Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Вопросы, связанные с химией вообще. Вы можете задать здесь свой вопрос, и мы постараемся на него ответить.
General chemical questions go here
Ответить
Scherlok
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Вт ноя 02, 2010 7:24 pm

Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение Scherlok » Сб ноя 07, 2015 11:45 pm

Здравствуйте. Этот пост скорее всего относится или к биотехнологии, или биохимии.
Нужно описание химических процессов связанных с применением гасителя люминесценции DABCYL в ПЦР.
Нужно реализовать синтез DABCYL иммобилизованного на стеклянных гранулах для дальнейшего применение в ПЦР.
Синтез самого DABCYL (4-((4-(dimethylamino)phenyl)azo)benzoic Acid) уже произведен.
Надо разобраться в следующем (Нужны методики и дельные советы):
1) Процесс обработки стекла для сорбции DABCYL. А также требования к сорту стекла, требования к размерам гранул и их пористости.
2) Описание связывание DABCYL со стеклом, через какие промежуточные молекулы осуществляется связь со стеклом и описание реакции DABCYL с этой молекулой и дальше со стеклом.
3) Доходчивое описание всего процесса реакции между DABCYL и флюорофором.
4) Какие условия хранения иммобилизованного на стекле DABCYL.
Сам по специальности органик-синтетик. В биотехнологии мало разбираюсь. Надо провести синтез без освоения новой специальности :)
Кто в теме, скиньте пожалуйста статьи и электронные адреса где можно ознакомиться с методиками для реализации всего процесса.
Буду благодарен :)

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение avor » Вс ноя 08, 2015 5:02 am

Как говорит моя младшая дочь - "Бу!!!!"
Что за хрень?
https://en.wikipedia.org/wiki/TaqMan
https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_beacon
http://www.genelink.com/newsite/product ... ?modid=118

НО! Там нет стекла. Скажу больше. ПЦР панически боится стекла из-за сорбции ДНК на стекле.

Посадить на стекло DABCYL не проблема. Сначала получаете модифицированное аминостекло(обработка АПТЭС), а потом сажаете за карбоксил на аминогруппу DABCYL любым известным способом (например через карбодиимид или через сукцинимидный эфир )

Но при чем тут ПЦР и DABCYL на стекле??!!!

По поводу 3)
https://en.wikipedia.org/wiki/F%C3%B6rs ... y_transfer

По поводу 4)
Даже странно, что такой вопрос задает синтетик.

Это что олимпиадная задача?! Или вы ломаете какой-то патент, или сами хотите что-то такое патентопригодное замутить или кому-то помогаете замутить.

Scherlok
Сообщения: 33
Зарегистрирован: Вт ноя 02, 2010 7:24 pm

Re: Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение Scherlok » Вс ноя 08, 2015 6:52 pm

Спасибо за ответы.
Хотел бы прокомментировать.
Начну с 4).
Да, я химик-синтетик, работаю с биологически активными веществами и не один раз видел как распадаются БАВ при неправильном хранении, сорбции на силикагеле при попытке делить на колонке или даже при выполнении ТСХ. Поэтому и спрашиваю про условия хранения (ну не владею я всей органической химией).
Что касается ссылок на википедию, то спасибо конечно, как я уже сказал. Но даже для того, чтобы осуществит поиск по википедии надо как минимум знать терминологию ПЦР. А я расшифровку аббревиатуры ПЦР узнал несколько недель назад узнал.
Нет, я не ломаю патент. Есть организация, которая делает ПЦР, реактивы закупает в другом государстве. Сейчас закупка осложнена и меня попросили синтезировать гаситель люминесценции DABCYL. О котором я тоже узнал пару недель назад. Поэтому и задаю такие возможно дилетантские для знающего человека вопросы.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение avor » Вс ноя 08, 2015 8:27 pm

Ну, так вы его синтезировали, вы, что не заметили, что это диазиновый краситель. И что не знаете от чего портятся диазиновые красители с аминами в ядрах.
Если ваш заказчик хочет делать ДНК-зонды с FRET гашением флуоресценции, то сам по себе DABCYL им не поможет, им нужен либо активированный эфир, а скорее всго фосфорамидитные производные.

Iskander
Сообщения: 3152
Зарегистрирован: Чт июн 30, 2005 6:45 pm

Re: Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение Iskander » Пн ноя 09, 2015 10:02 am

Ну, на жаргоне синтеза олигонуклеотидов стеклом называют носитель, с которого начинается синтез. ПЦР там и близко нет, хотя олиги и идут в него.
"Стекло" может быть как минеральным, так и полистирольным. По любому, оно непростое и имеет свою специфику в работе.

Аватара пользователя
avor
Сообщения: 12650
Зарегистрирован: Пн янв 24, 2005 1:13 pm

Re: Гасители люминесценции в ПЦР, нужна помощь

Сообщение avor » Пн ноя 09, 2015 3:34 pm

Iskander писал(а):Ну, на жаргоне синтеза олигонуклеотидов стеклом называют носитель, с которого начинается синтез. ПЦР там и близко нет, хотя олиги и идут в него.
"Стекло" может быть как минеральным, так и полистирольным. По любому, оно непростое и имеет свою специфику в работе.
Да, но и в этом случае DABCYL не при делах, если его пришить к "стеклу", то дальше олиги синтезировать довольно бессмысленно не к чему собственно шить будет фосфорамидитные производные .

Ответить

Вернуться в «общехимические вопросы / general chemical issues»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 15 гостей