RDF viewer
RDF viewer
Уважаемые коллеги!
Давно ищу просмотрщик для RD-файлов (эти файлы содержат графическую информацию о реакциях), наконец нашел вот этот: RDF viewer 1.3-fx:
http://www.brothersoft.com/rdf-viewer-d ... 10823.html
Но, к великому моему сожалению, файл RdfViewer.jar оказался битым, Java Virtual Mashine wrote: Invalid or corrupt JarFile
В связи с этим мой вопрос: м.б. Вы знаете где есть архив этого добра с целым файлом или вообще к-л другой RDF viewer? Был бы очень признателен за подсказку
Давно ищу просмотрщик для RD-файлов (эти файлы содержат графическую информацию о реакциях), наконец нашел вот этот: RDF viewer 1.3-fx:
http://www.brothersoft.com/rdf-viewer-d ... 10823.html
Но, к великому моему сожалению, файл RdfViewer.jar оказался битым, Java Virtual Mashine wrote: Invalid or corrupt JarFile
В связи с этим мой вопрос: м.б. Вы знаете где есть архив этого добра с целым файлом или вообще к-л другой RDF viewer? Был бы очень признателен за подсказку
Re: RDF viewer
А импортировать их в Chemfinder или ISIS database нельзя?
Re: RDF viewer
Нет проблем с импортированием, но если их многие тысячи, то рука бойца устает и база разростается до неудобоваримости . Гораздо легче было бы нажать, к примеру, F3 и просмотреть что содержится в RDF файле.
Такой просмотрщик для SDF файлов очень удобен:
http://www.hyleos.net/index.php?s=appli ... ileBrowser
Такой просмотрщик для SDF файлов очень удобен:
http://www.hyleos.net/index.php?s=appli ... ileBrowser
Re: RDF viewer
Прочитаите внимательно, что грузите - это просмоторщик
Resource Description Framework, а не Reaction Data File for ISIS...
Хотя надо отметить, что абревиатура у них действительно
одинаковая. Могу посоветовать только написать программу
самому, например на VB
Resource Description Framework, а не Reaction Data File for ISIS...
Хотя надо отметить, что абревиатура у них действительно
одинаковая. Могу посоветовать только написать программу
самому, например на VB
Re: RDF viewer
И впрямь не то , спасибо за подсказку, уважаемый коллега Ivan110
Если бы я умел программировать, то м.б. и написал бы такой просмотрщик, но увы
А Вы смогли бы такой создать? Если это на коммерческой основе, то напишите, пожалуйста, своё предложение в личку, рассмотрим . Кстати, почти уверен, что такая штучька может быть многократно продана, т.к. м.б. очень полезна химикам, работающим с Reaxys, когда вытягивается много RD-файлов и необходим их быстрый просмотр.
Если бы я умел программировать, то м.б. и написал бы такой просмотрщик, но увы
А Вы смогли бы такой создать? Если это на коммерческой основе, то напишите, пожалуйста, своё предложение в личку, рассмотрим . Кстати, почти уверен, что такая штучька может быть многократно продана, т.к. м.б. очень полезна химикам, работающим с Reaxys, когда вытягивается много RD-файлов и необходим их быстрый просмотр.
Re: RDF viewer
Кажется, вы издеваетесь над беднягой chemist-s. Таких программ полно.Ivan110 писал(а): Могу посоветовать только написать программу самому, например на VB
http://www.chemaxon.com/instantjchem/ij ... mport.html
http://www.bioclipse.net/
это среди самых известных, например
Re: RDF viewer
To Marxist:
ссылки посмотрел - просмоторщика не нашёл, есть только импортёр формата.
Но ои есть ив ISIS.
To chemist-s:
Проблема с Reaxys кажется надуманной. Сам раньше проверил.
Вытащить 50000 реакций занимает 3-4 часа.
Загрузка в базу ISIS для просмотра такого количества реакций
займёт 2-5 минут.
ссылки посмотрел - просмоторщика не нашёл, есть только импортёр формата.
Но ои есть ив ISIS.
To chemist-s:
Проблема с Reaxys кажется надуманной. Сам раньше проверил.
Вытащить 50000 реакций занимает 3-4 часа.
Загрузка в базу ISIS для просмотра такого количества реакций
займёт 2-5 минут.
Re: RDF viewer
Ну дык естественно, что сначала надо импортировать всей толпой, потом смотреть. Впрочем, можно и просто смотреть: http://www.chemaxon.com/products/marvin/marvinview/
ISIS неиллюзорно неудобен.
ISIS неиллюзорно неудобен.
Re: RDF viewer
Спасибо, уважаемый коллега Marxist, вытащил и проинсталлировал marvinbeans-5_3_5-windows.exe, заработало! . (Правда, кажется, будет работать только 14 дней).
Коллега Ivan110, почему-то некоторые SD файлы (заметил - особенно, которые содержат много текстов) Айсис компиллирует долго, при этом несколько раз предупреждает, что процесс будет длительным и не хочу ли я его прервать, я, конечно, не хочу и оставляю на ночь, как правило это помогает
Коллега Ivan110, почему-то некоторые SD файлы (заметил - особенно, которые содержат много текстов) Айсис компиллирует долго, при этом несколько раз предупреждает, что процесс будет длительным и не хочу ли я его прервать, я, конечно, не хочу и оставляю на ночь, как правило это помогает
Re: RDF viewer
А академическую лицензию попросить не получится? Teaching -- вообще бессрочнаяchemist-s писал(а):(Правда, кажется, будет работать только 14 дней).
Re: RDF viewer
Спасибо, попробую
Re: RDF viewer
Попробовал MarvinView годится только для простых RDF,
в случае наличия ассоциированных для поля внутренних баз
уходит в себя и останавливает компьютер, не реагирует даже на
три волшебные клавиши Ctr+Alt+Del
в случае наличия ассоциированных для поля внутренних баз
уходит в себя и останавливает компьютер, не реагирует даже на
три волшебные клавиши Ctr+Alt+Del
Re: RDF viewer
Это как?Ivan110 писал(а):в случае наличия ассоциированных для поля внутренних баз
Re: RDF viewer
Это когда поле является отдельной базой данных.
Например имеется база данных реакций и для каждой реакции есть поле
которое содержит данные для этой рекции из разных источников - её вариации
в зависимости от растворителя, температуры или других условий. В ISIS если поставить
мышь на это поле счётчик записей глобальной базы переключается на счётчик подчинённой.
и перелистываются страницы только этой подчинённой базы. Уровень вложенности
таких баз может быть достаточно большим.
и к тому же наглядность представления данных в Marvin сильно хромает: два примера
одной и той же записи
Например имеется база данных реакций и для каждой реакции есть поле
которое содержит данные для этой рекции из разных источников - её вариации
в зависимости от растворителя, температуры или других условий. В ISIS если поставить
мышь на это поле счётчик записей глобальной базы переключается на счётчик подчинённой.
и перелистываются страницы только этой подчинённой базы. Уровень вложенности
таких баз может быть достаточно большим.
и к тому же наглядность представления данных в Marvin сильно хромает: два примера
одной и той же записи
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: RDF viewer
Разве спецификация формата SDF или RDF это позволяет? Интересно, каким образом.Ivan110 писал(а):Это когда поле является отдельной базой данных. Например имеется база данных реакций и для каждой реакции есть поле которое содержит данные для этой рекции из разных источников - её вариации в зависимости от растворителя, температуры или других условий.
Это неудобно. Впрочем, на любителя.Ivan110 писал(а):В ISIS если поставить мышь на это поле счётчик записей глобальной базы переключается на счётчик подчинённой. и перелистываются страницы только этой подчинённой базы. Уровень вложенности таких баз может быть достаточно большим.
Это всё-таки просмотрщик файлов, а не СУБД. И там есть разные варианты просмотра, предназначенные для разных целей. Приведённый Вами вариант несопоставим с тем, что нарисовано рядом: в одном случае -- просмотр одной записи, в другом -- просмотр сортируемого (что важно) списка. Впрочем, нет никакого смысла в холиворах.Ivan110 писал(а):и к тому же наглядность представления данных в Marvin сильно хромает: два примера одной и той же записи
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: RDF viewer
Спецификация RDF (в отличии от SDF ) это позволяет. Именно через RDF
я делал базу по токсичности в которой для каждой структуры привязана
ещё одна локальная база. А вообще дело вкуса - кто как привык.
В данном случае я привёл пример ISIS как просмотрщика, а не как базу.
В этом же контексте использовался и MarvinView - он также как и ISIS
конвертировал RDF в свой внутренний формат для просмотра.
я делал базу по токсичности в которой для каждой структуры привязана
ещё одна локальная база. А вообще дело вкуса - кто как привык.
В данном случае я привёл пример ISIS как просмотрщика, а не как базу.
В этом же контексте использовался и MarvinView - он также как и ISIS
конвертировал RDF в свой внутренний формат для просмотра.
Re: RDF viewer
Господа, подскажите, пожалуйста, почему некоторые записи MarvinView показывает в обычном виде, а некоторые - в виде шаро-стержневых моделей?
Не нашел где ему можно объснить, что надо показывать простые (двумерные) структуры, без шаров и стержней У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Re: RDF viewer
Если там лежит структура пространственная -- он показывает её в CPK. Можно делать по одной clean in 2D, но вряд ли это приведёт к читаемым формулам в случаях, подобных приведённому вами.
Re: RDF viewer
Понятно. спасибо!
Т.о., как не крути, надежного сабжа нет, вопрос остается открытым.
Т.о., как не крути, надежного сабжа нет, вопрос остается открытым.
Re: RDF viewer
Замечу, что нормально преобразовать пространственную формулу достаточно сложного вещества в красивый двумерный вид можно только вручную. А поскольку в базе лежит пространственная -- либо так, либо нечитаемая мешанина из линий будет.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 25 гостей