Физическая теория живой клетки. Незамеченная революция

[VTur]

Посвящается VTur'у:
http://video.mail.ru/inbox/vladimir.matveev/47/392.html

Ролик посмотрел с удовольствием. Понравилось, что все персонажи выдуманы и все совпадения случайны.

[Smol]

Коллега VTur, Вам не надоело? Мне, честно говоря - уже надоело... Толку и пользы от всего этого флуда никаких нет, а продолжать переливать в этой теме "из пустого в порожнее" (надеясь, что что-то, быть может, из этих рассуждений еще "структурируется") похоже, уже бессмысленно...
Удачи Вам!

[VTur]

Ну, почему сразу "ересь"? В предельно сжатой внутриклеточной среде действительно свободная фильтрация посторонней воды проблематична... Попробуйте, протолкайтесь в толпе... И думаю, никто не будет возражать, что плотная толпа своего рода "структурирована"...

Не структурирована, просто силы взаимодействия больше. Структура - это к энтропии, а силы - это к энергии. Обратите внимание, Линг ничего об энтропии толком не говорит.

[Smol]

Да дело ведь не в Линге... Таких "Лингов" (с еще более "безумными" идеями), вон, целый список... И на Вашей конференции они сидят, что-то там продают... Дело в том, чтобы осмыслить метод их "дезактивизации", способ привлечения таких людей к "нашему общему делу"...
На ролик посмотрел - похоже, ему это нравится, он "питается" этой борьбой, он себя без борьбы не мыслит...
Польза и разумность тех или иных положений какой-либо теории - это дело, хотя и важное, но второе, главное для него: "прокукарекал - а там хоть не рассветай", главное - внимание к себе привлечь, а не "дело" сделать...
К сожалению... А ведь вроде и специалист неплохой, мог бы и сам что-то в науке создавать... Жаль только, что в "научные рекламщики" подался, а не в творцы...

[VTur]

Базар о том, что от меня и, соответственно, от Линга требуют ДОКАЗАТЕЛЬСТВ! Последние двадцать лет физика элементарных частиц прожила без доказательств, но чтобы их получить все же решено было построить Большой адронный коллайдер.

Фига себе заявочки! ОИЯИ закрыть за бермудологию!

[Smol]

Коллега VTur, а я бы на Вашем месте ответил бы на этот пост Владимира Матвеева так: "Quod licet Jovi, поп licet bovi!"
Хотя я лично тоже думаю, что "Jovi" - это "ложный бог", но пусть это будет только мое мнение, не стоит его обсуждать...

[Marxist]

A molecular model of the bacterial cytoplasm.

The cytoplasm of the gram-negative bacterium Escherichia coli is very densely packed with macromolecules, and this highly crowded environment is expected to have a significant impact on the diffusive and thermodynamic properties of its constituents. Continuing progress in the field of structural biology now allows molecular simulations of the cytoplasm to be performed with structurally detailed models, providing a new, computational view of macromolecular behavior in vivo (see McGuffee, Elcock,

DOI:

http://dx.doi.org/doi:10.1371/journal.pcbi.1000694

[Polychemist]

A molecular model of the bacterial cytoplasm.

Сэр, а можно Ваш комментарий к этой веселенькой картинке?

[Marxist]

К сожалению, я статью пока не читал. Пока есть только лишь впечатление, что они крутые очень. Там в supporting info есть видюшки, но насчёт масштаба времени трудно сказать, не читая.

[Himera]

Вопросы очистки воды отделены, поскольку в противном случае тема привлекает слишком много зверьков и скатывается в ещё более альтернативную науку.

[Vladimir Matveev]

Выношу на суд заинтересованных лиц основные положения физической теории живой клетки
См. вложенный файл.

Вопрос, выносимый на обсуждение: какие положения теории Линга противоречат имеющимся данным науки? Кроме того, буду признателен за замечания редакционного характера.

[Polychemist]

1. Непонятно о чем? Что за фундаментальные свойства? И что делают фосфолипиды?
2. А водородные связи? А координационные с ионами металлов? А третичная структура?
3. Плотность заряда на функциональных группах белка - что это такое? Нужно количественное определение.
4. Непонятно, что меняется при фосфорилировании? Впрочем сначала надо разобраться с п. 3.
5. Нет, плотность заряда не главное. О МЖКО слышали? Избирательность обычно в белках осуществляется за счет третичной структуры.
9. "Кроме воды развернутый белок избирательно связывает ионы K+ в присутствии ионов Na+". Кто сказал? Какой белок? Что значит "развернутый"? О многослойной адсорбции уже говорилось много... "Связывающими центрами для катионов являются свободные карбоксильные группы, расположенные в боковых цепях остатков бикарбоновых аминокислот (аспарагиновой и глютаминовой)." Нет. Карбоксильные группы лучше сорбируют натрий, чем калий.

[Vladimir Matveev]

1. Непонятно о чем? Что за фундаментальные свойства? И что делают фосфолипиды?
2. А водородные связи? А координационные с ионами металлов? А третичная структура?
3. Плотность заряда на функциональных группах белка - что это такое? Нужно количественное определение.
4. Непонятно, что меняется при фосфорилировании? Впрочем сначала надо разобраться с п. 3.
5. Нет, плотность заряда не главное. О МЖКО слышали? Избирательность обычно в белках осуществляется за счет третичной структуры.
9. "Кроме воды развернутый белок избирательно связывает ионы K+ в присутствии ионов Na+". Кто сказал? Какой белок? Что значит "развернутый"? О многослойной адсорбции уже говорилось много... "Связывающими центрами для катионов являются свободные карбоксильные группы, расположенные в боковых цепях остатков бикарбоновых аминокислот (аспарагиновой и глютаминовой)." Нет. Карбоксильные группы лучше сорбируют натрий, чем калий.

1. Фундаментальные свойства живой клетки. Какую бы сторону жизнедеятельности клетки вы не объясняли, в ваши рассуждения так или иначе обязательно включены представления о том, (1) почему одни вещества легко проникают в клетку, другие труднее, третьи практически в нее не проникают (свойство полупроницаемости); (2) почему вещества, например, ионы K+ и Na+, распределяются между клеткой и средой неравномерно: одних больше в клетке, чем в среде, других - наоборот меньше (свойство избирательности); (3) каким образом клетки генерируют электрические потенциалы (свойство генерировать разность потенциалов); и (4) каким образом клетке удается поддерживать осмотическое равновесие со средой (осмотические свойства). Эти положения должны быть включены. Спасибо.

2. В этом пункте говорится о роли кулоновских взаимодействий. Разве не они лежат в основе водородных связей, взаимодействий с ионами металлов? Третичная структура стабилизируется, в основном, гидрофобными взаимодействиями (если имеются ввиду глобулярные белки). Они, как сказано, не рассматриваются в силу вторичности для теории. Речь идет, как заявлено, об ОСНОВНЫХ положениях.

3. Простой пример, показывающий значение плотности заряда для свойств той или иной функциональной группы, - гомологический ряд: уксусная кислота - монохлоруксусная - дихлоруксусная - трихлоруксусная. Сродство кислорода карбоксильной группы к протону снижается в 15000 раз в этом ряду.

4. Остаток фосфорной кислоты после фосфорилирования (или любой другой модификатор) играет ту же роль, что и атомы хлора в предыдущем примере - изменяет распределение электронной плотности в молекуле, подвергшейся модификации.

5. Сама третичная структура является закономерным результатом вторичной, а последняя определяется водородными связями в альфа спиралях и бета-листах. А главную роль в стабилизации или дестабилизации элементов вторичной структуры играет плотность заряда на карбонильном кислороде пептидной связи (потому, что она более поляризуемая по сравнению имидной группой той же связи).

9. Развернутым белком является белок, не содержащий вторичных структур. Ионы калия в мышцах связывают в основном карбоксильные группы миозина. В других клетках калий может связываться другими белками, но этот вопрос еще не изучен. Карбоксильные группы ионообменных смол, действительно, лучше связывают Na+, чем K+, а смолы, содержащие сульфонатные группы, наоборот, лучше связывают K+. Карбоксильные группы в белках могут изменять свои приоритеты в зависимости от плотности заряда на кислороде карбоксила: при высокой плотности заряда они связывают Na+, при низкой - K+. Указанный параметр зависит от природы веществ с которыми взаимодействует белок. Например, адсорбция АТФ белком приводит к снижению плотности заряда на карбоксильных группах и они приобретают сродство к K+.

[Marxist]

2. В этом пункте говорится о роли кулоновских взаимодействий. Разве не они лежат в основе водородных связей, взаимодействий с ионами металлов? Третичная структура стабилизируется, в основном, гидрофобными взаимодействиями (если имеются ввиду глобулярные белки). Они, как сказано, не рассматриваются в силу вторичности для теории. Речь идет, как заявлено, об ОСНОВНЫХ положениях.

