Заряд белка

[Olga]

Нужно сосчитать заряд белковой молекулы (Бычий сывороточный альбумин) при разных рН. При расчете по имеющейся методике и по имеющимся данным - рI не совпадает с литературой. Может быть у кого-то есть данные о том, что какие-то аминокислоты экранируются, не титруются и т.п.?

[avor]

Нужно сосчитать заряд белковой молекулы (Бычий сывороточный альбумин) при разных рН. При расчете по имеющейся методике и по имеющимся данным - рI не совпадает с литературой. Может быть у кого-то есть данные о том, что какие-то аминокислоты экранируются, не титруются и т.п.?

может и есть, а не сходить ли вам на этот счет вот сюды.

http://www.rcsb.org/pdb/
и сюды
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

[Dimpler]

При расчете по имеющейся методике и по имеющимся данным - рI не совпадает с литературой.

Тут надо учесть,что в справочниках могут приводить pI для поверхности молекулы, а не для молекулы в целом, т.к. в электрокинетических методах "работают" только повехностные заряды.

Может методика не очень...
Кстати как заряд считали? Прога чтоль какая-то хитрая?

[eukar]

Есть просто статья (точно ссылку не помню, Biochemistry в районе 1980х годов) на тему титрования БСА. Мы обычно заряд оцениваем из таких кривых титрования.

[Olga]

Спасибо, попробую посмотреть.

[vooodoo]

Компьютерные способы:

APBS: Adaptive Poisson-Boltzmann Solver

И еще есть пара прог, но запамятовал, ежель надо поищу...

[Dimpler]

Есть просто статья (точно ссылку не помню, Biochemistry в районе 1980х годов) на тему титрования БСА. Мы обычно заряд оцениваем из таких кривых титрования.

Кстати, eukar, в методичке по полиэлектролитам написано, что ИЭТ, а соответственно и заряд, насколько я понимаю, из кривых титрования определить нельзя. Это я просто к калку по полиэлектролитам готовился и наткнулся на такую хрень