Всем привет!
Есть тут товарищи-протеомщики?
Есть вопрос во поиску аминокислотной последовательности в белковой молекуле по масс-спектру ее фрагментов.
В данный момент работаем с программным пакетом Spectrum Mill. Вопрос - можно ли настроить модуль таким образом, чтобы он работал с фрагментами не только после трипсина, но и других энзимов? (AspN, GluC в фосфатном и бикарбонатном буфере, LysC)
Очевидных настроек в интерфейсе на эту тему я не нашла, к сожалению.
Буду очень признательна за ответы!
De novo сиквенс АК-последовательности после MS
Re: De novo сиквенс АК-последовательности после MS
Я не работал с этим софтом, но надо быть полным дебилом, что бы при разработке софта не учитывать сайты разных протеаз. Если геном вашего белка не отсеквенирован и не содержится в базах данных генбанка, то установить сиквенс белка де ново по массспеку практически не возможно.
Re: De novo сиквенс АК-последовательности после MS
Я согласна. Но не могу найти эти настройки. В том и вопрос. Возможно, дебил - я?
Во второму пункту - суть эксперимента в попытке доказать обратное. Одной программой удалось восстановить последовательность на приличном уровне покрытия. Хотим попробовать несколькими и сравнить.
Во второму пункту - суть эксперимента в попытке доказать обратное. Одной программой удалось восстановить последовательность на приличном уровне покрытия. Хотим попробовать несколькими и сравнить.
Re: De novo сиквенс АК-последовательности после MS
Во второму пункту - суть эксперимента в попытке доказать обратное..
Гыы! Удачи! Только в данном случае даже тысячей удачных попыток вы ничего не докажете. Скорее доказать это можно только математически. Те построить алгоритм определения последовательности и доказать, что при любой последовательности он приведет к одному единственному и правильному результату.
Гыы! Удачи! Только в данном случае даже тысячей удачных попыток вы ничего не докажете. Скорее доказать это можно только математически. Те построить алгоритм определения последовательности и доказать, что при любой последовательности он приведет к одному единственному и правильному результату.
-
- Сообщения: 1
- Зарегистрирован: Пт мар 04, 2016 6:16 am
Re: De novo сиквенс АК-последовательности после MS
Я думаю, что De Novo Sequencing может решить вашу проблему.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 29 гостей