Галоген содержащая биоорганика

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Сб ноя 11, 2017 6:39 pm

Возник вопрос. Среди биоорганических соединений есть хлор- и бром- содержащие?

Речь идет именно о соединениях синтезируемых в живых организмах в естественных условиях.

Иодсодержащими соединениями являются тироидные гормоны https://en.wikipedia.org/wiki/Thyroid_hormones

Фтор в форме монофторацетата содержится например в растении https://en.wikipedia.org/wiki/Gastrolobium
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Сб ноя 11, 2017 7:04 pm

Bromine.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Сб ноя 11, 2017 7:22 pm

Fortschritte der Chemie organischer Naturstoffe / Progress in the Chemistry of Organic Natural Products глава 1.5 Unsaturated chloroamino acids
Там больше чем влезет на фотку. Есть на гуглбуксе.

и отдельно
Chlorine.jpg
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Сб ноя 11, 2017 7:28 pm

Интересно почему эти соединения так редки? Содержание хлора в биосфере огромно.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 10274
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение avor » Сб ноя 11, 2017 8:09 pm

Потому что галоген органика в целом токсична для организма и если организм создает что-то подобное, то при крайней необходимости.

Аватара пользователя
ChemNavigator
Сообщения: 1485
Зарегистрирован: Пт янв 28, 2005 3:02 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение ChemNavigator » Сб ноя 11, 2017 8:15 pm

Диброминдиго (античный пурпур) как один из самых известных.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Сб ноя 11, 2017 9:25 pm

avor писал(а):
Сб ноя 11, 2017 8:09 pm
Потому что галоген органика в целом токсична для организма и если организм создает что-то подобное, то при крайней необходимости.
Я не уверен причина это или следствие. Если вся эволюция сухопутных млекопитающих шла в отсутствие хлорорганики то вполне логично что организм ее не приемлет. К тому же многая хлорорганика токсична на уровне инертности (из простейшего ди и три хлорметан)
kbob писал(а):
Сб ноя 11, 2017 7:28 pm
Интересно почему эти соединения так редки? Содержание хлора в биосфере огромно.
Я ответа не знаю но из общих соображений - а насколько легко этот хлор вывести из его неорганической формы и получить хлорорганику? Кремния в окружающей нас среде тоже фантастическое количество, но вот выдрать его из диоксида получается мало и плохо.
Вся известная мне броморганика морского (и кажется только подводного) происхождения (кстати помнится было что то с sea urchin, я погуглю). Морские глубоководные организмы и организмы из пещер вообще склонны к нетрадиционным путям и биохимии.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Сб ноя 11, 2017 9:45 pm

По алкалоидам веселее:

Lolidine — A new chlorine-containing alkaloid from the seeds of Lolium cuneatum
DOI:
http://dx.doi.org/10.1007/BF00570182
Acutumine and acutumidine, chlorine containing alkaloids with a novel skeleton (1): X-ray analysis of acutumine.
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/S0040-4039(00)71620-0
Chlorinated Alkaloids in Menispermum dauricum DC. Root Culture
DOI:
http://dx.doi.org/10.1021/jo001494l
Chlorine-containing natural compounds in higher plants думаю самое ценное из старого
Phytochemistry Volume 25, Issue 4, 1986, Pages 781-791
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/0031-9422(86)80002-4
More than 130 chlorine-containing compounds have been isolated from higher plants and ferns; about half are polyacetylenes, thiophenes and sesquiterpene lactones from the Asteraceae. A chlorinated chlorophyll may be an important part of photosystem 1. High biological activity is found in 4-chloroindoleacetic acid from pea and in the cancerostatic maytansinoids. Many compounds are chlorohydrins isolated along with the related epoxides. Some compounds, like gibberellin A6 hydrochloride from bean, are perhaps artefacts.
alkaloids.jpg
Это из The Alkaloids, Том 71 Academic Press, 31 дек. 2012 г. - Всего страниц: 306
Br-alk.jpg
Оттуда же

Bromine-containing alkaloids from the marine sponge Penares sp.
DOI:
http://dx.doi.org/10.1016/j.tetlet.2012.08.148
Raverty WD, Thomson RH, King TJ. Metabolites from the sponge Pachymatisma johnstoni; L-6-bromo-hypaphorine, a new amino-acid (and its crystal structure). J Chem Soc Perkin 1. 1977;(10):1204–1211.

6-Bromohypaphorine from Marine Nudibranch Mollusk Hermissenda crassicornis is an Agonist of Human α7 Nicotinic Acetylcholine Receptor
DOI:
http://dx.doi.org/10.3390/md13031255
статья 2015 года

Все, я устал...
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Сб ноя 11, 2017 10:15 pm

О, на добивание

Naturally Occurring Organohalogen Compounds - A Comprehensive Update [1 ed.] - доступно с либгена. 2010 год

Organic Bromine and Iodine Compounds - под редакцией Alasdair H. Neilson, 2003 год, содержит интересный раздел Biological Effects and Biosynthesis of Brominated Metabolites

также возможно стоит смотреть Organic Bromine and Iodine Compounds Handbook of Environmental Chemistry - Alasdair H. Neilson, но подозреваю что там могут быть не только природные но и антропогенные соединения.

