Физическая теория живой клетки. Незамеченная революция

[Marxist]

Что касается лекарств, то их разрабатывают методом научного тыка, а не в липидном бислое... Не знали? А вот Линг говорит о необходимости поиска лекарств на основе влияния потенциальных лекарств на индуктивные эффекты в белках.

ROFL. Не рассказывайте сказок. При чём тут липидный бислой, если лекарства взаимодействуют с белками (не все, но многие)? И что это за загадочные индуктивные эффекты? почему все теории лиганд-рецепторного взаимодействия до сих пор обходились без них? или Вы снова придумали новое название для общеизвестного факта?

Да, у меня есть сайт. Да, у меня есть свои собственные убеждения. И я не прячусь под никами. Вы же предпочитаете анонимность. Почему? И сайта у Вас нет. Почему? Идей нет? Уверен, это единственная причина, по которой люди не заводят своих собственных сайтов... Сочувствую.

ROFL. Во-первых, информация о Ваших собеседниках находится чрезвычайно легко. А во-вторых, мы не занимаемся продвижением чужих идей, а работаем.

[VTur]

Первая книга - не монография. Я её привел потому, что в ней собраны все известные к 1990 г эксперимены по мембранам.

Кстати, из доклада Поллака Вы узнаете, что толщина упорядоченных слоев воды, формирующихся на гидрофильной поверхности полимера, достигает миллиметров!

Я Вам говорил, что отрывки из этой книги мне не понравились. Я её добровольно читать не буду.
Но вот структурированная объемная фаза воды?!
Поясните мне сами. Как было доказано, что толщина фазы несколько мм, что это точно структурированная объемная фаза, а не набор кластеров и т.д.? И что именно так структурирует воду? Откуда такие долгоиграющие взаимодействия?

[Vladimir Matveev]

Первая книга - не монография. Я её привел потому, что в ней собраны все известные к 1990 г эксперимены по мембранам.

Кстати, из доклада Поллака Вы узнаете, что толщина упорядоченных слоев воды, формирующихся на гидрофильной поверхности полимера, достигает миллиметров!

Я Вам говорил, что отрывки из этой книги мне не понравились. Я её добровольно читать не буду.
Но вот структурированная объемная фаза воды?!
Поясните мне сами. Как было доказано, что толщина фазы несколько мм, что это точно структурированная объемная фаза, а не набор кластеров и т.д.? И что именно так структурирует воду? Откуда такие долгоиграющие взаимодействия?

То, что толщина фазы несколько мм видно невооруженным глазом на видеозаписи, приводимой в докладе Поллака. На основе столь мощного эффекта в его лаборатории уже создают опреснительную установку, работающую на основе эффекта вытеснения растворенных веществ из фазы структурированной воды в области системы, где свойства воды имеют обычный характер. Что касается клеток, то о макроскопическом характере структурирования воды в ней говорит полная аналогия в равновесном распределении веществ, таких как Na+, между (1) клеткой и средой с одной стороны и (2) коацерватами и средой, (3) растворами гидрофильных полимеров (например, поливиниловый спирт), помещенных в диализные мешки, и средой. Кроме того, о связанном состоянии воды говорят данные о сниженном коэффициенте диффузии воды в клетке.

Вы отказываетесь добровольно читать и хотите, чтобы я всё это доброльно писал. Мне всегда казалось, почему-то, что читать легче...

Раз уже заговорили на эту тему, сообщаю о релизе от фирмы "Многа Букав Entertainment Limited".
Полный текст книги "Water and the Cell" (Springer, 2006):

Front Matter.
PDF (85,2 KB) pp.I-IX
http://www.springerlink.com/content/j75 ... matter.pdf

Gilbert Ling. A Convergence of Experimental and Theoretical Breakthroughs Affirms the PM theory of Dynamically Structured Cell Water on the Theory’s 40th Birthday.
PDF (2,2 MB) pp.1-52
http://www.springerlink.com/content/lv3 ... lltext.pdf

Christine L. Haskin, Gary D. Fullerton and Ivan L. Cameron. Molecular Basis of Articular Disk Biomechanics: Fluid Flow and Water Content in the Temporomandibular Disk as Related to Distribution of Sulfur.
PDF (622,0 KB) pp. 53-70
http://www.springerlink.com/content/x52 ... lltext.pdf

V.A. Shepherd. Coherent domains in the streaming cytoplasm of a giant algal cell.
PDF (789,0 KB) pp. 71-92
http://www.springerlink.com/content/t76 ... lltext.pdf

S.E. Pagnotta and F. Bruni. The glassy state of water: A ‘stop and go’ device for biological processes.
PDF (403,9 KB) pp. 93-112
http://www.springerlink.com/content/h24 ... lltext.pdf

Martin F. Chaplin. Information Exchange within Intracellular Water.
PDF (368,2 KB) pp. 113-124
http://www.springerlink.com/content/u36 ... lltext.pdf

Dan Urry. Biology’s Unique Phase Transition Drives Cell Function.
PDF (2,8 MB) pp. 125-150
http://www.springerlink.com/content/m26 ... lltext.pdf

Sinerik Ayrapetyan, Armine Amyan and Gayane Ayrapetyan. The Effects of Static Magnetic Fields, Low Frequency Electromagnetic Fields and Mechanical Vibration on some Physicochemical Properties of Water.
PDF (342,3 KB) pp. 151-164
http://www.springerlink.com/content/h6h ... lltext.pdf

Jianming Zheng and Gerald Pollack. Solute Exclusion and Potential Distribution Near Hydrophilic Surfaces.
PDF (547,2 KB) pp. 165-174
http://www.springerlink.com/content/g4v ... lltext.pdf

W. Drost-Hansen. Vicinal Hydration of Biopolymers: Cell Biological Consequences.
PDF (842,5 KB) pp. 175-218
http://www.springerlink.com/content/x47 ... lltext.pdf

Mae-Wan Ho, Zhou Yu-Ming, Julian Haffegee, Andy Watton, Franco Musumeci, Giuseppe Privitera, Agata Scordino and Antonio Triglia. The Liquid Crystalline Organism and Biological Water.
PDF (664,5 KB) pp. 219-234
http://www.springerlink.com/content/pl0 ... lltext.pdf

Patricio Carvajal and Tyre Lanier. The Unfolded Protein State Revisited.
PDF (546,5 KB) pp. 235-252
http://www.springerlink.com/content/x57 ... lltext.pdf

Frank Mayer, Denys Wheatley and Michael Hoppert. Some Properties of Interfacial Water: Determinants for Cell Architecture and Function?
PDF (4,3 MB) pp. 253-272
http://www.springerlink.com/content/pq3 ... lltext.pdf

Alexander Safronov, Tatyana Shklyar, Vadim Borodin, Yelena Smirnova, Sergey Sokolov, Gerald Pollack and Felix Blyakhman. Donnan Potential in Hydrogels of Poly(Methacrylic Acid) and its Potassium Salt.
PDF (165,9 KB) pp. 273-284
http://www.springerlink.com/content/k83 ... lltext.pdf

Vladimir L. Voeikov. Biological Significance of Active Oxygen-Dependent Processes in Aqueous Systems.
PDF (121,7 KB) pp. 285-298
http://www.springerlink.com/content/k65 ... lltext.pdf

Bohumil VybIral. The Comprehensive Experimental Research on the Autothixotropy of Water.
PDF (209,5 KB) pp. 299-314
http://www.springerlink.com/content/j43 ... lltext.pdf

Ivan Cameron and Gary Fullerton. Non-Bulk-Like Water on Cellular Interfaces.
PDF (266,0 KB) pp. 315-324
http://www.springerlink.com/content/g5r ... lltext.pdf

Yolene Thomas, Larbi Kahhak and Jamal Aissa. The physical nature of the biological signal, a puzzling phenomenon: the critical contribution of Jacques Benveniste.
PDF (300,2 KB) pp. 325-340
http://www.springerlink.com/content/q57 ... lltext.pdf

Christine L. Haskin, Gary D. Fullerton and Ivan L. Cameron. Freezing, Flow and Proton NMR Properties of Water Compartments in the Temporomandibular Disc.
PDF (150,9 KB) pp. 341-352
http://www.springerlink.com/content/w35 ... lltext.pdf

Back Matter.
PDF (38,2 KB)
http://www.springerlink.com/content/j75 ... matter.pdf

Эта книга одним файлом:

Просьба в двух предложениях ответить, как удалось Эйнштейну доказать, что всё в мире относительно...

[Vladimir Matveev]

Для Cherep'a отсканировал статью, какую обещал. В ней приводится схема строения внутренней мембраны митохондрии, близкая той, что я уже приводил.
Только нужно изменить расширение файла с pdf на djvu. Почему-то файл djvu на форум не закачивается...

[Iskander]

----
Да, у меня есть сайт. Да, у меня есть свои собственные убеждения. И я не прячусь под никами. Вы же предпочитаете анонимность. Почему? И сайта у Вас нет. Почему? Идей нет? Уверен, это единственная причина, по которой люди не заводят своих собственных сайтов... Сочувствую.
----

Наивный Вы человек. Чаще сайтов не заводят так как нет времени с ними ковыряться. А идей хватает.

Кстати, та ссылка на содержание белка в клетке (просил где-то в начале темы) - это полная фигня. 50 - 400 мг/мл. Угу. Это типа отмазки из патентов: реакцию проводил при температуре -100 - +400 градусов в течение 1 - 500 часов. Авось реальные условия проведения туда попадут.

Вообще, Вы клеточный экстракт в руках давно держали? И что такое 50 мг/мл растворимого белка представляете?

[Vladimir Matveev]

Iskander: "Наивный Вы человек. Чаще сайтов не заводят так как нет времени с ними ковыряться. А идей хватает".
Matveev: я рад, что лично у Вас идей хватает, но зачем расписываться за всех? Когда-то Резерфорд наблюдал за сотрудником, который все время что-то собирал, разбирал, измерял. Наконец терпение у него лопнуло и он спросил у него: "А когда же вы думаете"? Если Вы внимательно читали эту тему, то, разумеется, поняли, что есть люди которым и читать некогда. Хорошо ли это?

"Все люди постоянно задают друг другу один и тот же ворос: "Что вы делаете"? Тогда как единственный вопрос, которое одно мыслящее существо вправе задать другому: "Что вы думаете"?
Неизвестный мыслитель 19 века...

[amik]

Vladimir Matveev, при цитировании оппонента просьба пользоваться опциями форума. Для ответа с цитированием в каждом сообщении есть функция "цитата" или "Quote".

[Vladimir Matveev]

----

Кстати, та ссылка на содержание белка в клетке (просил где-то в начале темы) - это полная фигня. 50 - 400 мг/мл. Угу. Это типа отмазки из патентов: реакцию проводил при температуре -100 - +400 градусов в течение 1 - 500 часов. Авось реальные условия проведения туда попадут.

Вообще, Вы клеточный экстракт в руках давно держали? И что такое 50 мг/мл растворимого белка представляете?

Если Вам не нравится та стерва, грубо извратившая факты и надругавшаяся над здравым смыслом, то Вы можете сами найти литературу в ставшей теперь обширной области, на ключевое слово "Crowding". Согласен с Вами, пора их всех поставить на место!!!

[VTur]

Кстати, из доклада Поллака Вы узнаете, что толщина упорядоченных слоев воды, формирующихся на гидрофильной поверхности полимера, достигает миллиметров!

То, что толщина фазы несколько мм видно невооруженным глазом на видеозаписи, приводимой в докладе Поллака.

Не, вот только невооруженным глазом мне не надо.
Еще раз. Не могли ли Вы вкратце ответить на мои вопросы.
Как было доказано, что толщина фазы несколько мм, что это точно структурированная объемная фаза, а не набор кластеров и т.д.? И что именно так структурирует воду? Откуда такие долгоиграющие взаимодействия?
Меня интересуют инструментальные измерения.

А с Вашим морем ссылок. Большинство в этом разбираться подробно не будет. Это требует слишком много времени, поэтому если хотите связный диалог, или отвечайте сами на вопросы, или давайте ссылки на короткие общеизвестные сообщения. Но лучше первое.

[Vladimir Matveev]

Кстати, из доклада Поллака Вы узнаете, что толщина упорядоченных слоев воды, формирующихся на гидрофильной поверхности полимера, достигает миллиметров!

То, что толщина фазы несколько мм видно невооруженным глазом на видеозаписи, приводимой в докладе Поллака.

Не, вот только невооруженным глазом мне не надо.
Еще раз. Не могли ли Вы вкратце ответить на мои вопросы.
Как было доказано, что толщина фазы несколько мм, что это точно структурированная объемная фаза, а не набор кластеров и т.д.? И что именно так структурирует воду? Откуда такие долгоиграющие взаимодействия?
Меня интересуют инструментальные измерения.

А с Вашим морем ссылок. Большинство в этом разбираться подробно не будет. Это требует слишком много времени, поэтому если хотите связный диалог, или отвечайте сами на вопросы, или давайте ссылки на короткие общеизвестные сообщения. Но лучше первое.

Тот факт, что структурированная вода занимает значительный объем следует из факта ВЫТЕСНЕНИЯ растворенных веществ их нее в объем обычной воды. Это явление наблюдается и в масштабе клетки, и в масштабе диализного мешка с раствором гидрофильного полимера. Эффект вытеснения имеет под собой термодинамическую природу: встраивание молекулы в толщу структурированной воды стоит энергетически дороже, чем в обычную воду.

Взаимодействие молекул воды с зарядами (диполями), расположенными на гидрофильном полимере, приводит к увеличению собственного дипольного момента молекулы воды (эффект поляризации), что в свою очередь приводит к усилению водородных связей между молекулами воды на 129 калорий/моль. Эффект поляризации передается от полимера к первому слою адсорбированной воды, от первого - ко второму и так далее...

Теперь о НАБОРЕ кластеров. По сравнению с изложенной моделью, набор кластеров - это куда более РЫХЛАЯ структура поскольку пространство между кластерами свободно для диффузии веществ. Кроме того, дипольный момент в кластерах таков, что время жизни таких образований ничтожно по сравнению с водными структурами, индуцированными гидрофильным полимером. Если бы структура адсорбированной воды была кластерной, то между ней и объемной водой не было бы разницы, так так объемная вода тоже имеет кластерную структуру. Таким образом, вопрос сводится к тому, а нужен ли вообще полимер, а если нужен, то к чему сводится его роль? Если Вы настаиваете на кластерной структуре, то полимер Вам не нужен...

[Cherep]

Для Cherep'a отсканировал статью, какую обещал.

мерси.
Скачаю попозже, не из-под модема.

[Marxist]

что в свою очередь приводит к усилению водородных связей между молекулами воды на 129 калорий/моль.

не больше 8% от энергии одной водородной связи

Эффект поляризации передается от полимера к первому слою адсорбированной воды, от первого - ко второму и так далее...

Если это в чистом виде электростатика -- должно уменьшаться с квадратом расстояния. 20 слоёв -- уже никакого эффекта.

Странные вещи Вы говорите.

[Vladimir Matveev]

что в свою очередь приводит к усилению водородных связей между молекулами воды на 129 калорий/моль.

не больше 8% от энергии одной водородной связи

Эффект поляризации передается от полимера к первому слою адсорбированной воды, от первого - ко второму и так далее...

Если это в чистом виде электростатика -- должно уменьшаться с квадратом расстояния. 20 слоёв -- уже никакого эффекта.
Странные вещи Вы говорите.

Да хоть один процент. Важно: ДОСТАТОЧНО этого или НЕТ. Если поляризацией можно объяснить стабилизацию от 6 до 15 слоев - этого достаточно для теории. Концентрация воды в клетке 44 М. Умножьте это на 129 кал/моль.
В поляризации воды (и других молекул) нет ничего странного. Почитайте, как меняется дипольный момент воды после конденсации, как меняется дипольный момент веществ при адсорбции на заряженных поверхностях.

[Schlenk]

----

Кстати, та ссылка на содержание белка в клетке (просил где-то в начале темы) - это полная фигня. 50 - 400 мг/мл. Угу. Это типа отмазки из патентов: реакцию проводил при температуре -100 - +400 градусов в течение 1 - 500 часов. Авось реальные условия проведения туда попадут.

Вообще, Вы клеточный экстракт в руках давно держали? И что такое 50 мг/мл растворимого белка представляете?

почему полная фигня? вполне реальные величины. Клетки бывают разные. В E Coli 200-300 mg/mL белка. зависит от условий

[Vladimir Matveev]

----

Кстати, та ссылка на содержание белка в клетке (просил где-то в начале темы) - это полная фигня. 50 - 400 мг/мл. Угу. Это типа отмазки из патентов: реакцию проводил при температуре -100 - +400 градусов в течение 1 - 500 часов. Авось реальные условия проведения туда попадут.
Вообще, Вы клеточный экстракт в руках давно держали? И что такое 50 мг/мл растворимого белка представляете?

почему полная фигня? вполне реальные величины. Клетки бывают разные. В E Coli 200-300 mg/mL белка. зависит от условий

Эта тема уже с километр длинной и вот он - голос разума! Наконец-то!!!
Грех не опрокинуть по этому поводу кружечку пива!

[Schlenk]

Разума, или нет, пока не понятно. Понятно то, что в мембранах полно белка, поэтому клеточная мембрана это и не классический lipid bilayer, но и не "protein layer". ее свойства определяются и липидами и белками (Если взять 10 г ТГФ и 10 г воды, это раствор воды в ТГФ или наоборот? Считаем по массе, объему, мольному соотношению и получаем разные результаты, не говоря о том, что свойста раствора будут отличаться от свойств чистых компонентов). Попытка построить теорию "белкового слоя, скрепленного липидами", мне кажется неубедительной хотя бы потому, что если взять phospholipid, он спонтанно образует bilayer. Мембранные белки спонтанно образуют нерастворимые агрегаты.

[Vladimir Matveev]

Попытка построить теорию "белкового слоя, скрепленного липидами", мне кажется неубедительной хотя бы потому, что если взять phospholipid, он спонтанно образует bilayer. Мембранные белки спонтанно образуют нерастворимые агрегаты.

Это скоропалительный вывод. Разные вещества требуют разных условий, но никто этих условий для белков не ищет. Зачем? И так ясно, что всем заправляют липиды... Думаю, не стоит забывать, что белки, а не только фосфолипиды, тоже обладают великолепными поверхностно-активными свойствами... Но опять же, зачем забивать голову белками, если и ТАК всё ясно...

[VTur]

Давайте вернёмся к структурированной воде, вроде, речь о ней.

[VTur]

что в свою очередь приводит к усилению водородных связей между молекулами воды на 129 калорий/моль.

Откуда эта величина? калорий/моль? может 1,29 килокалорий/моль? А так, просто, для химического эксперимента мало.

[VTur]

Эффект поляризации передается от полимера к первому слою адсорбированной воды, от первого - ко второму и так далее...

Если это в чистом виде электростатика -- должно уменьшаться с квадратом расстояния. 20 слоёв -- уже никакого эффекта.Странные вещи Вы говорите.

Как 6 степень расстояния (r^-6). Без внешнего стабилизирующего взаимодействия 3-6 слоёв максимум.