Определение механизма действия антибактериального препарата

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Zord
Сообщения: 1058
Зарегистрирован: Чт ноя 06, 2008 2:33 pm

Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение Zord » Ср янв 04, 2017 12:58 am

Коллеги, нужен совет. Есть некий антибактериальный препарат, довольно небольшая органическая молекула,
хотелось бы понять механизм ее действия, как вы думаете, с чего стоит начать? Какие возможности для этого
имеются внутри страны?

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 9318
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение avor » Ср янв 04, 2017 9:42 am

Если абсолютно непоятны даже гипотетические механизмы или нет аналогов с известными механизмами, то это вилы и не только в нашей стране. А так можно тупо проверить на те или иные варианты активности известных противомикробных агентов. При чем почти наверняка какие--то очки вещество наберет в каждом случае, но это не значит, что это и есть его основной механизм действия. В химраре должен быть такой отдел только они все больше на онкологию ориентированы. Как правило маленькая молекула ингибирует какой-нибудь фермент или их группу или взаимодействует с сигнальными молекулами. Но так-как ферментов насчитывается сотни тысяч, а сигнальных молекул тысячи, то мучаться можно довольно долго. С аспирином и нитроглицерином мучались лет 50. При чем биомолекулы это не синтетические библиотеки, далеко не всегда тест на ингибирование или связывание это коммерчески доступная и относительно дешевая вещь так что не существует волшебных чемоданчиков способных проверить активность одного вещества, но в тысячах вариантах активности. За частую такие эксперименты можно поставить только в хорошо оснащенных лабораториях, занимающихся именно изучением тех или иных механизмов жизнеобеспечения биообъектов и число таких лабаротирий в мире может быть не большим.

2rin
Сообщения: 314
Зарегистрирован: Вт май 11, 2010 8:58 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение 2rin » Ср янв 04, 2017 5:10 pm

Есть отдельные группы, которые интересуются отдельными группами ферментов/органелл/биохимических процессов, но надо иметь хотя бы какие-то намеки, предположения для того, чтобы их заинтересовать. Механизм действия - это обычно довольно непростая задача, на легкий и быстрый результат тут надежды мало.
Какие хоть бактерии глушит? Как выглядит?

Cherep
Сообщения: 22234
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение Cherep » Ср янв 04, 2017 5:23 pm

некоторые "вилы" начинаются с изучения изменения экспрессии генов

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 9318
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение avor » Ср янв 04, 2017 7:09 pm

Профиль экспрессии не панацея. Например для того же нитроглицерина и аспирина это дало бы очень мало. Да, воспалительный ответ ингибируется и это по профилю экспрессии видно(например для аспирина), но это и так видно, что воспаление ингибируется, хотя бы по снижению температуры, а к механизму не подъехать на этом профиле. То же и с пенициллином, к примеру, ну, допустим увидим мы усиление экспрессии в-лактамазы, ну, как бы, очевидно, что это защитный механизм разрушения повреждающего вещества, а что повреждает этот самый повреждающий фактор этот профиль нам не скажет.

Zord
Сообщения: 1058
Зарегистрирован: Чт ноя 06, 2008 2:33 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение Zord » Чт янв 05, 2017 12:01 am

2rin писал(а):Есть отдельные группы, которые интересуются отдельными группами ферментов/органелл/биохимических процессов, но надо иметь хотя бы какие-то намеки, предположения для того, чтобы их заинтересовать. Механизм действия - это обычно довольно непростая задача, на легкий и быстрый результат тут надежды мало.
Какие хоть бактерии глушит? Как выглядит?
Точнее говоря это не одно вещество, а ряд гомологов, специфического типа гетероциклы, мол массой 500-700, в зависимости от заместителя меняется
спектр активности. Наиболее "четкие" и малотоксичные действуют в ничтожных дозах только на грам+, менее селективные и более токсичные, также и на грам - и даже на грибки. Мысли приблизительные какие то имеются, но хотелось бы узнать, может есть новые какие то новые подходы, продуктивные методы, алгоритмы, методы микроскопии для определения распределения, киты ферментов и т.д.

2rin
Сообщения: 314
Зарегистрирован: Вт май 11, 2010 8:58 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение 2rin » Вт май 16, 2017 11:31 pm

Zord писал(а):
Чт янв 05, 2017 12:01 am
Мысли приблизительные какие то имеются, но хотелось бы узнать, может есть новые какие то новые подходы, продуктивные методы, алгоритмы, методы микроскопии для определения распределения, киты ферментов и т.д.
Недавно читал статью (
DOI:
http://dx.doi.org/10.1021/acs.jmedchem.6b01780
) и вспомнил про Ваш вопрос. Там они используют некое "профилирование" для определения примерного механизма действия. Ссылаются на следующее:
1.
DOI:
http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1311066110
2.
DOI:
http://dx.doi.org/10.1021/acschembio.5b01050
Авторы уверяют, что если есть совпадение с уже известными механизмами действия, то оно выявится. Их не так много, но обычно всем хватает. Вопрос, правда, остается: а что если у нас какая-нибудь супер-пупер уникальная мишень и механизм такой же? Тогда, наверное, описанное "профилирование" не спасет.

Zord
Сообщения: 1058
Зарегистрирован: Чт ноя 06, 2008 2:33 pm

Re: Определение механизма действия антибактериального препарата

Сообщение Zord » Ср май 17, 2017 3:53 pm

О, спасибо! Надо попробовать такое!

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя