Как конвертировать файлы в формат *.CSS ?

[Vanya Ivanov]

Нашел таки чудесную по своей понятности и ясности, а так же бесплатности программу для работы с CoMFA.
http://bellatrix.pcl.ox.ac.uk
Но одна печаль, программа эта кушает очень редкий формат файлов
(CSSR - Cambridge Structure Search Record - *.CSS). Я нашел поверхностные описания этого формата, но никак не могу полностью заполнить все записи в файле. Авторы что то молчат, а может заняты очень.
Буду очень признателен за информацию и/или ссылку на файл в этом формате. BABEL.EXE не поддерживает этот формат.

[Marxist]

Батенька, Бабель давно устарел. Теперь есть ОпенБабель! И он поддерживает нужный Вам формат.
http://openbabel.sourceforge.net/usage.shtml

[Cherep]

немного оффтопик

2 Vanya Ivanov

The first requirement for a SOMFA2 project is a set of molecular structures. Like most 3DQSAR
methodologies SOMFA2 requires that the structures being analysed be well aligned.

А какой прграммой можно молекулы alignнуть?

[Vanya Ivanov]

А какой прграммой можно молекулы alignнуть?

Спасибо большое за линк, я что то пропустил, действительно.

Выравнивание трехмерных структур, я сейчас делаю в HyperСhem 3.0... и
RSMD считаю вручную между тремя важнейшими точками, д.б. < 0.5A (к сожалению Sybyl не всегда доступен). Можно посчитать и в SPDBV но программуля заточена под пептиды и белки и работать с записями HETATM для вычисления RSMD геморойно.
Если есть соображения, то поделитесь.

[Cherep]

Ых. Ну конверировал вот я в этот cssr (css). Теперь там праграммулина, которая конвертор в родной формат для SOMFA ругается. Пишет мало информации в третьей строчке этих css файлов.

[Vanya Ivanov]

Ых. Ну конверировал вот я в этот cssr (css). Теперь там праграммулина, которая конвертор в родной формат для SOMFA ругается. Пишет мало информации в третьей строчке этих css файлов.

У меня еще хуже, этот e-babel3 просит при загрузке какую-то библиотеку mgwz.dll.
Что нужно какуют-то оболочку для него ставить, типа Cygwin, что ли?
А что на третьей строчке: - числоатомов и тип системы координат?
типа:
50 1 90 60 90
50 - число атомов в молекуле
1 - ортогональная система координат
90 60 90 - размер фигуры, только в ангстремах (изящно)
Я написал письмо одному из авторов по поводу вводимой информации - типа "Шура, а чо он хочет?" (только вежливо). Автор молчит.
что с третьей строчки нужно?
я вводил размер куба в ангстремах, тогда он выдавал ошибку с 5 -строчки
а там уже координаты. То есть и реальные координаты нужно прицепить к точке 0,0,0 что ли. Это бабель должен сделать. Вручную - дым из ушей пойдет.
какие соображения?
Встречал ли кто нибудь описание системы GRID на русском? Родной мануал написан крайне бестолково. Может кто-то более умный перевел?
Там можно тоже CoMFA безплатно считать.

[Cherep]

Я скачал OpenBabel скомпилированый под Винду. Версия 1.100.1, кажется.
Еще скачал потом старую версию Babel под DOS, но она без глюков работала.

Обе выдают в третьей строчке только число атомов (точнее цифру, которая равна числу атомов).

Попытался найти гденибудь корректное описание cssr формата, чтобы посмотреть что там такое на третьей строчке должно быть по-правилам, но не нашёл.

А что на третьей строчке: - числоатомов и тип системы координат?
типа:
50 1 90 60 90
50 - число атомов в молекуле
1 - ортогональная система координат
90 60 90 - размер фигуры, только в ангстремах (изящно)

А это описание которое Вы приводите - это откуда?

[Vanya Ivanov]

http://www.chem.cmu.edu/courses/09-560/ ... tml#944777

это описание CSD (CSSR) format,

http://www.ch.ic.ac.uk/EyeChem/EyeCrystal.html
это другое описание CSS format

Filename of reference chemical data. This file includes
the following properties for all atoms :
atom number, covalent radius, Van Der Waals radius,
maximum number of bonds.

[Marxist]

Кстати, уважаемые, насколько мне известно, патентом на метод CoMFA обладает фирма Tripos. Поэтому очень странно выглядит сам факт наличия не-трайпосовской программы. Срок патента вроде бы не закончился. Так что что-то здесь не так

[Cherep]

Всё верно. Tripos - CoMFA
А это видимо другой метод и называется SOMFA. (там на вебсайте того профессора ссылка на статью в JMC)

[Vanya Ivanov]

Всё верно. Tripos - CoMFA
А это видимо другой метод и называется SOMFA. (там на вебсайте того профессора ссылка на статью в JMC)

Короче, Accerelys TSAR, программа для QSAR которая кроме всего прочего конвертирует MDL,MOL2, PDB -> CSS, правильный формат.
SOMFA2 жует ентот формат прекрасно, без ошибок. Но встает опять вопрос о выравнивании структур. Поскольку выравнивание идет в другом формате, а не CSS. Конечный результат SOMFA2 очень противоречивый и неповторяемый. т.е. если вы одни и те же файлы прогоните
HyperChem MOL2 -> TSAR CSS -> SOMFA2 TF2 то результат предсказания колеблется на один порядок. This is a mess.
Сейчас разбираюсь почему.
Да коллеги, если не остыли то могу выслать формат файлов CSS.

[Илья226]

Народ а прога о которой речь шла в начале статьи для кусара- она еще доступна? Попытки даж зайти на энтот сайт не увенчалися успехом

[Vanya Ivanov]

Программа - SOMFA2, а сервер с download действительно молчит, где ее можно скачать не знаю, если кто найдет то буду рад услышать.