Описание РСА данных

обсуждение вопросов физической химии и химической физики
physical chemistry and chemical physics: discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 9:44 am

Добрый час! Давно назрело несколько дилетантских вопросов к специалистам по РСА:
(Речь о РСА соединений, состоящих из маленьких молекул - до 300 атомов)
1. есть ли какие-то общие рекомендации при описании молекулярной структуры в "Crystal structure decryption" (подразделы статьей)? На что следует обращать внимание в первую очередь при описании, в общем? (понятно, что сильно зависит от конкретного примера, но все-таки).
2. Насколько я понимаю, R-фактор является основным показателем качества РСА соединения. Т.е. если R1 < 0.05, то полученная структура - высококачественная, так? А если R1 >> 0.05 - насколько можно верить полученной картинке мол. структуры?
Заранее просьба сильно не "лошить" :shuffle:
Silentium est aurum

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение ИСН » Пт мар 23, 2012 10:05 am

1. Вы с точки зрения читателя или писателя интересуетесь?
2. Структуре с плохим R-фактором можно верить, если понимаешь, в чём её проблема. И - верить только в тех аспектах, которые с той проблемой не связаны. Например, интересует экзотическая молекула с жёстким скелетом, а проблема в том, что рядом болтается мерзко разупорядоченный дихлорметан. Это наплевать. Или наоборот: интересует конформация какой-нибудь гибкой молекулы, которая разупорядочена сама. Тогда плохо.

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 10:12 am

ИСН писал(а):1. Вы с точки зрения читателя или писателя интересуетесь?
Изначально - второе. Но, коль скоро Вы так ответили, хотелось бы услышать и относительно первого:)
Silentium est aurum

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение ИСН » Пт мар 23, 2012 11:11 am

Э. Ну, тут тема большая, и сложно выразить какие-то общие... Короче, прочитайте похожие статьи, как оно там делается. Дескать, кристаллики были такие-то, а снимали и потом решали такими-то стандартными (или вдруг нестандартными) приёмами на такой-то машине, вот группа, вот ячейка, уточнилось до такого-то R-фактора, молекулы уложены так-то, см.рис., контактики между ними (если этим интересуетесь) такие-то, а внутри самих молекул дела обстоят вот так.
Читать сложнее, тут надо иметь опыт проблем на каждой из этих стадий, и уметь узнавать их признаки. Например, смотрим: 6000 отражений. Так, нормально. А наблюдённых сколько? 2000? Дзынь! А параметров уточнено сколько? Не говорят? Дзынь! Ну, а сколько атомов, кроме водородов? 50? Послушай, парень, у тебя ноги структуры-то нет!

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 2:01 pm

Короче, прочитайте похожие статьи, как оно там делается

Не, ну это все понятно :) . Polyhedron, J Coord chem, et al.. :up: Просто хотелось услышать что-то общее.. Или ссылки на учебники
Silentium est aurum

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8527
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение ИСН » Пт мар 23, 2012 3:11 pm

Ну это как бы и было общее (и потому вряд ли ценное), а так :roll: учебников по писанию статей я не видал.

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 3:46 pm

ИСН писал(а):учебников по писанию статей я не видал.
я тоже таких не видел :wink:
Вопрос был насчет общих "рекомендаций" (как-то так) при описании РСА неспециалистами в этой области..
Silentium est aurum

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение Лечащий Врач » Пт мар 23, 2012 9:38 pm

Многое зависит от того, сами вы уточняли структуру или нет.

Если не сами - требуйте от того, кто делал, описание результата или хотя бы таблицу с РСИ данными. Потом копируете описание РСИ из журнала, в который пишете статью, и заменяете цифры на свои. Лучше, если в журнале можно просто отправить CIF в Кембриджскую базу и отделаться фразой, что, мол, "CCDC nnnnnn contains the supplementary crystallographic data for this paper. These data can be obtained free of charge from The Cambridge Crystallographic Data Centre via www.ccdc.cam.ac.uk/data_request/cif. Так меньше шансов наврать.