Очень странно строить теорию, рассматривая лишь один вид взаимодействий, причём далеко не самый важный. Помимо солевых мостиков стоит учитывать, как сказано выше, водородные связи (в случае взаимодействия частиц, формально не заряженных, они не описываются кулонвским потенциалом), координационные связи (ионы металлов), π-π-взаимодействия, π-катионные взаимодействия, галогенные связи и т. д. Ну и белки с гидрофобной поверхностью, например, мембранные, забывать тоже не надо.

[Marxist]

15. Количество физиоатомов в клетке достаточно велико, чтобы большая часть внутриклеточной воды оказалось связанной в состоянии покоя.

Посмотрите видео в приложении к статье, на которую я сослался чуть выше.

[Vladimir Matveev]

2. В этом пункте говорится о роли кулоновских взаимодействий. Разве не они лежат в основе водородных связей, взаимодействий с ионами металлов? Третичная структура стабилизируется, в основном, гидрофобными взаимодействиями (если имеются ввиду глобулярные белки). Они, как сказано, не рассматриваются в силу вторичности для теории. Речь идет, как заявлено, об ОСНОВНЫХ положениях.

Очень странно строить теорию, рассматривая лишь один вид взаимодействий, причём далеко не самый важный. Помимо солевых мостиков стоит учитывать, как сказано выше, водородные связи (в случае взаимодействия частиц, формально не заряженных, они не описываются кулонвским потенциалом), координационные связи (ионы металлов), π-π-взаимодействия, π-катионные взаимодействия, галогенные связи и т. д. Ну и белки с гидрофобной поверхностью, например, мембранные, забывать тоже не надо.

Как ни крути, а от электронов и ядер атомов никуда не деться. Речь не только о группах с единичным зарядом, но и о диполях. В молекулах нет ничего важнее электронных взаимодействий, как бы они ни реализовывались! Ваше заявление весьма странное и неожиданное.

Кроме того, в любом механизме есть ЗНАЧИМЫЕ взаимодействия и взаимодействия второстепенного характера.

[Marxist]

Электронные взаимодействия -- это любые взаимодействия, а не только кулоновские. Кулоновские определяют меньшую часть значимых процессов, это как бы хорошо известно.

[Polychemist]

И вообще о кулоновских взаимодействиях можно говорить только типа в CsI, хотя и там доля ионности далека от 100%. Такое ощущение, что автор просто не в курсе современной теории строения орг. веществ и не знаком с кв. химией даже на уровне м-да Хюккеля.
"3. Простой пример, показывающий значение плотности заряда для свойств той или иной функциональной группы, - гомологический ряд: уксусная кислота - монохлоруксусная - дихлоруксусная - трихлоруксусная. Сродство кислорода карбоксильной группы к протону снижается в 15000 раз в этом ряду.
4. Остаток фосфорной кислоты после фосфорилирования (или любой другой модификатор) играет ту же роль, что и атомы хлора в предыдущем примере - изменяет распределение электронной плотности в молекуле, подвергшейся модификации. "
Даже не смешно... Плотность заряда (имеет смысл только в конкретных условиях) перепутана со сродством к протону, фосфорилирование (гидроксилов) не сильно сказывается на эл. плотности по системе сигма-связей, но кардинально меняет именно плотность заряда ибо фосфатная группа всегда ионизована... В школьную химию...

[Vladimir Matveev]

Электронные взаимодействия -- это любые взаимодействия, а не только кулоновские. Кулоновские определяют меньшую часть значимых процессов, это как бы хорошо известно.

Взаимодействия, изложенные в п. 12, как раз относятся к более сложным взаимодействиям, чем взаимодействия зарядов из школьного учебника. Так что в общем виде Вы правы.

[Vladimir Matveev]

4. Остаток фосфорной кислоты после фосфорилирования (или любой другой модификатор) играет ту же роль, что и атомы хлора в предыдущем примере - изменяет распределение электронной плотности в молекуле, подвергшейся модификации. "
Даже не смешно... Плотность заряда (имеет смысл только в конкретных условиях) перепутана со сродством к протону, фосфорилирование (гидроксилов) не сильно сказывается на эл. плотности по системе сигма-связей, но кардинально меняет именно плотность заряда ибо фосфатная группа всегда ионизована... В школьную химию...

Объясните, пожалуйста, чем объясняется разное сродство к протону в ряду хлорпроизводных уксусной кислоты...