алайнмент молекул

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1666
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

алайнмент молекул

Сообщение Vanya Ivanov » Вс апр 04, 2010 10:57 pm

Коллеги, кто нибудь работал со сравнением малых молекул алайнментом?
Хотя, вероятно, большинство работает с алайнментом биополимеров.
Подскажите какие нибудь программы для автоматического выравнивания структур?
Например в freeware DS Viewer (Accelerys) можно это делать, но в ручном режиме очень долго и неудобно, и нет автоматического расчета отклонения между парами координат.
А?

Marxist

Re: алайнмент молекул

Сообщение Marxist » Вс апр 04, 2010 11:22 pm

FlexS, GALAHAD, GASP. Хотя много зависит от интересующей вас методолгии наложения -- фармакофорное, атомное либо какое-то другое.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1666
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: алайнмент молекул

Сообщение Vanya Ivanov » Вт апр 06, 2010 9:08 pm

К сожалению весь этот прекрасный софт стоит копейку и не малую, а "академических лицензий" они не дают.
Есть бесплатный софт по выравниванию полипептидов на сайте swissprot, но он не работает с другим форматом файлов кроме pdb - аминокислоты.
меня в основном интересует наложение молекул, хотя, конечно, это делается для того чтобы представить фармакофор в объеме. Почти вся моя работа организована - от химии к фармакофору, по этому программули пользую постоянно. Но работать с большим объемом данных в указанных программах сложно. Более менее автоматизирован алайнмент в TSAR. Однако - опять облом, нет лицензий.

Marxist

Re: алайнмент молекул

Сообщение Marxist » Вт апр 06, 2010 9:13 pm

http://www.biopharmics.com/products.html
Академический Сёрфлекс бесплатен

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1666
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: алайнмент молекул

Сообщение Vanya Ivanov » Вс апр 11, 2010 9:30 pm

попробовал и загрузил win версию программы, но что то долго жду академ лицензию. Может уже и группа там распалась и не кому проги дальше продвигать? Кризис сэр ...
Marxist, если Вы имеете файлы, подподающие под академ лицензию, поделитесь please, for free...of course..

Marxist

Re: алайнмент молекул

Сообщение Marxist » Вс апр 11, 2010 9:51 pm

Нет, к сожалению: у нас есть лицензия на SYBYL, всё в нём. Да и вообще, ждать неделю академическую лицензию -- это немного :)

Можно ещё порыться в пользовательских скриптах для разных вьюверов -- VMD, Pymol, Chimera -- может, найдётся что любопытное.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 4 гостя