Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Ответить
Аватара пользователя
BTI
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Вт сен 14, 2010 10:01 am

Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

Сообщение BTI » Вт сен 14, 2010 12:50 pm

Добрый день!

Имеется синтезатор ДНК (ABS), синтезируем праймеры фосфорамидитным способом. Есть "Анализатор ДНК", который работает только с флуоресцентной меткой "Су 5".
Хочу попробовать "пришить" эту метку к олигам. В наличии есть метка "Су 5" в виде "Су 5 amidite" (Amersham Biosciences) и "Cy 5 dCTP" (Amersham Biosciences)
Помогите с методикой "пришивки" и последующей очистки.

Заранее благодарна.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

Сообщение avor » Вт сен 14, 2010 2:40 pm

У вас 3 варианта на выбор.
1)При синтезе олига добавляете еще одну букву в конце, но эта буква будет Су 5 amidite
Вот ссылка
http://www.gelifesciences.com/aptrix/up ... Leads6.pdf
2) Уже с обычным синтезированным и снятым почищенным олигом проводите реакцию с Cy 5 dCTP и терминальной дезоксинуклеотидил трансферазой протокол вот здесь:
http://www.sileks.com/main/descr/zip/Biozond.zip
При этом насколько я понял пометятся разные концы олига
3) вариант сделать и первое и второе, тогда пометятся два разных конца олига

Аватара пользователя
BTI
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Вт сен 14, 2010 10:01 am

Re: Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

Сообщение BTI » Вт сен 14, 2010 3:51 pm

avor, огромное спасибо! Спасли жизнь человеку :)

Аватара пользователя
гаер*
Сообщения: 2458
Зарегистрирован: Пн июл 12, 2010 5:01 pm

Re: Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

Сообщение гаер* » Пн сен 20, 2010 8:41 pm

Если вдруг окажется, что выход целевых олигов невелик (особенно через амидит), то можете попробовать прогрессивную технологию:

Код: Выделить всё

http://www.biodye.ru/oligo_kits

Аватара пользователя
BTI
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Вт сен 14, 2010 10:01 am

Re: Нужна помощь в синтезе олига с меткой "Су 5"

Сообщение BTI » Ср сен 22, 2010 9:42 am

Спасибо за совет, гаер*

Этот вариант мы тоже рассматриваем. И скорее всего будем "метить" праймеры Вашим способом. :)

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 7 гостей