выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибитор

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Борис
Сообщения: 369
Зарегистрирован: Ср дек 02, 2009 12:31 am

выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибитор

Сообщение Борис » Пн июл 19, 2010 5:04 pm

Здравствуйте, уважаемые форумчане.
Пожалуйста подскажите наиболее удобную на Ваш взгляд программу для определения аминогрупп фермента взаимодействующих с ингибитором по данным структуры выложенной на сайте www.rcsb.org. Где по Ваше удобнее было бы посчитать энергии взаимодействия соответствующих частей молекулы ингибитора и выявленных аминогрупп. Спасибо за внимание.

Marxist

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Marxist » Пн июл 19, 2010 5:37 pm

Борис писал(а):Пожалуйста подскажите наиболее удобную на Ваш взгляд программу для определения аминогрупп фермента взаимодействующих с ингибитором по данным структуры выложенной на сайте http://www.rcsb.org.
VMD, PyMOL, Chimera, LigPlot -- смотря что больше понравится и как именно вы хотите это визуализировать. Кстати, взаимодействия обычно указаны в самом файле pdb (почитайте, это увлекательное чтиво зачастую) либо в соответствующей статье.
Борис писал(а):Где по Ваше удобнее было бы посчитать энергии взаимодействия соответствующих частей молекулы ингибитора и выявленных аминогрупп.
Зависит от уровня расчётов -- в вашей формулировке лучше обращаться к профессионалам.

Борис
Сообщения: 369
Зарегистрирован: Ср дек 02, 2009 12:31 am

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Борис » Пн июл 19, 2010 5:49 pm

Marxist, спасибо за совет. Не могли бы вы поделиться ссылкой на ligPlot или Ebisu с кряком?

Борис
Сообщения: 369
Зарегистрирован: Ср дек 02, 2009 12:31 am

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Борис » Чт июл 22, 2010 1:50 pm

MArxist, попробовал упомянутые Вами VMD, PyMOL, и прочее вроде Swiss pdb Viewer и Yarsa но к сожалению остался недоволен. Упомянутые программы отображают только молекулу белка и не показывают лиганд, ингибирующий этот фермент http://www.pdb.org/pdb/explore/explore. ... ureId=2H9I. Приятным исключением остался только 3D molecule Viewer из пакета vector NTI,однако в вышеназванной программе можно только посчитать поверхность молекулы, по крайней мере я так понял :shuffle:, а о том чтобы посчитать стэкинг взаимодействие между пиридином и фенильным кольцом фенилаланина 149 или водородную связи между Серином 94 и кислородом, входящим в состав НАД и речи быть не может :very_shuffle:

Уважаемые расчётчики не могли бы вы проявить добрую волю и помочь советом?

Marxist

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Marxist » Чт июл 22, 2010 5:04 pm

Борис писал(а):Marxist, попробовал упомянутые Вами VMD, PyMOL, и прочее вроде Swiss pdb Viewer и Yarsa но к сожалению остался недоволен. Упомянутые программы отображают только молекулу белка и не показывают лиганд, ингибирующий этот фермент
Читайте маны, там подробно расписано, как визуализировать лиганд-рецептторные взаимодействия. В пимоле это вообще одной кнопкой делается (называется как-то типа "сделать красиво")
Борис писал(а):а о том чтобы посчитать стэкинг взаимодействие между пиридином и фенильным кольцом фенилаланина 149 или водородную связи между Серином 94 и кислородом, входящим в состав НАД и речи быть не может :very_shuffle:
Предложенные программы -- для визуализации. Расчёт энергии отдельных взаимодействий -- задача нетривиальная, требующая значительных вычислительных и умственных затрат. Обычно всё-таки считают общую энергию взаимодействия, причём зачастую такие хитрые потенциалы, как стекинг, учитываются в неявном виде. Нет, конечно, можно взять функциональную форму потенциала для данного силового поля и подставить в неё значения координат атомов, но этот способ нечестный.

Стекинг вообще молмеханикой плохо считается.

Marxist

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Marxist » Вт авг 10, 2010 12:51 am

Поговорил со знающими людьми. В общем, Бориса спасёт (если ему это ещё актуально) либо FBED (Free Binding Energy Decomposition) в амбере, входящий в состав модуля MM-PBSA и требующий для своей работы траекторию молдинамики (аналогичная фича должна быть в громаксе, если хочется ГНУсной лицензии), либо, если я всё правильно понял, каким-то образом это умеет IRON от Pharmatrope. Если хочется квантов -- можно попробовать софт от QuantumBio. Бесплатных аналогов, к сожалению, не знаю, а все упомянутые вещи требуют определённого опыта в работе.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1666
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Vanya Ivanov » Сб авг 14, 2010 1:53 pm

на этом же сайте http://www.rcsb.org. есть бесплатная программуля LigandExplorer, написана за замедле-е-е-еном варианте Java, но рисует все выявленные взимодействия лиганда и дока (типа водородные связи, пи-пи и тд), хотя и не очень красиво, зато очень просто. это так .. by the way..попробуй, может поможет.

Борис
Сообщения: 369
Зарегистрирован: Ср дек 02, 2009 12:31 am

Re: выбор программы для выявления взаимод. фермент-ингибито

Сообщение Борис » Пн авг 16, 2010 1:38 pm

Marxist, большое спасибо за совет.
Vanya Ivanov, спасибо большое за совет попробую LigandExplorer :) .

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя