Калибровка Maldi-TOF для олигонуклеотидов

[EvgeniyChup]

Добрый день форумчане, имеется следующий прибор Bruker MALDI-TOF "AutoflexSpeed", очень хочется провести его калибровку масс, измерять будем олигонуклеотиды, диапазоны масс от 0,5 Да до 9кДа; соответственно ищем стандарты и калибровочные смеси, если есть опыт в калибровке, а также сведения о готовых калибрантах, будем Вам благодарны за помощь, советы и ссылки на литературу (этакий гайд для молодого бойца ).

[avor]

Э, мнэээ, а почему бы вам не заказать тупо синтез олигонуклеотидов, любой нужной вам последовательности. 0.5Да -это что половинка протона? 500 Да это вроде больше одного нуклеотида и меньше 2. Мононуклотидфосфаты вроде досупны и стоят копейки, а динуклеотиды тоже заказываются на синтезаторе, при чем их и чистить не надо они сразу получаются 99.8% чистоты.

[Deminolog]

Здравствуйте! Лучше связаться с Брукером, они либо готовые миксы для калибровки предложат, либо скажут, какие нужны если впервые с МАЛДИ сталкиваетесь - лучше пройти обучение, чтобы понять, какие мишени для чего берут и какие подложки с матрицей пользуют...

[ Post made via iPad ]

[avor]

Я конечно не сильный спец в масспектрометрии, но по-моему у них вполне толковый мануал прилагается к прибору с протоколами и примерами. Хотя обучение никогда не бывет бесполезным.

[Deminolog]

Ну если мануал хорошо написан - то, конечно, можно и нужно с него начинать) у некоторых просто мануал заканчивается после включения прибора

[ Post made via iPad ]

[avor]

Ну а зачем такой мануал. Люди просто не будут покупать твои приборы, если ими не возможно пользоваться.

[EvgeniyChup]

Э, мнэээ, а почему бы вам не заказать тупо синтез олигонуклеотидов, любой нужной вам последовательности. 0.5Да -это что половинка протона? 500 Да это вроде больше одного нуклеотида и меньше 2. Мононуклотидфосфаты вроде досупны и стоят копейки, а динуклеотиды тоже заказываются на синтезаторе, при чем их и чистить не надо они сразу получаются 99.8% чистоты.

0.5 Да - должно было быть 0.5кДа извините, что ввел в заблуждение (половинка протона )
Мы олиги делаем чистить их стоит, хотя-бы избавиться от эффекта матрицы, и там больше проблем с катионированием (Na+, K+), причем они садятся рандомно.

[EvgeniyChup]

Ну если мануал хорошо написан - то, конечно, можно и нужно с него начинать) у некоторых просто мануал заканчивается после включения прибора

[ Post made via iPad ]

Вот-вот на школе МС об этом говорили, инструкцию надо читать до того как прибор пришел, когда пришел и ты его включил инструкция бесполезна. Общем мы нашли брукеровскую смесь с матрицами (матрицы, на которых будем свои продукты анализировать закупим разнообразные).

[Deminolog]

Школа МС? о_О Такое есть? Это ВМСО проводит?
Коллега avor, называть фирмы не буду, а то меня опять будут обвинять в черном пиаре, но скажу, что это отнюдь не редкость для крутых брендов, которые расхватывают по всему миру при наличии средств...
Наличие натрия и калия... На водичке все? А водичка какая? И матрица какая? В обычной ВЭЖХ-МС присутствие аддуктов с натрием и калием - четкий признак проблем с водой, в частности (ну или вообще с растворителями, но начинают всегда с воды). Бывают случаи, когда аддукты появляются из-за самого состава пробы (из пробы, в общем).
Хотя скажу честно - с МАЛДИ не работал, не доводилось еще, увы

[avor]

В воде вы никогда не получите без катионный олигонуклеотид это бесполезно. Довольно сильная кислота рК-2, а от электронейтральности не уйти никуда. И потом вы никогда не уйдете от катионов ЩМ в реальных образцах в водных растворах. Поэтому нет никакого смысла бороться за избавление от них вот позаботится что бы они были одни только натрий или калий имеет смысл. Можно конечно олиг посадить на анионообменник высушить смыть в безводную кислоту типа ТФУ и потом сушить досуха, не знаю что при этом получится, но если такие протоколы есть, то их придется применять ко всем образцам.

[Vanya Ivanov]

Я тоже не большой спец по MALDI, но чо-то не видел частич больше чем 3+ и те очень редки. (по этому комбинации 1+, 2+, 3+, - из H, Na, K не напрягают особо).Те что больше 3+ - они вообще-то долетают? Хотя конечно получить картинку (М+Н)+ всегда приятней чем (M+Na)+ - но может это предрассудок?