Может кого-н. заинтересует: молекулярная графика

[Anton_OFF]

Здравствуйте химики)
Заходите сюда Chem.OFF Думаю, заинтересуют кого-н.

Могу помочь, если нужно:

"Моделирую сам, в 3Ds msx'е. Ведь даже на Википедии, и даже английской, очень большое количество структурных формул без их 3D братьев)
PDB или MOL в интернете искать конечно можно, но не всегда можно найти именно то, что нужно"

Могу на заказ сделать всегда, бесплатно)

Кстати, изображения могу отдельно выдавать кому нужно размера просто огромного и хорошего, png, качества

// я не делаю рекламу!!
просто могу помочь, если нужно будет.

[Anton_OFF]

PS. Если даже найдется что-н. неправильное (вроде "разместил тему не в том месте") не бейте сильно пжалста)

[Anton_OFF]

PPS. А, вот еще - очень хочу узнать ваше мнение, если можно =)

[Grapestone]

По моему неплохо. Только непонятно зачем столько неорганики? Ну да бог с ним, это поправимо. Если что, буду иметь ввиду.

[Grapestone]

Еще хотелось бы, чтобы размеры ионов были правдоподобными и длины связей из справочника. Ведь Вы это не учитывали. посмотрите эту ссылку:
http://limor1.nioch.nsc.ru/pics/q6/C6Br ... 80x480.gif
Хотелось бы чего-то похожего

[Marxist]

Еще хотелось бы, чтобы размеры ионов были правдоподобными и длины связей из справочника. Ведь Вы это не учитывали. посмотрите эту ссылку:
http://limor1.nioch.nsc.ru/pics/q6/C6Br ... 80x480.gif
Хотелось бы чего-то похожего

Почему? судя по всему, человек купил Accelrys'овскую рисовалку и бескорыстно рисует. Вращение и колебания она, ясен пень, не сделает. А вот длины связей проставить и структуру оптимизировать хотя бы с простеньким силовым полем -- дело полезное.
http://qsar.chem.msu.ru/~dmitry_o/imgfil.png

[Anton_OFF]

Еще хотелось бы, чтобы размеры ионов были правдоподобными и длины связей из справочника. Ведь Вы это не учитывали. посмотрите эту ссылку:
http://limor1.nioch.nsc.ru/pics/q6/C6Br ... 80x480.gif
Хотелось бы чего-то похожего

неплохая идея. начну переделывать прямо сейчас.

за правильность прошу не беспокоиться =)

[Anton_OFF]

во всяком случае я только изменю длины связей и размеры атомов

[pH<7]

"Моделирую сам, в 3Ds msx'е. Ведь даже на Википедии, и даже английской, очень большое количество структурных формул без их 3D братьев)
PDB или MOL в интернете искать конечно можно, но не всегда можно найти именно то, что нужно"

А зачем они?

[Anton_OFF]

"Моделирую сам, в 3Ds msx'е. Ведь даже на Википедии, и даже английской, очень большое количество структурных формул без их 3D братьев)
PDB или MOL в интернете искать конечно можно, но не всегда можно найти именно то, что нужно"

А зачем они?

Вопрос сложный. Лично я уже много своих моделей испольковал в перзентациях как для людей знающих химию, так и для тех, кто с ней никогда дело не имел. Для первых это, скорее всего, облегчит визуальное представление - ведь, к прмиеру, в учебниках по химии присутствуют модели молекул. А для вторых - это будет что-то вроде красивой картинки, которая их заинетерсует больше, чем B&W структурная формула.

Я думаю, область их применения на этом не ограничивается.

[Cherep]

Почему? судя по всему, человек купил Accelrys'овскую рисовалку и бескорыстно рисует.

Я прогу Chimera использовал...

Код: Выделить всё

http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/

[Marxist]

Почему? судя по всему, человек купил Accelrys'овскую рисовалку и бескорыстно рисует.

Я прогу Chimera использовал...

По стилю картинок сужу Хотя раз он говорит, что моделирует в 3д максе, возможно, что это не так. Кстати, хороший билдер и вроде даже с минимизатором есть в Пимоле (pymol.org)

[Anton_OFF]

Люди, давайте по-другому. Если кто-то хочет знать точно откуда взяты эти картинки - я могу разместить *.max файл какого-н. вещества

[Marxist]

Вы знаете, если уж Вы ссылаетесь на википедию, то позволю себе немного Вас покритиковать. 3д-картинка, не оптимизированная какими-нибудь адекватными средствами, смысла не имеет. Более того, она не имеет смысла без возможности её покрутить. В таком случае надо просто брать структуру и крутить. Структуры есть в ZINC, крутить можно в любой крутильной приблуде типа Jmol. А в таком виде смысла мало. Я так считаю &copy;

[Anton_OFF]

Но Jmol же есть не на каждом компьютере, а в жизни все бывает.
Со мной хоть кто-н. согласен?

// Кстати, просили меня соблюдать и радиусы и расстояния между атомами. Вот, первый пример: Водорода фторид

[Marxist]

Но Jmol же есть не на каждом компьютере, а в жизни все бывает.
Со мной хоть кто-н. согласен?

// Кстати, просили меня соблюдать и радиусы и расстояния между атомами. Вот, первый пример: Водорода фторид

Да нет, дел в том, что это как раз онлайновые приблуды, написанные на яве. Ява сейчас есть практически на каждом компе с выходом в инет.

Радиусы -- это хорошо, а расстояние для двухатомной молекулы не показатель.

[Anton_OFF]

Но, опять же, качество оставляет желать лучшего.

А в перзентацию, к прмиеру, Jmol не вставишь, даже с явой.

И, кстати, 3D молекулы в формате png можно использовать, не думая о том белом фоне, часто являющимся не к месту в вашей красивой презентации.

И говорить можно не только про презентации!

[Anton_OFF]

И, прошу прощения, (возможно это и не в мою пользу) - я не атомат, так что пока двухатомные молекулы только обновляю =)

[Marxist]

Молекула HF, оптимизация в силовом поле Tripos, заряды по Гастайгеру-Хюккелю, поверхность Fast Connolly, покрашенная по электростатическому потенциалу, силовые линии электрическогго поля -- тоже по потенциалу. Подготовлена примерно за минуту.

[Anton_OFF]

ну все, вы меня убили =)

А хотя возможно программа вам не всегда даст именнно то, что вам нужно.

Легче взять картинку из интернета, чем изучать какую-л. программу - и не факт, что, повторяю, она даст именно то, что вам нужно.