De novo сиквенс АК-последовательности после MS

[cyplenok]

Всем привет!

Есть тут товарищи-протеомщики?

Есть вопрос во поиску аминокислотной последовательности в белковой молекуле по масс-спектру ее фрагментов.

В данный момент работаем с программным пакетом Spectrum Mill. Вопрос - можно ли настроить модуль таким образом, чтобы он работал с фрагментами не только после трипсина, но и других энзимов? (AspN, GluC в фосфатном и бикарбонатном буфере, LysC)

Очевидных настроек в интерфейсе на эту тему я не нашла, к сожалению.

Буду очень признательна за ответы!

[avor]

Я не работал с этим софтом, но надо быть полным дебилом, что бы при разработке софта не учитывать сайты разных протеаз. Если геном вашего белка не отсеквенирован и не содержится в базах данных генбанка, то установить сиквенс белка де ново по массспеку практически не возможно.

[cyplenok]

Я согласна. Но не могу найти эти настройки. В том и вопрос. Возможно, дебил - я?

Во второму пункту - суть эксперимента в попытке доказать обратное. Одной программой удалось восстановить последовательность на приличном уровне покрытия. Хотим попробовать несколькими и сравнить.

[avor]

Во второму пункту - суть эксперимента в попытке доказать обратное..
Гыы! Удачи! Только в данном случае даже тысячей удачных попыток вы ничего не докажете. Скорее доказать это можно только математически. Те построить алгоритм определения последовательности и доказать, что при любой последовательности он приведет к одному единственному и правильному результату.

[candyswift233]

Я думаю, что De Novo Sequencing может решить вашу проблему.