Если сами - то нужно спрашивать того, кто вас учил это делать :) Или воспользоваться OLEX2 и генерируемым ей отчетом о структуре.

А описание структуры вы можете сделать сами. независимо от того, уточняли или нет. Найдите в КБСД родственные структуры (КБСД есть очень много где, больше 100 учреждений по России только). Посмотрите описания. На стадии рецензирования узнаете, где были неправы. Из-за ошибок в описании РСИ статьи редко заворачиавают :)

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 10:04 pm

Лечащий Врач писал(а):Потом копируете описание РСИ из журнала, в который пишете статью, и заменяете цифры на свои. Лучше, если в журнале можно просто отправить CIF в Кембриджскую базу и отделаться фразой, что, мол, "CCDC nnnnnn contains the supplementary crystallographic data for this paper. These data can be obtained free of charge from The Cambridge Crystallographic Data Centre via http://www.ccdc.cam.ac.uk/data_request/cif.
С этим как раз все ясно :)
Посмотрите описания. На стадии рецензирования узнаете, где были неправы. Из-за ошибок в описании РСИ статьи редко заворачиавают
Вот это уже ближе к тому, о чем я спрашивал :) Т.е. описание геом. параметров структуры базируется на аналогии? Типа, смотришь как ранее были описаны подобные структуры и грамотно копируешь на свой объект? (догадывался, но хотелось услышать об этом от профессионалов).
Silentium est aurum

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Пт мар 23, 2012 10:57 pm

Лечащий Врач писал(а): Если сами - то нужно спрашивать того, кто вас учил это делать :) Или воспользоваться OLEX2 и генерируемым ей отчетом о структуре.
Я не рентгенщик, поэтому и задаю вопросы дилетантские :D
за наводку на программу - спасибо :up: :up:
Silentium est aurum

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение Лечащий Врач » Сб мар 24, 2012 3:25 pm

TBA писал(а):Вот это уже ближе к тому, о чем я спрашивал :) Т.е. описание геом. параметров структуры базируется на аналогии? Типа, смотришь как ранее были описаны подобные структуры и грамотно копируешь на свой объект? (догадывался, но хотелось услышать об этом от профессионалов).
Ну, если у вас есть что сказать новое по теме (например, вы нашли интересную структурную особенность в вашей молекуле, или у вас ряд структур, на котором вы наблюдаете какие-то корреляции структура-свойство), то, конечно, не стесняйтесь и сообщайте миру об этом :)

Но судя по вопросам, которые вы задаете, у вас есть структура, которую просто нужно как-то описать. Тут аналогия (или, если хотите, "сравнение с литературными аналогами") - заведомо лучший подход.

Аватара пользователя
TBA
Сообщения: 596
Зарегистрирован: Вс дек 14, 2008 1:37 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение TBA » Сб мар 24, 2012 3:52 pm

Спасибо всем за ответы! :deal:
Silentium est aurum

himdim2012
Сообщения: 937
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение himdim2012 » Вс мар 25, 2012 8:19 pm

А никто из коллег не может поделиться программой OLEX2 ???
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Аватара пользователя
Лечащий Врач
Сообщения: 382
Зарегистрирован: Вс окт 26, 2003 2:09 pm
Контактная информация:

Re: Описание РСА данных

Сообщение Лечащий Врач » Пн мар 26, 2012 11:24 am

himdim2012 писал(а):А никто из коллег не может поделиться программой OLEX2 ???
Ей прекрасно делятся сами авторы на сайте www.olex2.org :)

himdim2012
Сообщения: 937
Зарегистрирован: Сб фев 04, 2012 4:20 pm

Re: Описание РСА данных

Сообщение himdim2012 » Пн мар 26, 2012 9:23 pm

спасибо за ссылку
- Вас Кузьмой зовут?
- Кузенькой, можно Кузькой, маленький я ещё, семь веков всего, восьмой пошел.

Из м/ф "Домовенок Кузя"

Ответить

Вернуться в «физическая химия / physical chemistry»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя