Добрый день!
Я занимаюсь масс-спектрометрией, использую времяпролетный МС с лазерной ионизацией. Но до настоящего момента мне приходилось снимать спектры только низкомолекулярных соединений(где-то до 5кДа). А теперь сталкнулась с проблемой съемки спектров белков. Вроде прочитала методики анализа, но ничего не получается. Если кто-нибудь работал с белками, подскажите, может, есть особенности?Какие концентрации белков надо делать?В чем разводить: в дистилированной воде или лучше в орг.растворителях или в физ.растворе?
Заранее спасибо.
Ольга Н.
Анализ белков на MALDI-TOF
-
Ольга Налобина
- Сообщения: 3
- Зарегистрирован: Пт фев 04, 2005 5:26 pm
-
eukar
Re: Анализ белков на MALDI-TOF
Можно немного оффтопа: а что это за низкомолекулярные соединения в 5 кДа? От них до небольших белков, которые и имеют 10-15 кДа, совсем недалеко...Ольга Налобина писал(а):Добрый день!
Я занимаюсь масс-спектрометрией, использую времяпролетный МС с лазерной ионизацией. Но до настоящего момента мне приходилось снимать спектры только низкомолекулярных соединений(где-то до 5кДа). А теперь сталкнулась с проблемой съемки спектров белков. Вроде прочитала методики анализа, но ничего не получается. Если кто-нибудь работал с белками, подскажите, может, есть особенности?Какие концентрации белков надо делать?В чем разводить: в дистилированной воде или лучше в орг.растворителях или в физ.растворе?
Заранее спасибо.
Ольга Н.
Ващето, неплохо бы обратится к поставщику прибора.
У нас тут есть старый-престарый такой девайс. Брюкеровский, один из самых первых. Правда, на нём максимум из тяжёлого - пептиды гоняют. А я самолично только маленькие молекулы (полиамины, летели со свистом). Но. К прибору полагается Bruker Recepie Book, где в соответствующем разделе про белки ссылаются на Journal of Biological Chemistry 1993, 268, 27004-27011.
В статье метода для анализа гемоглобина. Цитата выдрана Акробатом.
Hemoglobin samples were prepared for laser desorption mass analysis
as follows: the laser desorption matrix material (25-50 mМ of 3,5-dime-
thoxy-4-hydroxycinnamic acid (sinapinic acid) or a-cyano-4-hydroxycin-
namic acid) dissolved in formic acid/water/isopropyl alcohol, 1:3:2 (v/v/
v). The hemoglobin sample in 10 mМ potassium phosphate solution, pH
8, was then added t o the matrix solution to give a final hemoglobin
concentration of approximately 2 mМ. A small aliquot (1 pmol) of this
mixture was applied to the metal probe tip and dried with forced air at
room temperature. The sample was then inserted into the mass spec-
trometer and analyzed. Horse heart myoglobin was used to calibrate the
mass spectra.
Если хотите статью - положу в копилку. Или на мыло кину.
А уж какие напряжения на ионной оптике - тут я ничем помочь не могу.
Ещё можно порыться на сайте Sigma-Aldrich, они продают образцы для калибрования, может там и методика будет.
И последнее, подскажите, где ваш прибор территориально находится. Любопытно.
У нас тут есть старый-престарый такой девайс. Брюкеровский, один из самых первых. Правда, на нём максимум из тяжёлого - пептиды гоняют. А я самолично только маленькие молекулы (полиамины, летели со свистом). Но. К прибору полагается Bruker Recepie Book, где в соответствующем разделе про белки ссылаются на Journal of Biological Chemistry 1993, 268, 27004-27011.
В статье метода для анализа гемоглобина. Цитата выдрана Акробатом.
Hemoglobin samples were prepared for laser desorption mass analysis
as follows: the laser desorption matrix material (25-50 mМ of 3,5-dime-
thoxy-4-hydroxycinnamic acid (sinapinic acid) or a-cyano-4-hydroxycin-
namic acid) dissolved in formic acid/water/isopropyl alcohol, 1:3:2 (v/v/
v). The hemoglobin sample in 10 mМ potassium phosphate solution, pH
8, was then added t o the matrix solution to give a final hemoglobin
concentration of approximately 2 mМ. A small aliquot (1 pmol) of this
mixture was applied to the metal probe tip and dried with forced air at
room temperature. The sample was then inserted into the mass spec-
trometer and analyzed. Horse heart myoglobin was used to calibrate the
mass spectra.
Если хотите статью - положу в копилку. Или на мыло кину.
А уж какие напряжения на ионной оптике - тут я ничем помочь не могу.
Ещё можно порыться на сайте Sigma-Aldrich, они продают образцы для калибрования, может там и методика будет.
И последнее, подскажите, где ваш прибор территориально находится. Любопытно.
Re: Анализ белков на MALDI-TOF
Там два метода существует 1) с подъемом молекулы с помощью лазерного удара, 2) с помощью испарения микронных капель раствора с белком в вакууме. В москве есть приборчик.Ольга Налобина писал(а):Добрый день!
Я занимаюсь масс-спектрометрией, использую времяпролетный МС с лазерной ионизацией. Но до настоящего момента мне приходилось снимать спектры только низкомолекулярных соединений(где-то до 5кДа). А теперь сталкнулась с проблемой съемки спектров белков. Вроде прочитала методики анализа, но ничего не получается. Если кто-нибудь работал с белками, подскажите, может, есть особенности?Какие концентрации белков надо делать?В чем разводить: в дистилированной воде или лучше в орг.растворителях или в физ.растворе?
Заранее спасибо.
Ольга Н.
Сходите сюда? ноги отсюда растут.
http://www.pynny.ru/pr.php?r_flag=0&level=7&id=0
-
Ольга Налобина
- Сообщения: 3
- Зарегистрирован: Пт фев 04, 2005 5:26 pm
К прибору, разумеется, прилагается инструкция, но с её методикой что-то не выходит. Правда, матрицу там предлагают растворять по-другому и про использование буфера ни слова. Кроме того, та матрица,кот. там предлагается (синапиновая кислота) очень быстро разваливается; её надо готовить каждый день заново.А СНСА годится только до 8-10 кДа, а мне надо больше.Cherep писал(а):Ващето, неплохо бы обратится к поставщику прибора.
У нас тут есть старый-престарый такой девайс. Брюкеровский, один из самых первых. Правда, на нём максимум из тяжёлого - пептиды гоняют. А я самолично только маленькие молекулы (полиамины, летели со свистом). Но. К прибору полагается Bruker Recepie Book, где в соответствующем разделе про белки ссылаются на Journal of Biological Chemistry 1993, 268, 27004-27011.
В статье метода для анализа гемоглобина. Цитата выдрана Акробатом.
Hemoglobin samples were prepared for laser desorption mass analysis
as follows: the laser desorption matrix material (25-50 mМ of 3,5-dime-
thoxy-4-hydroxycinnamic acid (sinapinic acid) or a-cyano-4-hydroxycin-
namic acid) dissolved in formic acid/water/isopropyl alcohol, 1:3:2 (v/v/
v). The hemoglobin sample in 10 mМ potassium phosphate solution, pH
8, was then added t o the matrix solution to give a final hemoglobin
concentration of approximately 2 mМ. A small aliquot (1 pmol) of this
mixture was applied to the metal probe tip and dried with forced air at
room temperature. The sample was then inserted into the mass spec-
trometer and analyzed. Horse heart myoglobin was used to calibrate the
mass spectra.
Если хотите статью - положу в копилку. Или на мыло кину.
А уж какие напряжения на ионной оптике - тут я ничем помочь не могу.
Ещё можно порыться на сайте Sigma-Aldrich, они продают образцы для калибрования, может там и методика будет.
И последнее, подскажите, где ваш прибор территориально находится. Любопытно.
Попробую растворять, как вы предлагаете...и статью очень хочу (plotvichka@inbox.ru),если не жалко:)
А прибор стоит в Питере при Политехническом унив-те.
-
Ольга Налобина
- Сообщения: 3
- Зарегистрирован: Пт фев 04, 2005 5:26 pm
Статья пришла, спасибо. Пойду смотреть.Cherep писал(а):статью отправил на мыло, она правда 3.5 метра весит.
дайте знать, дошла или нет.
А прибор у вас там высокого разрешения? 1000000 даёт?
А по поводу разрешения, тут вопрос сложный, всё зависит от вещества,пробоподготовки и степени ионизации(которая сильно меняется для легких и для тяжелых). Но по-моему, 1000000-это многовато для нашего малди, у нас такого разрешения нету.Порядок где-то около нескольких тысяч:(
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей