Обсуждение потенциальных нововведений

Поиск в химических базах данных (Beilstein, SciFinder и др.)
Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение suprachemister » Вс мар 13, 2011 1:55 am

я тут обнаружил у китайцев :mrgreen: тему на форуме аналогичную "Химические базы данных"

Код: Выделить всё

http://www.soudoc.com/BBS/forum-349-1.html
так вот как у них это все организовано(вырезка из правил):
1) цели поиска (обязательно): проверить наличие новых соединений, или исследований на конкретный аспект литературы. Поиск синтетических методов, или физико-химических свойств соединений, методы обнаружения
2) База данных (обязательно): SciFinder или Reaxys, можно выбрать только один.
P.S. тут(в "Химические базы данных") иногда делают и там и там)
3) ключевые слова на английском языке (обязательно): если вы предоставляете несколько ключевых слов, пожалуйста, укажите булеву логику между ними "или" или "и" другие
4) регистрационный номер соединений CAS (опция): постарайтесь обеспечить, так как это должно помочь, поиск будет значительно облегчен
P.S. SciFinder распознает структуру из CAS номера, Reaxys в большинстве случаев тоже
5) обеспечить структурой (по желанию): Для Вашего удобства, быстрых результатов, попробуйте предоставить ChemDraw CDX формат файла, вы можете загружать вложения
P.S. по моему запрашивающий сам должен понимать, что для быстрого получения результатов поиска желательно предоставить дополнительные форматы структуры (.mol, .sdf, ChemDraw CDX...)
про возможности Batch (.sdf и .txt) в Reaxys они даже пока не слышали 8)
6) обеспечить формулой (опционально)
7) указать временной период поиска (обязательно): по умолчанию(SF) 1907 год -
например, нужны ссылки на свежие исследования по определенной теме за последние 10 лет
8 ) отправка результатов поиска на email или сторонний файлообменник в интернете(обязательно)

Надо бы еще сделать отдельную тему-небольшой обзор про возможности каждой поисковой системы(SciFinder, Reaxys, DiscoveryGate)
Например, думаю немногие знают что SciFinder(CHEMCATS) можно искать мировых поставщиков реактива, а также для отдельных веществ экспортировать экспериментально полученные масс, H1 и С13 спектры
в DiscoveryGate(Toxicity) экспортировать данные по токсичности вещества

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Пн мар 21, 2011 2:17 pm

.mol разрешён, сказал ИСН

Аватара пользователя
chemist-s
Сообщения: 1092
Зарегистрирован: Вт дек 08, 2009 9:33 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение chemist-s » Пн мар 21, 2011 4:22 pm

Cherep писал(а):.mol разрешён, сказал ИСН
УРА!
:clap: :clap: :clap:
Эх, если бы теперь еще и RDF :shuffle:

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Пн мар 21, 2011 10:17 pm

надо проверить про .мол, бо у меня пока запросов нет.

Аватара пользователя
chemist-s
Сообщения: 1092
Зарегистрирован: Вт дек 08, 2009 9:33 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение chemist-s » Вт мар 22, 2011 9:03 am

Cherep писал(а):надо проверить про .мол, бо у меня пока запросов нет.
Проверил, все ОК :up:

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение suprachemister » Сб мар 26, 2011 1:48 pm

обновленная редакция правил с вашими пожеланиями)
Правила форума "Химические базы данных" (обновлено 26.03.11)
Любитель_Манниха писал(а):Гм, странно, что скафандер не понимает SMILES
это уже доработали в CAS
What's New in SciFinder - Fall 2010
casdraw_inchi_string700pxw.jpg
chemist-s писал(а):вот в качестве универсального формата результатов поиска хорошо бы подошел rdf, его выдают Reaxys и SciFinder. Ну и/или pdf, если запрашивающий попросит.
SciFinder результаты поиска в .rdf не выдает

SciFinder не поддерживает .cdx, у него вообще нету формата, так чтоб загрузить реакцию :down:
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.

Аватара пользователя
ИСН
Робин Гуд
Сообщения: 8467
Зарегистрирован: Пт окт 10, 2003 5:32 pm
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение ИСН » Сб мар 26, 2011 4:36 pm

Товарищи, проголосуйте в http://chemport.ru/forum/viewtopic.php?f=54&t=67568, а то я теперь не понимаю, как лучше.

Аватара пользователя
suprachemister
Сообщения: 4884
Зарегистрирован: Пн май 18, 2009 5:34 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение suprachemister » Пн сен 12, 2011 9:01 am

в Reaxys появилась новая опция поиска по Similarity( в SciFinder присутствует давно),
еще в экспорте результатов из Reaxys заметил впервые Quantum Chemical Calculations
мобильная версия Reaxys пока даже не планируется
кстати Reaxys впервые ввели вставлять полные тексты методик синтезов из патентов и статей, что в SciFinder быстро переняли))
распознавание SMILES и INCHI тоже первые ввели Reaxys, в SciFinder добавили уже потом

Serty
Сообщения: 8182
Зарегистрирован: Пт июл 06, 2007 12:17 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Serty » Пн сен 12, 2011 10:28 am

suprachemister писал(а):...распознавание SMILES и INCHI тоже первые ввели Reaxys, в SciFinder добавили уже потом
:shuffle: Оооо... Не подскаже-ли мне как Reaxys работает со SMILES, а то я что-то не нашел этого, и таскаю их как лох через ACD.

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Пн сен 12, 2011 12:45 pm

там есть опция generate structure from name

Serty
Сообщения: 8182
Зарегистрирован: Пт июл 06, 2007 12:17 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Serty » Пн сен 12, 2011 1:01 pm

Спасибо Cherep!
Вон она где :lol: Я то думал имя... зачем мне имя. Теперь нажал на кнопочку и увидел, что там не только имя!

Serty
Сообщения: 8182
Зарегистрирован: Пт июл 06, 2007 12:17 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Serty » Пн сен 19, 2011 11:10 am

По моему было бы неплохо, если бы запрашивающий свойства уточнял, что имеет ввиду - физико-химические, или химические(реакции).

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Пн сен 19, 2011 8:50 pm

дык это один из пунктов правил, однако (чуть ниже по списку)

diadema
Сообщения: 18
Зарегистрирован: Чт мар 29, 2012 6:28 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение diadema » Пн апр 02, 2012 4:28 pm

Здравствуйте! А есть ли пошаговая инструкция для начинающих, как оформить запрос, начиная с сохранения структуры в ChemCketch в формате .mol

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Пн апр 02, 2012 5:09 pm

ну неужели там нет File -> Save as или File -> Export

ну и типа выбрать .mol

сочувствую пользователям вендоф и маков. бррр. :dontknow:

Аватара пользователя
FOX-7
Сообщения: 7326
Зарегистрирован: Пн окт 10, 2005 10:28 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение FOX-7 » Пн апр 02, 2012 5:30 pm

там как-то не по-русски сохраняется. Точнее совсем не хочет сохранять и экспортировать картинку.

Cherep
Сообщения: 22566
Зарегистрирован: Чт окт 30, 2003 9:22 am

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Cherep » Вт апр 03, 2012 5:10 pm

значит софт кривые программисты делали
mol вроде по крайней мере 2 формата, ЕМНИП

Аватара пользователя
Любитель_Манниха
флудомастер
Сообщения: 15174
Зарегистрирован: Вт июл 15, 2008 11:55 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Любитель_Манниха » Чт апр 12, 2012 2:24 pm

Там есть варианты сохранить как MOL V2000 и MOL V3000. С первым никогда проблем не было. А по умолчанию вроде хочет сохранить в 3000, его даже другие рисовалки могут не открыть. С сохранением в GIF/TIFF/PNG тоже проблем не было. Может это кривая пиратская версия? :roll: У мну честный фривар.
Я лично правами человека накушалась досыта. Некогда и мы,и ЦРУ,и США использовали эту идею как таран для уничтожения коммунистического режима и развала СССР. Эта идея отслужила свое,и хватит врать про права человека и про правозащитников. © Новодворская

Аватара пользователя
SkydiVAR
Сообщения: 8918
Зарегистрирован: Пн янв 19, 2009 12:51 am
Контактная информация:

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение SkydiVAR » Пн окт 01, 2012 5:15 pm

suprachemister писал(а):SciFinder результаты поиска в .rdf не выдает
SciFinder не поддерживает .cdx, у него вообще нету формата, так чтоб загрузить реакцию :down:
Во, как раз нонеча и уперлись - не только не выдает, но еще и не импортирует .rdf.
Как быть? Пусть клиенты не пишут в .rdf? Или кто читалку/конвертилку в .mol присоветует?
Меч-кладенец - оружие пофигистов.

Serty
Сообщения: 8182
Зарегистрирован: Пт июл 06, 2007 12:17 pm

Re: Обсуждение потенциальных нововведений

Сообщение Serty » Пн окт 01, 2012 5:27 pm

Можно обойтись при желании Notepad-ом :wink: По сути в RDF в текстовом виде просто лежат 2 MOL, и где то что межу ними стрелочка. Кстати в том, что недавно присылали ничего больше 2 MOL и нет.Вот только часто с этим неохота возится - я быстрей бы сам это нарисовал, чем импортировал в Marvin - он падла все норовит в My Documents залеть, а я там ничего не храню. Возня для SF будет еще дольше...
Наверное лучше, особенно для SF использовать 2 smiles реакций.

Ответить

Вернуться в «Химические базы данных»

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и 1 гость