перспективы медхимии

вопросы современной биологической химии, молекулярной биологии, химической энзимологии и смежных наук
biochem, molbio, chemical enzymology and related discussions for professionals
Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Вс дек 09, 2012 6:59 am

Вы упомянули акад Арчакова из ин-та биомедицинской химии РАМН? Там, в инс-те вообще, оборудование по лабораториям не плохое.

[ Post made via Windows Smartphone ] Изображение

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 9507
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение avor » Вс дек 09, 2012 7:29 pm

Vanya Ivanov писал(а):Вы упомянули акад Арчакова из ин-та биомедицинской химии РАМН? Там, в инс-те вообще, оборудование по лабораториям не плохое.
Я его не упомянул, а рекомендовал его институт, то самый, он вроде как его директор. А насчет оборудования так там вообще как в Греции можно сказать.

Аватара пользователя
dan14444
Сообщения: 2370
Зарегистрирован: Ср окт 10, 2007 2:14 am

Re: перспективы медхимии

Сообщение dan14444 » Чт дек 27, 2012 2:06 pm

Что приятно, позволяет определять не только термодинамические, но и кинетические параметры связывания. Работает за счет того, что пластинка с рецептором колеблется и при связывании с лигандом происходит изменение частоты колебаний, что фиксируется по отклонению лазерного луча, как-то так.
Вы не путайте резонансные весы с SPR-девайсиной :). SPR-ина зверь чисто оптический, на сдвиг плазмона по TIR-углу смотрит. А весы - таки да, родственник AFM-а.

Впрочем, с точки зрения биолога - разница минимальна :).

Nastja
Сообщения: 60
Зарегистрирован: Вс сен 05, 2010 1:13 am

Re: перспективы медхимии

Сообщение Nastja » Чт дек 27, 2012 9:49 pm

dan14444, да, я могу и путать, потому что о принципе действия знаю только из лекции, которая была для биологов, и там могли все чрезмерно упрощать. Пойду почитаю теорию, чтобы больше такого не говорить.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Пт дек 28, 2012 9:30 am

Тут изучал очень любопытную статейку, написанную ведущими спецами Асинекса - она посвящена утверждению, что природные соединения насыщены некими "минималискими фрагментами" делающими их и более растворимыми и более активными и привлекательными в качестве лекарств для человека и животных. Базы данных синтетических компаундов для продажи содержат существенно меньшее кол-во этих фрагментов, а вот кол-во "минималиских фрагментов" в соединениях из базы применяемых лекарств занимает промежуточное положение между первой и второй. Все это, естественно, статистически обработанный результать в виде стат распределения.
Drug Discovery Today Vol - 17-2122-2012.pdf
Тут естественно, резонный вопрос - наверняка был и в рецензии к статье: А как господа отделяли эти "минималиские фрагменты" из целостной структуры природного соединения, результата миллион-летней биохимической эволюции? Ответ:
Examining the DNP (база природных продуктов) training set by eye revealed that the sp3-carbon-rich fused, spiro, bridged and linked systems are the most frequent structural elements of NPs........On the basis of our experience we decided to introduce a threshold of four sp3 carbon atoms and six terminal functions such as an oxygen atom, a nitrogen atom, an sp2 carbon atom double-bonded to another carbon or oxygen atom, an sp3 carbon atom bonded to three hydrogen atoms and, finally, an aromatic carbon.
Ответ достойный опытных экспериментаторов. Опытный глаз и опытная рука - вот основа теоретической мед химии. Однако, авторам и сложно возразить - ведь да, действительно, основа биохимии человека и животных - это фрагменты, которые участвуют в биохимических цепочках: ОН-R, NH2-R, HOOC-R ну и тп. Далее в статье предлагается ввести MFD дескриптор "минималиских фрагментов" (количество и "плотности"), который четко делит "наших от ненаших" уже на основе цифирок, а не опытного глаза. Простой и ясный подход ученых - чтобы понять сложное нужно его сначала упростить (ох, уравнения, уравнения - школка Зефирова).
Статья - отличная! Без сомненья заставляет задуматься и уж точно поприменять MFD на досуге. Однако общее впечатление - какойто незавершенности или недосказанности что ли...
Ну ладно понатыкаем мы побольше гидроксилов или sp3 атомов - станет компаунд плавать в воде как рыба, и что станет более активным чем менее похожий на натуральные продукты? Не нестанет! Вот флавоноиды (одни и в воде расворимы и активность, в общем, то приличная, а другие хоть и растворимы но не активны - хоть ложками их ещь (а мужики то и не знают!). Что думают по этому поводу коллеги?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4099
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение uchebnik fiziki » Сб дек 29, 2012 1:37 am

Статью не читал, но по описанию -- не более чем концепция. Таких концепций придуманы сотни (начиная с Липинского). Применимость -- дизайн библиотек, не более. Но и не менее. По мне так надо в рамках всех этих концепций библиотеки генерировать, но пока пример GDB показывает нам, что слишком много результатов получается.

Некоторое время назад какие-то перцы сгенерировали все возможные реалистичные гетероциклы из углерода и азота размером не более 12 атомов, что ли, и оказалось, что из них сварено меньше 10 процентов. Вот куда надо копать, поскольку там суть. Даже простой поворот индола на активность влияет критически.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Сб дек 29, 2012 7:03 am

т.е. вы предлогаете в уже используемых лекарствах просто менять гетероциклы? это вроде реализовано в методе "скафолд хопинг"? или упереца в варку новых гетеросуслов и новых библиотек? Это по вашему верная переспектива?

[ Post made via Windows Smartphone ] Изображение

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4099
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение uchebnik fiziki » Сб дек 29, 2012 11:38 am

Это лишь один из возможных методов. Скаффолд-хоппинг предполагает использование уже известных и доступных реакций, варка же принципиально новых гетероциклов -- более серьёзная задача.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Пн дек 31, 2012 8:14 am

варка принципиально новых гетеросуслов это фундамент - орг химия. Хотя без новой химии нет и мед химии - но это обычный, экстенсивный путь развития. постараюсь после НГ подкинуть статейку - анализ, кто из говноварок лидирует по инновациям в мире. По колличеству - Хемдив, а по новизне - из русских - асинекс, а не русских не помню....

[ Post made via Windows Smartphone ] Изображение
Последний раз редактировалось Vanya Ivanov Пт ноя 21, 2014 11:10 am, всего редактировалось 2 раза.

chemistryandron
Сообщения: 132
Зарегистрирован: Чт июл 09, 2009 4:19 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение chemistryandron » Чт окт 16, 2014 8:38 am

Nastja писал(а):Еще можно предсказывать метаболизм в орагнизме, но это пока скорее фондаментальные исследования, хотя довольно много чего известно и даже иногда успешно предсказывается.
А нет ссылок на какие-нибудь работы?
Не хочу создавать отдельную тему по своему вопросу. Кто-нибудь слышал (работал) с программами конторы:
https://www.simulations-plus.com/
Вроде как они вкладывают в свой софт идеи Гордона Амидона. Среди программ, предлагаемых ими, есть довольно интересные (например, DDDPlus). Вот и интересно, может, кто использовал их?

Аватара пользователя
Deminolog
Сообщения: 1611
Зарегистрирован: Пт ноя 12, 2010 7:23 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Deminolog » Пн окт 20, 2014 11:10 pm

Поиск метаболитов - классная задача. Но в ряде случаев она превратилась в рутину. Например, по наркоте. Синтетические каннабитики - яркий пример. Хотя, с другой стороны, находят только основные, а ведь могут быть и минорные. И вот это уже становится интересно)
Для предсказывания метаболитов завтра посмотрю программу MetWorks))) посмотрим, works или не works :-)

[ Post made via iPad ] Изображение
В некоторые головы мысли приходят умирать...
Здравствуйте, мои любимые, до боли знакомые грабли... Давно я на вас не наступал...

chemistryandron
Сообщения: 132
Зарегистрирован: Чт июл 09, 2009 4:19 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение chemistryandron » Вт окт 21, 2014 4:35 pm

Deminolog писал(а):Поиск метаболитов - классная задача. Но в ряде случаев она превратилась в рутину. Например, по наркоте. Синтетические каннабитики - яркий пример. Хотя, с другой стороны, находят только основные, а ведь могут быть и минорные. И вот это уже становится интересно)
Для предсказывания метаболитов завтра посмотрю программу MetWorks))) посмотрим, works или не works :-)
[ Post made via iPad ] Изображение
Да, поиск метаболитов-это интересно. Отпишитесь, как Вам MetWorks.
Возвращаясь к программам Simulations Plus (ссылку ранее давал). Там есть вообще очень интересная вещь-DDDPlus (попытка моделирования Dissolution Testing).
Да. Может,кто пользовался еще Accelrys Discovery Studio (интересна возможность предикта ADME и Tox-свойств:
http://accelrys.com/products/discovery- ... admet.html
(про использование программы видел статьи, например, в Asian jоurnal of pharmaceutical and clinical research). Но интересно услышать реальное мнение и оценку.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4099
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение uchebnik fiziki » Вт окт 21, 2014 10:13 pm

все эти программы одинаково плохи
нужно просто понимать, для чего их использовать
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

chemistryandron
Сообщения: 132
Зарегистрирован: Чт июл 09, 2009 4:19 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение chemistryandron » Вт окт 28, 2014 7:55 pm

uchebnik fiziki писал(а):все эти программы одинаково плохи
нужно просто понимать, для чего их использовать
Так вот и интересно для чего их реально используют, ведь стоимость программ (какие я упоминал раньше) очень большая :( ... И если они плохи, то почему цены на них такие? :issue:

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4099
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение uchebnik fiziki » Вт окт 28, 2014 8:23 pm

Реально используют их для отсева заведомо неподходящих соединений на ранних стадиях виртуального скрининга, например. А когда у вас одно соединение, они не нужны, дешевле эксперимент сделать.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Deminolog
Сообщения: 1611
Зарегистрирован: Пт ноя 12, 2010 7:23 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Deminolog » Ср окт 29, 2014 3:15 pm

Ну, в общем, могу сказать, что программа не особо приятная, пока что до конца с ней не разобрался, но главное впечателние - интуитивно непонятная :-)
В некоторые головы мысли приходят умирать...
Здравствуйте, мои любимые, до боли знакомые грабли... Давно я на вас не наступал...

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Сб дек 27, 2014 11:17 pm

Ac-vs-SO.jpg

Тут планировал библиотечку и сталкнулся с таким случаем ..... противоречивым ..... не соответствия logP и TPSA. Неформально, косвенно оба параметра говорят об способности фрагмента растворятся в воде,но .... как видно из приведеных данных (первые цифирки из сайта molinsp... а вторые из ACDlabs) ацетамид (1) должен лучше растворятся в воде, однако имеет меньшую полярную поверхность, а сульфамид (2) хоть и имеет большую полярную поверхность - в воде растворятся не спешит.
С чем же связана такая большая разница в полярной поверхности?
Тут явно неподеленная пара электронов серы не будет участвовать в гидрофилизации ... я полагаю ...
Может такой большой прирост TPSA для сульфамида связан с бОльшой полярностью связи S=O, чем С=О?
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

chemistryandron
Сообщения: 132
Зарегистрирован: Чт июл 09, 2009 4:19 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение chemistryandron » Вс дек 28, 2014 7:24 pm

Vanya Ivanov писал(а):
Ac-vs-SO.jpg
Тут планировал библиотечку и сталкнулся с таким случаем ..... противоречивым ..... не соответствия logP и TPSA. Неформально, косвенно оба параметра говорят об способности фрагмента растворятся в воде,но .... как видно из приведеных данных (первые цифирки из сайта molinsp... а вторые из ACDlabs) ацетамид (1) должен лучше растворятся в воде, однако имеет меньшую полярную поверхность, а сульфамид (2) хоть и имеет большую полярную поверхность - в воде растворятся не спешит.
С чем же связана такая большая разница в полярной поверхности?
Тут явно неподеленная пара электронов серы не будет участвовать в гидрофилизации ... я полагаю ...
Может такой большой прирост TPSA для сульфамида связан с бОльшой полярностью связи S=O, чем С=О?
А ещё любопытна разница в значениях для logP и TPSA, с сайта molinsp и из ACDlabs, например, для logP -0,986 и - 0,67. Чему верить? Почему для соединения 1 разницы в значениях PSA нет (32.336 и 32.34), а для соединения 2 она существенна (различие где-то на 17%)? Насчет PSA (TPSA)... Две статьи у себя нашел. Может помогут.
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
uchebnik fiziki
Сообщения: 4099
Зарегистрирован: Пн авг 20, 2012 9:04 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение uchebnik fiziki » Вс дек 28, 2014 9:35 pm

Для cLogP разница вообще ни разу не удивительна, особенно учитывая доверительные интервалы.

А для TPSA надо смотреть на определения, это не однозначно определяемый дескриптор.
Свобода, равенство, братство.

Или смерть.

Аватара пользователя
Vanya Ivanov
Сообщения: 1543
Зарегистрирован: Пн авг 29, 2005 6:40 pm

Re: перспективы медхимии

Сообщение Vanya Ivanov » Пн дек 29, 2014 7:39 pm

т.е все дело в точности расчетов, а не в структурно-химических особенностях?
Не .... я полагаю, наоборот. Тут как не считай результат - сходный. Сульфамид даст резкий прирост TPSA - хотя он реально хуже растворяется....

Ответить

Вернуться в «биохимия и молекулярная биология / biochemistry and molecular biology»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 3 гостя