Обе книги тоже есть на либгене.

Блин, недаром меня звали когда то в data-crunchеры, поиск инфы я люблю..

kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Вс ноя 12, 2017 7:30 am

Боюсь что некоторые соединения могли быть артефактами

The chlorinated chlorophyll RC I, a preparation artefact
https://doi.org/10.1016/0014-5793(88)81337-1
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Вс ноя 12, 2017 8:35 am

Вообще мне кажется, что с метаболизмом галогензамещенных в организме имеет большие накладные расходы - нужно много специализированных ферментов, а выгода не всегда есть.
Тем более, что галогены, кроме фтора, похожи между собой - иодзамещенные оказались эффективнее в качестве медиаторов (легко поляризуемый атом большого размера).
Фторзамещенные традиционно заняли нишу необратимых ингибиторов ферментов.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

ximi
Сообщения: 1893
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение ximi » Вс ноя 12, 2017 1:48 pm

В природе бромацетон содержится (менее 1 %) в эфирном масле гавайской водоросли Asparagopsis taxiformis

ximi
Сообщения: 1893
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение ximi » Вс ноя 12, 2017 1:56 pm

Возник вопрос. Среди биоорганических соединений есть хлор- и бром- содержащие?.
Да есть !

ximi
Сообщения: 1893
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение ximi » Вс ноя 12, 2017 1:59 pm

Интересно почему эти соединения так редки? Содержание хлора в биосфере огромно.
И что из того что огромно ?
И кремния много и алюминия с железом.

По вашей логике если количество определенных элементов в земной коре много то они всенеприменно в больших количествах присутствовать в организмах ?
Алюмосиликатная жизнь :clap:

ximi
Сообщения: 1893
Зарегистрирован: Вс янв 29, 2012 7:50 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение ximi » Вс ноя 12, 2017 2:03 pm

Потому что галоген органика в целом токсична для организма и если организм создает что-то подобное, то при крайней необходимости.
Вы путаете причину и следствие.

kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Вс ноя 12, 2017 2:12 pm

ximi писал(а):
Вс ноя 12, 2017 1:48 pm
В природе бромацетон содержится (менее 1 %) в эфирном масле гавайской водоросли Asparagopsis taxiformis
судя по публикации http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jf60206a040 в гавайской водоросли Asparagopsis taxiformis не только бромацетон содержится, а и ди-бромацетон, три-бромацетон, бромоформ и много всякой всячины.
Непонятно откуда там элементарный бром берется?
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Вс ноя 12, 2017 2:24 pm

ximi писал(а):
Вс ноя 12, 2017 1:59 pm
Интересно почему эти соединения так редки? Содержание хлора в биосфере огромно.
И что из того что огромно ?
И кремния много и алюминия с железом.
Кстати таки смогли! http://www.ibtimes.com/silicon-based-li ... dy-2451055 с отсылкой на http://science.sciencemag.org/content/354/6315/1048 - вышло чуть меньше года назад

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Вс ноя 12, 2017 2:28 pm

kbob писал(а):
Вс ноя 12, 2017 2:12 pm
судя по публикации http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jf60206a040 в гавайской водоросли Asparagopsis taxiformis не только бромацетон содержится, а и ди-бромацетон, три-бромацетон, бромоформ и много всякой всячины.
Непонятно откуда там элементарный бром берется?
Я статью не читал, но че там правда утверждается что и молекулярный бром есть? Это как то крайне стремное заявление. Ну а если просто куча бромоорганики то это намого более приемлимо.

kbob
Сообщения: 592
Зарегистрирован: Сб окт 17, 2009 9:48 am

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение kbob » Вс ноя 12, 2017 2:40 pm

Гесс писал(а):
Вс ноя 12, 2017 2:28 pm
kbob писал(а):
Вс ноя 12, 2017 2:12 pm
судя по публикации http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jf60206a040 в гавайской водоросли Asparagopsis taxiformis не только бромацетон содержится, а и ди-бромацетон, три-бромацетон, бромоформ и много всякой всячины.
Непонятно откуда там элементарный бром берется?
Я статью не читал, но че там правда утверждается что и молекулярный бром есть? Это как то крайне стремное заявление. Ну а если просто куча бромоорганики то это намого более приемлимо.
Утверждается, что пероксидазы могут "окислять" бромид до брома в кислой среде, это не фотосинтез с выделением кислорода, но энергетика позволяет. Далее бром бромирует в альфа положение по кетогруппе все что под руку попадается в щелочной среде это приводит к бромоформу, именно он там главный продукт.
If you are not part of the solution, you are part of the precipitate.

Аватара пользователя
Гесс
Сообщения: 10340
Зарегистрирован: Ср фев 15, 2012 11:19 pm

Re: Галоген содержащая биоорганика

Сообщение Гесс » Вс ноя 12, 2017 2:54 pm

Буэ. Я не биохимик, но мне не нравится. Давайте традиционно, через всякие гипобромиты. А за 40 лет идея нашла сторонников?

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 2 гостя