Boiling point in ChemSketch

как найти книгу или статью? не поделится ли кто-нибудь программой? если у вас такой вопрос - значит, вам сюда!
Ответить
Аватара пользователя
rombach
Сообщения: 1869
Зарегистрирован: Пт май 14, 2004 6:20 pm

Boiling point in ChemSketch

Сообщение rombach » Чт апр 12, 2007 11:19 am

Конечно, это не совсем "обмен программами", а вопрос вот какой.
Что за глюк такой в ChemSketch (Ver. 9.06)? Не хочет считать Boiling point соединения, в котором есть шестичленный цикл с азотами и карбонильная группа. Причем не всех, а выборочно.

1-pyrimidin-2-ylacetone - не считает 1-pyrimidin-2-ylethanone считает

1-pyrimidin-4-ylacetone, 1-pyridin-4-ylacetone не считает

1-(1,2,4-triazin-3-yl)acetone, 1-(1,3,5-triazin-2-yl)acetone считает

Особенно плохо с пиридилкетонами, альдегидами и кислотами. Хоть даже карбонил с циклом разделены длинной цепью.
Причем пишет:

Код: Выделить всё

Structure contains fragments not acceptable by current ACD/BP algorithm
Странно, по отдельности значит фрагменты acceptable, а всместе not acceptable?

Аватара пользователя
pH<7
Сообщения: 4236
Зарегистрирован: Ср апр 21, 2004 6:48 pm
Контактная информация:

Сообщение pH<7 » Чт апр 12, 2007 7:35 pm

Странно. Я рисовал структуры с 50 карбоксильными группами, он не ругался, а то что температуры кипения получались больше 2000 градусов - это, по его мнению, мои проблемы. :)
Carpe diem

Marxist

Сообщение Marxist » Пт апр 13, 2007 10:41 am

А чёрт его знает, какие там фрагменты. Лучше этими средствами не пользоваться, пмсм. Если уж реально надо посчитать температуру кипения, то надо искать хорошую модель. А то, что во всякие скетчеры засунуто, -- игрушка, и не более. Там обучающая выборка меньше 10000 структур.
Вот ссылка на алгоритм: 1. L.M.Egolf, M.D.Wessel and P.S.Jurs, J.Chem.Inf.Comput.Sci. 1994, 34, 947-956.

Ответить

Вернуться в «обмен книгами, статьями, программами»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 12 гостей