка есть и бесплатные, а уж потом интегрируйте.
Агга, золотое правило: в любой непонятной ситуации раскладывайте на гауссы (лоренцы, полиномы, экспоненты, ряд Фурье)
Мы не любим успокоительные иллюзии и сказки на ночь.Мы любим газовые атаки и механические марши железных солдат.Однажды,когда после ежедневной предательской работы на этот мир вы ляжете в свои мягкие кроватки,мы пожелаем вам страшной ночи и атомной войны.

Cherep
Сообщения: 22830
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обработка ЯМР

Сообщение Cherep » Пт апр 26, 2013 5:58 pm

Eugene писал(а): входящий в бесплатный набор от ACD/Labs: ACD/NMR Proccesor Academic Edition. Может кому поможет в поиске ПО для спектров.
1) под GNU/Linux есть?
2) Спектры в графическом формате ps или eps или pdf экспортирует?
3) В двумерных спектрах можно выставить по всем 4-м сторонам одномерные? Не проэкции из двумерника, а именно одтельно снятые одномерные?
4) Размер шрифта для интегралов, шкалы, пиков меняется?

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость