Растворить ДНК

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Аватара пользователя
Maryna
Лиса-Алиса
Сообщения: 7002
Зарегистрирован: Пт июл 28, 2006 12:14 pm
Контактная информация:

Растворить ДНК

Сообщение Maryna » Пн июн 29, 2015 11:11 pm

Коллеги, в чем можно растворить одноцепочечную ДНК? Вода, формамид, пропиленгликоль не подходят. Задача не биохимическая, а физхимическая, народ хочет смотреть какие-то особенные эффекты. Ищут растворитель с минимально возможной полярностью. Я понимаю, что прошу почти оксюморон, но вдруг кто-то сталкивался с экзотическими вариантами.

[ Post made via Android ] Изображение

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Растворить ДНК

Сообщение Cherep » Пн июн 29, 2015 11:51 pm

гексафторизопропанол? трифторэтанол? их смеси с метиленом?

Аватара пользователя
Maryna
Лиса-Алиса
Сообщения: 7002
Зарегистрирован: Пт июл 28, 2006 12:14 pm
Контактная информация:

Re: Растворить ДНК

Сообщение Maryna » Вт июн 30, 2015 9:33 am

Это из эксперимента?

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение avor » Вт июн 30, 2015 9:47 am

Жидкий СО2 попробуйте, но практически безнадега.Еще можно попробовать СТАВ соль получить. Для этого надо использовать его 1,5-2% растворы в NaCl, концентрацию NaCl надо подобрать где-то между 0,5 и1,5М если соли мало - плохо садится, если много - натрий вытесняет СТАB из комплекса с ДНК. Да, осадок образуется меедленно, надо подождать ночку или несколько часов на льду или в холодильнике. Осадок СТАВ-ДНК комплекса высушить и пробовать растворять в хлороформе желательно с добавкой СТАВ или чем-то подобном. Только я боюсь этим сумашедшим физикам такой комплекс не подойдет.
Последний раз редактировалось avor Вт июн 30, 2015 10:44 am, всего редактировалось 2 раза.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение avor » Вт июн 30, 2015 9:49 am

Алиса! Какой эксперимент? Надо быть большим психом, что бы пытаться ратстворить, полиэлектролит с полиуглеводным скелетом в гексане.

Аватара пользователя
Maryna
Лиса-Алиса
Сообщения: 7002
Зарегистрирован: Пт июл 28, 2006 12:14 pm
Контактная информация:

Re: Растворить ДНК

Сообщение Maryna » Вт июн 30, 2015 11:04 am

Cherep писал(а):гексафторизопропанол
ага, я смотрю, он в хроматографии используется. :up:
avor писал(а):Еще можно попробовать СТАВ соль получить
CTAB - в смысле Cetyltrimethyl ammonium bromide?
avor писал(а):Только я боюсь этим сумашедшим физикам такой комплекс не подойдет.
а кто их знает? Может, наоборот, пригодится.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение avor » Вт июн 30, 2015 11:33 am

Maryna писал(а):CTAB - в смысле Cetyltrimethyl ammonium bromide?
Оно, родимое!

Аватара пользователя
Upstream
Сообщения: 3444
Зарегистрирован: Ср июн 11, 2008 10:46 am

Re: Растворить ДНК

Сообщение Upstream » Чт июл 02, 2015 11:04 pm

Слава прав, с фторированными спиртами шансы есть, особенно если предварительно перевести ДНКу в соль с амином, например с 1-метилморфолином. По диэлектрической проницаемости скорее всего ниже ничего не подберёшь:
CF3CH2OH e 26.67 pKa 12.5 AN 53.8 DN 0
(CF3)2CHOH e 16.62 pKa 9.39 AN 88.0 DN 0
Они обладают уникальной способностью сольватировать анионы.
Требуемую растворимость можно было бы и оговорить - для определённости. Но больше чем на несколько мг/мл - вряд ли.

maks
Сообщения: 14926
Зарегистрирован: Вс апр 19, 2009 3:32 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение maks » Пт июл 03, 2015 12:17 pm

Игорь, позвольте развить вашу мысль и спросить , а может ДНК переводить в соль с 4-Morpholineethanol,CAS 622-40-2
тогда может будут с одной стороны соль, а с другой водородные связи с фторированными спиртами ,повысит растворимость еще
ну и стоит копейки
он химик, он ботаник-князь Федор , мой племянник

Аватара пользователя
Upstream
Сообщения: 3444
Зарегистрирован: Ср июн 11, 2008 10:46 am

Re: Растворить ДНК

Сообщение Upstream » Пт июл 03, 2015 3:45 pm

Хороший вариант, Володя! Пан просто ориентировался на то, что должно быть у Пани под рукой. ;)

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1741
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение Vanya Ivanov » Пт июл 03, 2015 10:38 pm

че-это все на личности стали преходить? Где правила форума, где днк?

Аватара пользователя
гаер*
Сообщения: 2423
Зарегистрирован: Пн июл 12, 2010 5:01 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение гаер* » Сб июл 04, 2015 7:51 am

Спокойствие, Геннадий! Солюбилизация ДНК в органике за счёт противоионов используется много-много лет, так что это хороший совет. Вот очередной пример.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Cherep
Сообщения: 23303
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Растворить ДНК

Сообщение Cherep » Сб июл 04, 2015 4:34 pm

:offtop:
кому не нравится деанонимизация, подавайте жалобу только не мне.

Аватара пользователя
Maryna
Лиса-Алиса
Сообщения: 7002
Зарегистрирован: Пт июл 28, 2006 12:14 pm
Контактная информация:

Re: Растворить ДНК

Сообщение Maryna » Чт июл 09, 2015 1:09 pm

Извините, коллеги, была далеко от интернета. Из всего, что тут написали, я делаю вывод, что растворить ДНК в органике можно только с помощью третьего агента? Это плохая новость. :-) Тем не менее, люди будут рады определенности. Я передала все ваши рекомендации. Откопали в интернетах еще вариант с т.н. deep eutectics, но тоже сомнительно.

Аватара пользователя
Upstream
Сообщения: 3444
Зарегистрирован: Ср июн 11, 2008 10:46 am

Re: Растворить ДНК

Сообщение Upstream » Чт июл 09, 2015 2:18 pm

Делать акцент на ДНК - не вполне корректно, проблема в удволетворении сольватационных требований противоионов - маленьких, жёских и жутко требовательных катионов натрия. Придумаешь как удволетворить их - за ДНКой дело не станет. Ещё один вариант - 18-краун-6, могут сработать и полиэтиленгликоли, в присутствии которых даже кондовая неорганика солюбилизируется в бензоле.

Ptizza

Re: Растворить ДНК

Сообщение Ptizza » Чт июл 09, 2015 3:10 pm

Если покупать в виде солей, то растворяется в буферах на ура. Использовала только буферы для разных - третичных и четвертичных ДНК

Аватара пользователя
гаер*
Сообщения: 2423
Зарегистрирован: Пн июл 12, 2010 5:01 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение гаер* » Сб июл 11, 2015 8:48 pm

Ptizza писал(а):третичных и четвертичных ДНК
:facepalm:

Ptizza

Re: Растворить ДНК

Сообщение Ptizza » Сб июл 11, 2015 9:26 pm

Крадруплексная и трехцепочная ДНК звучит лучше? Наверняка тоже мимо будет.

Аватара пользователя
гаер*
Сообщения: 2423
Зарегистрирован: Пн июл 12, 2010 5:01 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение гаер* » Вс июл 12, 2015 6:06 am

Так по-вашему ДНК триплекс - третичная структура, а квадруплекс - четвертичная? :wink:

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Растворить ДНК

Сообщение avor » Вс июл 12, 2015 10:19 am

Птичку.... Жалко! Ну, чо, привязались к даме с терминологической тягомотиной? Все ж уже поняли, что она имела ввиду.

Кстати, практически не встречал классификацию для нуклеиновых кислот, похожую на белковую. Где есть первичная структура - последовательность АК. Вторичная структура - укладка цепи в спиральные или складчатые структуры, Третичная структура - укладка спиральных и складчатых участков ОДНОЙ цепи в сложную трехмерную структуру. Четвертичная структура - устойчивое образование комплекса трехмерных структур из нескольких цепей.

А с НК такая логика плохая. Ну первичная структура проходит - последовательность нуклеотидов, а вторичная? Да, есть спирали, даже нескольких типов, но по умолчанию, если специально не оговорено они двухцепочечные, т.е. по белковой классификации - это уже не вторичная,а четвертичная структура. Ну и одноцепочечные могут образовывать внутрицепочечные гибриды, но это относительно редкая вещь, хорошо изученная только для т-РНК и рибосом. Ну и вроде рибосома и есть классический нуклеиновый аналог четвертичной структуры белка, но что-то никто ее так не обзывает(видимо потому-что это единственная такая структура).

Птицца, про растворение в водных растворах речь в данном топике не идет, не идет речь даже и о полярных неводных растворителях. Речь идет о НЕВОДНЫХ и НЕПОЛЯРНЫХ растворителях.

Алиса: "Коллеги, в чем можно растворить одноцепочечную ДНК? Вода, формамид, пропиленгликоль не подходят. Задача не биохимическая, а физхимическая, народ хочет смотреть какие-то особенные эффекты. Ищут растворитель с минимально возможной полярностью."

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 8 гостей