Прогноз биологической активности

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4265
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: Прогноз биологической активности

Сообщение uchebnik fiziki » Пт окт 26, 2012 1:25 pm

IAV писал(а):И если для большей части вирт. соед-й скэффолда наиболее вероятны определенные виды биоактивности, то об этом можно написать.
Не надо писать о том, чего нет. Если скаффолд описан в литературе -- пишите о новом методе синтеза. Если не описан -- пишите как о новом и интересном, чем его свойства отличаются от известных и проч. Расписывать же возможные активности виртуальных соединений на уровне "нажали кнопку, оно и посчиталось" -- зло, спекуляции и не имеет отношения к синтетической работе.
IAV писал(а):И я считаю будет красивым дополнением прогноз их потенциальной биоактивности
Не будет. Это ненаучно.
IAV писал(а):Синтез ради синтеза не столь интересен. А то, что у этих соединений дальнейшая судьба неизвестна, то обсуждение этих проблем выходит за рамки обсуждения этой темы.
Так и не делайте синтез ради синтеза, делайте синтез ради описания свойств или ради испытаний. Опишите электронные свойства, сделайте квантовохимический расчёт, распишите потенциальные возможности модификации, поищите литературу по генерации подобных структур -- вариантов полно. Если бы вы сравнили распределение электронной плотности для вашего скаффолда и для известного с иным расположением гетероатомов, это было бы куда круче и полезнее, чем прогноз активности для виртуальных соединений, для которых даже неизвестна снтетическая доступность.
IAV писал(а):а раз уж заикнулись, то ответьте пжлста про PASS, можно ли туда базу загнать?
Можно. Загоняйте.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
IAV
Сообщения: 432
Зарегистрирован: Ср фев 21, 2007 2:19 pm

Re: Прогноз биологической активности

Сообщение IAV » Пт окт 26, 2012 1:56 pm

uchebnik fiziki, есть множество вариантов направлений исследований, каждый их выбирает по своим критериям. Лично я не вижу ничего такого (зло, спекуляции и...) в том, чтобы просто нажать кнопку и посчиталось, хоть это и не имеет отношения к синтетической работе.
Заходишь на passonline/services, тыкаешь в pass online? а там либо рисуешь картинку либо загружаешь MOLfile, но это ведь для отдельной молекулы, а не для базы? Как базу то просчитать?

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1742
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: Прогноз биологической активности

Сообщение Vanya Ivanov » Вс окт 28, 2012 5:19 pm

он-лайн PASS не работает с базами. но если обратитесь к самому Паройкову то это организовать будет не сложно.
Я полагаю, что корректно бы дать наивысшую (более 0.75) активность нескольких соединений на базе одного скаффолда. Есть ли резоны по патеннтной чистоте? Для более глубоких и серьезных резонов в отношении мед химии вам лучше обсудить конкретику с профом

[ Post made via Windows Smartphone ] Изображение

Nastja
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Вс сен 05, 2010 1:13 am

Re: Прогноз биологической активности

Сообщение Nastja » Вс окт 28, 2012 7:26 pm

IAV, Вам достаточно написать, что Ваши соединения удовлетворяют Lipinski's rules, это делает их автоматически перспективными для скрининга. Все более сложное и хитрое будет иметь смысл только при работе с биологами.

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 20 гостей