краун-эфиры для удаления натрия и калия

[chemist]

А если попробовать не краун а криптанд??? и провести сидементацию белка в градиенте концентраций хлорида стронция?

Не понятна мысль, криптанд-3,2,2 со стронцием? И что?

[абр]

Просто колоночная size-exclusion или ТФЭ не помогают?

[chemist]

Просто колоночная size-exclusion или ТФЭ не помогают?

Вряд ли. Катионы металлов закомплексованы в белке, обычное молеккулярное "просеивание" раскомплексовать их не сможет. Это все равно что через сито просеить болты с навёрнутыми на них гайками с целья их разделить

[EvgeniyChup]

Тогда надо, что-бы комплекс катионов с реагентом имел большую константу стойкости, чем с белком. Для начала высадить Na+ цинкуранилацетатом, потом K+ кобальтинитритом натрия и делать фильтрование (можно гальфильтрацию, форез и т.д. и т.п.)

[chemist]

Тогда надо, что-бы комплекс катионов с реагентом имел большую константу стойкости, чем с белком. Для начала высадить Na+ цинкуранилацетатом, потом K+ кобальтинитритом натрия и делать фильтрование (можно гальфильтрацию, форез и т.д. и т.п.)

Нежные белки от этих реагентов не окочурятся?

[EvgeniyChup]

Если ферменты, то конечно активность может и упасть, с белками не думаю что произойдет что-то страшное (это как теория сильных и слабых кислот и оснований цианид калия страшен, но цианид железа нет), просто комплексы с катионами прочнее. Тут вопрос такой надо проверить как краун может экстрагировать ионы из белка или надо получить белок, если второе то лучше пытаться сделать гель фильтрацию или форез, можно попробовать получить другие комплексы (карбонаткупраты???) т.е. нечто плохо растворимое, что точно удалит катионы и не будет двигаться на фарезном геле.

[EvgeniyChup]

В порядке ацкой идеи:
Комплексы kat+ protein разрушать ультразвуком.
Можно попробовать провести электрофорез или гель фильтрацию в условиях, когда на гель действуют ультразвуком (точнее что-бы в гели порождались ультразвуковые колебания, глядишь комплексы катионов и белков и разрушаться?) надо пробовать...,
белок спокойно себе будет двигаться (надо учесть только заряд белка, чтобы был отрицательным и pH) к аноду а катионы на катод. Если гель фильтрация то аффинная элюент вымоет катионы а комплексы разрушит ультразвук, ...

[chemist]

В порядке ацкой идеи:
Комплексы kat+ protein разрушать ультразвуком.

Действительно ацкая . Есть сведения (обсуждалось на молбиоле), что ДНК и крупные белки рвутся ультразвуком, могут остаться рожки да ножки , ну или потеряют девственность нативность

[EvgeniyChup]

Тогда остается только пептидный синтез в твердой фазе.

[chemist]

Тогда остается только пептидный синтез в твердой фазе.

Топикстартер собирается анализировать нативные белки хромато-массом, а катионы металлов мешают. Он их предлагает удалить краунами/криптандами, но они могут образовать комплексы с металлизированными белками.... какой уж тут пептидный синтез всяких-разных белков с неизвестной структурой , легче устроить закат солнца вручную

Думаю, всё-таки полимерные крауны/криптанды, таки, разрулят ситуацию, только дорогое уж очень это удовольствие, буржуи за них дерут три шкуры . Если проект серьёзный, можно подумать о синтезе своих спецсорбентов катионов металлов

[EvgeniyChup]

Тогда книга Хираоки в помощь.

[Vanya Ivanov]

Если ферменты, то конечно активность может и упасть, с белками не думаю что произойдет что-то страшное

Во-первых: все белки черезвычайно различны (книжеца химии белка не на много тоньше синтетич орг химии). Биоинженерн. интерферон можно даже хроматографировать на RP C18 c TFA, а потом диализовать на мембране 25 kDa, и получить биологический эффект лучше чем у исходника до этой операции. А вот гликозилированные (или деглико) белки из нативных клеток или плазмы иные - чихнешь не громко в ламинаре - все партия на фиг!
Во-вторых: обессоливают белки либо на мембранах (10 - 500 kDa) - ультрофильтрацией, либо гель фильтрацией (на спец сорбентах типа сефадекса, сефаккрила, тоеперла и тд и тп - в зависимости от химии самого белка) - быстро и надежно. Про спец воду (супер -Q и тп.) я не упоминаю - если человек работает с белком - это азы. Сорбенты с пришитыми краунами, лет тридцать назад, оказались не эффективны для обессоливания.
В-третьих: количество белка. Это 50 - 25 мг или 5-0,5 мг? Если это разработка поточной предочистка от sds-Na или буфера, то это тоже решенная проблема. Просмотрите катологи картриджей для предочистки микроколичеств (phenomenex, waters и тд и тп).
В-четвертых (и последних): наличие ионов K/Na в электроспрее (кстати - у вас ESI методика?) не зависит от ваших усилий! А больше от "чистых рук" и опыта оператора , стабильности М+ (если он стабилен только с Na+- то фиг вы его увидите без натрия...) и бог его знает еще от чего. Если уж кристаллические антибиотики и гликозиды летят с ионами, то про пептиды и белки и говорить не стоит - это грустная песня --> см. пункт первый и далее.

[абр]

Катионы металлов закомплексованы в белке, обычное молеккулярное "просеивание" раскомплексовать их не сможет. Это все равно что через сито просеить болты с навёрнутыми на них гайками с целья их разделить

Вы слишком преувеличиваете стабильность комплексов белок-металл (особенно в случае натрия-калия). Так что если сито трясти достаточно долго, то все болты-гайки раскрутятся и разделятся
ЗЫ. Vanya Ivanov -

[chemist]

если сито трясти достаточно долго, то все болты-гайки раскрутятся и разделятся

Шуттите, коллега . Некоторые навернутся до упора насмерть и потом только в тисках газовым ключём можно разделить

ЗЫ. ЗЫ. Vanya Ivanov -

[абр]

Шуттите, коллега

Отнюдь. Законы термодинамики пока не отменили.

[chemist]

Шуттите, коллега

Отнюдь. Законы термодинамики пока не отменили.

А как применить законы термодинамики к прыгающим на решете (полу)скрученным болтам и гайкам? Что они говорят насчёт того, могут ли эти пары только раскручиваться, без закручивания гаек

[hongma]

Одно не пойму - почему не хотите попробовать сефадексом?

[EvgeniyChup]

Вот вот лучше на сефадексе SDS Na, или электрофорез. Плюс методы стандартны и кстати что за белки неужели их нет в базах? там наверняка есть ссылки на статьи как выделяли? Опять же это если выделять а если тут цель применить именно крауны как новый метод то это совсем другое.

[chemist]

Вот вот лучше на сефадексе SDS Na, или электрофорез.

Na убрать SDS Na-ем, это типа клин клином вышибить? Не получится, клинья связаны
Если Na закомплексован белком, то в электрофорезе так и будет двигаться весь комплекс, зачем им разделяться?

Плюс методы стандартны и кстати что за белки неужели их нет в базах? там наверняка есть ссылки на статьи как выделяли?

Топикстартер собирается их анализировать, следовательно он изначально не знает что это за белки, какие именно ссылки рыть?

Опять же это если выделять а если тут цель применить именно крауны как новый метод то это совсем другое.

Цель - анализировать белки, а натрий (калий) мешают проведению анализа. Значит, надо металлы как-то аккуратно убрать, чтобы нежные белки не гавкнулись . Если тупо добавить краун, то в растворе будет плавать комплекс белок-металл-краун, который тоже никак не разобьёшь . Остаётся краун на полимере, тогда белок вымоется с полимера без металла, т.к. его захватит нерастворимый краун. Только вот почему у биохимиков полимерные крауны и криптанды не заработали не понятно , у химиков-органиков они работают как миленькие, если б ещё цены были божеские...

[EvgeniyChup]

Тут уж как avatar решит, и кстати если в комплексе с крауном заряд иона как был положителен то так и останется, то можно подобрать буфер когда заряд белка отрицателен и делить электрофорезом, можно делить на аффинном сорбенте вымыть комплекс катиона с крауном и потом снимать белок... А поповоду не знает с каким белком работает, то тут вопрос из чего выделяет, плюс я думаю для начала можно и с катионным комплексом поработать, все равно придется и гидролиз делать и последовательность определять...