Коллеги, кто нибудь работал со сравнением малых молекул алайнментом?
Хотя, вероятно, большинство работает с алайнментом биополимеров.
Подскажите какие нибудь программы для автоматического выравнивания структур?
Например в freeware DS Viewer (Accelerys) можно это делать, но в ручном режиме очень долго и неудобно, и нет автоматического расчета отклонения между парами координат.
А?
алайнмент молекул
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: алайнмент молекул
FlexS, GALAHAD, GASP. Хотя много зависит от интересующей вас методолгии наложения -- фармакофорное, атомное либо какое-то другое.
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: алайнмент молекул
К сожалению весь этот прекрасный софт стоит копейку и не малую, а "академических лицензий" они не дают.
Есть бесплатный софт по выравниванию полипептидов на сайте swissprot, но он не работает с другим форматом файлов кроме pdb - аминокислоты.
меня в основном интересует наложение молекул, хотя, конечно, это делается для того чтобы представить фармакофор в объеме. Почти вся моя работа организована - от химии к фармакофору, по этому программули пользую постоянно. Но работать с большим объемом данных в указанных программах сложно. Более менее автоматизирован алайнмент в TSAR. Однако - опять облом, нет лицензий.
Есть бесплатный софт по выравниванию полипептидов на сайте swissprot, но он не работает с другим форматом файлов кроме pdb - аминокислоты.
меня в основном интересует наложение молекул, хотя, конечно, это делается для того чтобы представить фармакофор в объеме. Почти вся моя работа организована - от химии к фармакофору, по этому программули пользую постоянно. Но работать с большим объемом данных в указанных программах сложно. Более менее автоматизирован алайнмент в TSAR. Однако - опять облом, нет лицензий.
Re: алайнмент молекул
http://www.biopharmics.com/products.html
Академический Сёрфлекс бесплатен
Академический Сёрфлекс бесплатен
- Vanya Ivanov
- Сообщения: 1767
- Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm
Re: алайнмент молекул
попробовал и загрузил win версию программы, но что то долго жду академ лицензию. Может уже и группа там распалась и не кому проги дальше продвигать? Кризис сэр ...
Marxist, если Вы имеете файлы, подподающие под академ лицензию, поделитесь please, for free...of course..
Marxist, если Вы имеете файлы, подподающие под академ лицензию, поделитесь please, for free...of course..
Re: алайнмент молекул
Нет, к сожалению: у нас есть лицензия на SYBYL, всё в нём. Да и вообще, ждать неделю академическую лицензию -- это немного 
Можно ещё порыться в пользовательских скриптах для разных вьюверов -- VMD, Pymol, Chimera -- может, найдётся что любопытное.

Можно ещё порыться в пользовательских скриптах для разных вьюверов -- VMD, Pymol, Chimera -- может, найдётся что любопытное.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя