Обсуждение потенциальных нововведений

Поиск в химических базах данных (Beilstein, SciFinder и др.)
Cherep
Сообщения: 22576
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Вт окт 05, 2010 5:46 pm

так, вводим правило, что поиск теперь только по сгенерированным smiles, inchi и тд? перерисовывать структуры ни кого не достало?

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Batch Querying Reaxys (как создать мультипоисковый запро

Сообщение suprachemister » Ср окт 06, 2010 1:37 pm

Cherep писал(а):поиск теперь только по сгенерированным smiles, inchi и тд?
это хорошо или чтобы прикрепляли SD (.sdf) файл структурной формулы вместо картинки структуры (для поиска как реагент, продукт, катализатор)
SD (.sdf) файл только для базы reaxys (для scifinder не подходит)
SD (.sdf) файл не подходит для запроса реакции (реагент-->продукт)
Последний раз редактировалось suprachemister Ср окт 06, 2010 2:19 pm, всего редактировалось 1 раз.

Cherep
Сообщения: 22576
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Ср окт 06, 2010 2:11 pm

хм. а скафандер инчи, смайлсы переваривает?

Marxist

Re: Batch Querying Reaxys (как создать мультипоисковый запро

Сообщение Marxist » Ср окт 06, 2010 2:57 pm

suprachemister писал(а):SD (.sdf) файл не подходит для запроса реакции (реагент-->продукт)
Для этого, соответственно, RDF.

Аватара пользователя
chemist-s
Сообщения: 1092
Зарегистрирован: Вт дек 08, 2009 9:33 pm

Re: Batch Querying Reaxys (как создать мультипоисковый запро

Сообщение chemist-s » Ср окт 06, 2010 4:45 pm

Marxist писал(а):Для этого, соответственно, RDF.
+!

Marxist

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Marxist » Ср окт 06, 2010 4:58 pm

Вот, кстати, есть веб-интерфейсы к бабелю, и кое-где можно даже непосредственно рисовать. Для одиночных структур можно сразу делать обязательным.
http://wwmm-svc.ch.cam.ac.uk/wwmm/html/observer.html -- тут можно рисовать
http://sourceforge.net/projects/webbabel/ -- это можно куда-нибудь залить, благо лицензия позволяет
http://vcclab.org/lab/babel/start.html -- это просто дружественный нам проект.

Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8935
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Ср окт 06, 2010 9:00 pm

Cherep писал(а):... перерисовывать структуры ни кого не достало?
Да нет, нормально, как по мне... Вот структуры в .rtf-файлах слегка напрягают, но запрещать их я бы, пожалуй не стал. Максимум - не рекомендовать... Поелику не один ли фиг - вставить структуру в вордовый файл или прямо в сообщение, а мне проще. А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Marxist

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Marxist » Ср окт 06, 2010 9:33 pm

SkydiVAR писал(а): А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.
А там что, кроме рисовалки, никаких способов ввода нет? Интересно просто, ни разу не пользовался.

Я бы предложил добавить к списку разрешённых расширений для вложений основные молекулярные форматы -- .sdf, .smi, .mol, .mol2, .pdb, .xyz, .cdx (?). Прорекламировать опенбабель лишний раз не помешает тоже. А вставку структур в вордовом файле надо выжигать калёным железом, ибо хочется иногда схему в органике глянуть -- а она так открывается, что вообще лучше бы не открывалась. Вдвойне плохо, если человек пытается таким образом что-то проиллюстрировать. Надо же, в конце концов, соответствовать современному стандарту и уважать собеседников; неужели картинку сделать сложнее, чем вставить в ворд? Стрельба по воробьям из пушки.

Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8935
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Ср окт 06, 2010 10:09 pm

Marxist писал(а):
SkydiVAR писал(а): А вот как вставлять смайлы в SF - я просто не знаю.
А там что, кроме рисовалки, никаких способов ввода нет? Интересно просто, ни разу не пользовался.
По структуре, мол. формуле, названию или CAS - знаю как искать. А полей для ввода смайлов просто не нашел. Встроенный редактор формул позволяет открывать .mol, .str и .sxf файлы. Остальные - фигушки. Так что, либо .mol (если уж начнем всё остальное запрещать) И структуру, либо только структуру. Смайлы - факультативно либо если просят только Реаксис. ПМСМ.
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Batch Querying Reaxys (как создать мультипоисковый запро

Сообщение suprachemister » Пн окт 11, 2010 4:56 pm

Marxist писал(а): Для этого, соответственно, RDF.
RD(.rdf) файлы в функции Batch Quering Reaxys не поддерживаются(все вопросы к разработчикам Reaxys)
Что касается поиска отдельного вещества, а не фрагмента структуры, то функция Locate в SF определяет структуру из разнообразного количества
торговых, альтернативных тривиальных названий, IUPAC name, СAS номерa
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15175
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Любитель_Манниха » Пн окт 18, 2010 9:16 pm

Гм, странно, что скафандер не понимает SMILES :shock:
Я хоть и не ИЗ, но предлагаю разрешить аттачить MOL-формат, т.к. его все понимают.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
Chem_DM
Сообщения: 7078
Зарегистрирован: Чт апр 15, 2010 9:42 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Chem_DM » Вт окт 19, 2010 1:45 pm

У товарищи, вы тут такое обсуждаете. Да хоть как нибудь бы рисовали, есть не один пример когда написано не совсем то что должно быть нарисовано.
А вообще потенциальные нововведения так ничего.
Без структурные запросы просьба закрывать и отправлять читать правила.
А я уйду из бытия, в небытиё, оно мое.

Аватара пользователя
nikkochem
Сообщения: 1401
Зарегистрирован: Чт ноя 26, 2009 12:47 pm
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение nikkochem » Ср фев 16, 2011 8:27 am

Здравствуйте люди добрые! Так в чем запрос то делать :issue: ? В чем формулу рисовать? Вы уж определитесь пожалуйста. Я вот по старинке ISISDRAW пользуюсь, но вот она по многим параметрам меня не устраивает. Во первых назвать она может (да и то не всегда верно) а уж формулу по названию воспроизвести - это нет. Вот и думаю, что поставить, чтоб и называла и формулы по названию строила и считала молекулярную массу и элементный состав и брутто формулу и запрос требованиям Reaxsys соответствовал. Может что посоветуете?
Уважающие себя физики и математики обходят стороной антинаучных художников рисущих молекулы и называющих себя химиками.


Аватара пользователя
FOX-7
Сообщения: 7332
Зарегистрирован: Пн окт 10, 2005 10:28 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение FOX-7 » Чт фев 17, 2011 10:19 am

nikkochem писал(а): Я вот по старинке ISISDRAW пользуюсь,.... Может что посоветуете?
ACD-Labs тогда ставь, она все это делает. ISIS еще с 64 б - совсе не дружит.

Аватара пользователя
Alex Muratoff
Сообщения: 179
Зарегистрирован: Пн окт 15, 2007 9:54 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Alex Muratoff » Вт фев 22, 2011 9:59 pm

Marxist писал(а): Я бы предложил добавить к списку разрешённых расширений для вложений основные молекулярные форматы -- .sdf, .smi, .mol, .mol2, .pdb, .xyz, .cdx (?).
А почему бы и нет! Я поддерживаю. Думаю удобство в этом будет неоспоримое.
Истина где-то рядом, но блин так далекоооо.......

Аватара пользователя
chemist-s
Сообщения: 1092
Зарегистрирован: Вт дек 08, 2009 9:33 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение chemist-s » Ср фев 23, 2011 12:15 am

Ну, тогда уж и rdf для комплекта :shuffle:

Cherep
Сообщения: 22576
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Ср фев 23, 2011 12:22 am

.doc (и .pdf в этом контексте!я бы вообще запретил
всё зависит от пожелания источников знаний -- не в лом ли структуры перерисовывать?

Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8935
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Ср фев 23, 2011 10:28 am

chemist-s писал(а):Ну, тогда уж и rdf для комплекта :shuffle:
Коллеги, речь не идет о перечислении ВСЕХ возможных форматов. Напротив, предлагается выбрать ОДИН (максимум - 2-3) формат, в котором будут делаться запросы в разделе. Файлы такого формата должны: 1) создаваться всеми существующими структурными редакторами; и 2) читаться всеми базами данных. Насколько я понимаю, .mol - практически единственный такой формат. Предлагаю принять его за стандарт. Остальные форматы допускать в стандарт после проверки совместимости. Разрешить дополнительно вставлять в сообщение структуру в файле формата .jpg или .png. Запретить (соглашусь с коллегой Cherepом) вставку структур в форматах текстовых редакторов и в .pdf. Смайлы и инчи (кстати - что за зверь?) - тоже только дополнительно к основному файлу базового формата.
Нет возражений?
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Аватара пользователя
chemist-s
Сообщения: 1092
Зарегистрирован: Вт дек 08, 2009 9:33 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение chemist-s » Ср фев 23, 2011 1:45 pm

Конечно mol-формат самый универсальный, его-то и надо бы использовать в качестве формата запросов. А вот в качестве универсального формата результатов поиска хорошо бы подошел rdf, его выдают Reaxys и SciFinder. Ну и/или pdf, если запрашивающий попросит.

Ответить

Вернуться в «Химические базы данных»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость