С MassLynx я не связывался, лишь знаю, что в свое время Шимадзу передавали исходники для сопряжения их оборудования с Вотерсом. Т.е. Шимадзянский софт Вотерсом не рулит, а наоборот - есть возможность.
MS/MS в варианте QqQ и IT - разные вещи. Лично мне по душе QqQ, но плюс IT - это MSn. Играть этим надо довольно аккуратно, ибо можно как еще больше запутаться, так и наоборот... Все от Вас будет зависеть.
Если брать общую конфигурацию под обычную ВЭЖХ, то дешевле будет Шимадзянский хроматограф, нежели Дайонекс или Вотерс. Там может быть конфигурация такая:
LC-20 Prominence с автосамплером SIL-20HT (без приставки НТ система будет держать не более 20 МПа, НТ - до 40, это явно приятнее и может пригодиться). УФ - SPD-20 обычная. В комплект - пару УФ ламп, пара W. Купить еще наборы для обслуживания АС (игла с петлей, плунжера низкого давления, уплотнения и т.д.), рем. комплекты к насосу (2 шт). Если будете брать LPG-насос - то берите с дополнительным LPG блоком (запасным). Можно бинарный насос со смешением на стороне высокого давления и все, не париться. В зависимости от кол-ва линий подвижной фазы - дегазатор на 3 или на 5 линий.
МС - LCMS-2020 тогда, генератор азота, пара ремкомплектов для компрессоров генератора азота и один компрессор вообще в сборе. К масс-спектрометру можно взять пару-тройку зондов ESI, пару CDL (трансферный капилляр), масло для форвакуумника (там будет Edwards 28, вероятно, к нему можно взять 1 бутыль на 4 л), ремкомплект к форвакуумнику - по желанию. Я бы взял, если деньги позволяют.
Вот как-то так