Все получилось!
@ SPRESI reactions base
-
Natalie2005
Первая часть здесьNatalie2005 писал(а):Потрясающе, спасибо большое, все работает!
А первая часть тоже была или только 2-7?
Если не затруднит, можно уточнить сколько реакций из 4 млн. на SPRESI охватывает этот фрагмент? Это каждая часть 190 тыс. или все 7?
Еще раз большое спасибо.
Код: Выделить всё
http://mihd.net/yzvd9j 
В каждой части по 190000 реакций.... впрочем, если она у вас работает, то что Вы сами этого не видите?
Слава Україні!
Героям слава!
Героям слава!
Я думаю можно написать программу, которая бы поочередно обращалась к каждой частиBiginelli писал(а):Извините, что спрашиваю тут; может, слегка не по теме. Вопрос следующий: есть ли возможность в ISIS/Base задать поиск по более чем одной базе данных? Как раз обойдется ограничение на объем баз...
А то вгонять запрос в двадцать баз поочередно не очень-то удобно...
Хотя как это сделать я не знаю 
Слава Україні!
Героям слава!
Героям слава!
-
Natalie2005
В принципе можно использовать ChemFinder 2005 или выше. Он позволяет использовать большие базы данных. Но сам процесс переделки базы данных под Finder занимает большое время. В начале нужно экспортировать из под Base в rdf-формат, затем в ChemFinder импортировать последовательно базы - получиться одна большая, которую нужно сохранить в формате Findera. Я попробовал объединить 2 первые части получилось 0,5 гигабайта информации, но поиск не тормозит (заняло 2,5 часа).Abwer писал(а):Я думаю можно написать программу, которая бы поочередно обращалась к каждой частиBiginelli писал(а):Извините, что спрашиваю тут; может, слегка не по теме. Вопрос следующий: есть ли возможность в ISIS/Base задать поиск по более чем одной базе данных? Как раз обойдется ограничение на объем баз...
А то вгонять запрос в двадцать баз поочередно не очень-то удобно...
Последний раз редактировалось Wolf1 Вт фев 05, 2008 8:09 am, всего редактировалось 1 раз.
архив с SPRESI_03.db находится по адресу
ПРО CHEMFINDER
я тоже перенес информацию но в 11 версию хемфайндера (2008) из двух первых баз (db1 и db2). Вроде записей осталось столько же штук сколько и было в сумме в isisbase (379238). Заняло это конечно несколько часов -на ночь оставлял (ноутбук слабый). Действительно ищет долговато (по всем этим 379238 где-то по 1-1.5 минуты (но это наверное от компа зависит сильно староват - хотя ISISBASE очень быстро).
Форму окна в scifinder с реакциями надо правда изменить: расширить на всю ширину дисплея тогда формулы становятся читабельными.
перенес и SPRESI_03.db в chemfinder
создание rdf из spresi_03.db заняло 45 мин. (189230 записей-размер 908 MB)
ввод в Chemfinder 11 (Scanning input file... and import) занял 2 ч 10 мин (568468 записей - размер файлов суммарный что-то под 2 GB)
Время поиска зависит сильно от числа найденных структур и каким по счету поиск проводится (первый по счету очень долгий может быть) чаще от нескольких секунд до примерно 2 мин если число хитов не превышает нескольких сотен.
Короче пока работать и искать сразу во всех трех базах, объединенных с момощью Chemfinder можно и даже очень.
Код: Выделить всё
http://mihd.net/0etn5oя тоже перенес информацию но в 11 версию хемфайндера (2008) из двух первых баз (db1 и db2). Вроде записей осталось столько же штук сколько и было в сумме в isisbase (379238). Заняло это конечно несколько часов -на ночь оставлял (ноутбук слабый). Действительно ищет долговато (по всем этим 379238 где-то по 1-1.5 минуты (но это наверное от компа зависит сильно староват - хотя ISISBASE очень быстро).
Форму окна в scifinder с реакциями надо правда изменить: расширить на всю ширину дисплея тогда формулы становятся читабельными.
перенес и SPRESI_03.db в chemfinder
создание rdf из spresi_03.db заняло 45 мин. (189230 записей-размер 908 MB)
ввод в Chemfinder 11 (Scanning input file... and import) занял 2 ч 10 мин (568468 записей - размер файлов суммарный что-то под 2 GB)
Время поиска зависит сильно от числа найденных структур и каким по счету поиск проводится (первый по счету очень долгий может быть) чаще от нескольких секунд до примерно 2 мин если число хитов не превышает нескольких сотен.
Короче пока работать и искать сразу во всех трех базах, объединенных с момощью Chemfinder можно и даже очень.
Последний раз редактировалось mishka Чт фев 07, 2008 7:12 pm, всего редактировалось 2 раза.
Когда все 6 соберете будет работать, чуть-чуть медленнее. Очень странно, но после поиска по структуре, когда все объекты найдены, программа подвисает на пару минут. Хотя отображается количество найденных структур. Работать можно!mishka писал(а):архив с SPRESI_03.db находится по адресуПРО CHEMFIDERКод: Выделить всё
http://mihd.net/0etn5o
я тоже перенес информацию но в 11 версию хемфайндера (2008) из двух первых баз (db1 и db2). Вроде записей осталось столько же штук сколько и было в сумме в isisbase (379238). Заняло это конечно несколько часов -на ночь оставлял (ноутбук слабый). Действительно ищет долговато (по всем этим 379238 где-то по 1-1.5 минуты (но это наверное от компа зависит сильно староват - хотя ISISBASE очень быстро).
Форму окна в scifinder с реакциями надо правда изменить: расширить на всю ширину дисплея тогда формулы становятся читабельными.
перенес и SPRESI_03.db в scifinder
создание rdf из spresi_03.db заняло 45 мин. (189230 записей-размер 908 MB) ввод в Chemfinder 11 (Scanning input file... and import) занял 2 ч 10 мин (568468 записей - размер файлов суммарный что-то под 2 GB)
Время поиска зависит сильно от числа найденных структур и каким по счету поиск проводится (первый по счету очень долгий может быть) чаще от нескольких секунд до примерно 2 мин если число хитов не превышает нескольких сотен.
Короче пока работать и искать сразу во всех трех базах, объединенных с момощью Chemfinder можно и даже очень.
Кто сейчас на конференции
Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 23 гостя