Protein Data Bank: нужна помощь
Protein Data Bank: нужна помощь
Всем привет!
Мне нужно измерить расстояния в белковых молекулах. Например, расстояние от железа до лигандов в гемоглобине. Я захожу в базу данных www.rcsb.org, нахожу нужный белок и... и все. Он-лайн я измерить ничего не могу. Или опция отключена, или я не туда иду. Если скачать cif-файл, тоже проблемы. Не понимаю, то ли молекула слишком большая и все подвешивает (признаки этого есть), то ли чего то другого не хватает.
Не подскажет ли кто, в чем могут быть проблемы? Спасибо!
Мне нужно измерить расстояния в белковых молекулах. Например, расстояние от железа до лигандов в гемоглобине. Я захожу в базу данных www.rcsb.org, нахожу нужный белок и... и все. Он-лайн я измерить ничего не могу. Или опция отключена, или я не туда иду. Если скачать cif-файл, тоже проблемы. Не понимаю, то ли молекула слишком большая и все подвешивает (признаки этого есть), то ли чего то другого не хватает.
Не подскажет ли кто, в чем могут быть проблемы? Спасибо!
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
Если хочется именно он-лайн, можно как-то так:
Если офф-лайн - c .cif почти не связывался, а с .pdb проблем ни разу не возникало.
Найдя нужный белок, идете в "3D View", там уже разбираетесь. Главное, как у меня оказалось, переключить режим выделения с "Residue" на "Atom".Если офф-лайн - c .cif почти не связывался, а с .pdb проблем ни разу не возникало.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
Мерси! Сейчас попробую. А чем открываете .pdb?
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
По-моему, их практически любая химическая смотрелка открывает... Лично я - чаще марвином или молденом, по-моему, jmol'ом, было дело, открывал. Или pymol'ом?.. Не помню.
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
Там вот очень удобно отрезать все лишнее: полимер, воду. Прям все, что надо, остается. А измерить не могу...
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
Там - это, простите, где?
Когда начинает изменять память, практики заводят записную книжку, а романтики садятся писать мемуары.
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
Вроде чего-то получается. Большое спасибо!! Вы меня пнули в нужную сторону. А тут еще одни мозги оказались под рукой.
Спасибо!!
Спасибо!!
Re: Protein Data Bank: нужна помощь
UCSF Chimera
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 21 гость